| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,657,601 | G→C | 9.4% | intergenic (+34/‑765) | hdeD → / → gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,657,601 | 0 | G | C | 9.4% | 200.2 / 11.5 | 64 | intergenic (+34/‑765) | hdeD/gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/29); new base C (3/3); total (32/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
CCATTGCGGCATTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTA > NC_000913/3657311‑3657898 | cttttGGGGCTTTTTTTGCCTGTTTGTTTTGTGTTGAAGGGGTTTTTCGCCGGATGAGTTGGTATCGTAAGAGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATGGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTAt < 1:100424/298‑1 (MQ=255) 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ttGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACGCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATGTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATGATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATg < 1:427085/301‑1 (MQ=255) aaGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAACATAGTCACTTGATGGGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGAAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATAAGGGAAATAAGTAGATGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCAACTAATTTTTTTAAATCTATTGCAAAGTAGTGATTTCAAACATTATCATTGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAAGGTTTATAATGTGCTTTTGGACAGTAAACAAAGATTTCCTTCAGCttttagcatctgggcgttaaa > 2:433950/1‑283 (MQ=255) gcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAg < 2:387325/301‑1 (MQ=255) ataatTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTaa > 1:603796/1‑301 (MQ=255) tACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCCGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGATGATGCTATGGGCGGTTAAATACGTAAACCgg > 1:161641/1‑301 (MQ=255) cccGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGtt > 1:226973/1‑301 (MQ=255) 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cATAGTCACATCAAGTGACTTTGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGTCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAACGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCAGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGc > 1:552291/1‑301 (MQ=255) cATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGc > 1:159792/1‑301 (MQ=255) tAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGt > 1:140775/1‑301 (MQ=255) 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CCATTGCGGCATTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTA > NC_000913/3657311‑3657898 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |