| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,654,784 | C→T | 6.2% | D34D (GAC→GAT) | dctR → | Putative LuxR family repressor for dicarboxylate transport |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,654,784 | 0 | C | T | 6.2% | 211.5 / 2.5 | 70 | D34D (GAC→GAT) | dctR | Putative LuxR family repressor for dicarboxylate transport |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/27); new base T (2/3); total (40/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
TGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTGCCTGGGGAAAGTGCCGGTGACCTTTGTTCCGCGGACTATCACTATCATTGATTTTGTCGCACTCATCAATGGCAGTTACTGCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACA > NC_000913/3654496‑3655078 | ggAGTCAGGTAACACCTGAGCTTGTCAAATAAACCCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCAt < 1:547157/300‑1 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TGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTGCCTGGGGAAAGTGCCGGTGACCTTTGTTCCGCGGACTATCACTATCATTGATTTTGTCGCACTCATCAATGGCAGTTACTGCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACA > NC_000913/3654496‑3655078 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |