| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,066,326 | G→A | 5.1% | A283V (GCC→GTC) | ygfI ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,066,326 | 0 | G | A | 5.1% | 245.7 / 2.2 | 81 | A283V (GCC→GTC) | ygfI | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/33); new base A (2/2); total (46/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
AATGTGCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATGTCCGCGCTCCACGGCGCTGATTTTGGCCATAAAACTGTAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGTCGCATATTCGCATCAATCATTGCTTCGAAGTTGGCCCGGTTCTGAAAGCGCATTTGTAGCCAGGGCAGCTCCTGAAGCAGCTCTTGCTC > NC_000913/3066028‑3066624 | aaTGTGCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGCCACGATGCTTCAGCATATTGCTGAAG‑ATCGTGACg < 2:37854/301‑1 (MQ=255) tgttCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGATGCTTCAGCATATTGCTGAAG‑ATCGTGACggg < 2:303556/301‑2 (MQ=255) ttgCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGta < 2:198908/300‑1 (MQ=255) tGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACgatga > 2:199642/1‑301 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |