| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,390,401 | C→A | 8.8% | intergenic (‑41/+56) | psd ← / ← rsgA | phosphatidylserine decarboxylase/ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,390,401 | 0 | C | A | 8.8% | 185.1 / 8.0 | 64 | intergenic (‑41/+56) | psd/rsgA | phosphatidylserine decarboxylase/ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/27); new base A (4/2); total (34/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
ATGACCAGTACATTCGGATCGGTATCGATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACG‑ATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCCTTCCTCAACCGCTTCCCGGATAGCGCAGCCCGGATCGGTATCGTGTTTGCAATCGCGATATTTACACAGACCTAAATAGTCATGGAATTCGACAAAGCCCTGAGTGATTTGTTCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCA > NC_000913/4390101‑4390697 | ccacgacgctcttccgatctggTATCGATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGcc < 1:246076/281‑1 (MQ=255) aCCAGTACATTCGGATCGGTATCGATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTAc < 2:27624/301‑1 (MQ=255) aTTCGGATCGGTATCAATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACTGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTACAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGa > 2:558277/1‑301 (MQ=255) ggttCGGTATCGGTTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCATGTAGGCCGGATcag < 1:172881/298‑3 (MQ=255) 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ATGACCAGTACATTCGGATCGGTATCGATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACG‑ATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCCTTCCTCAACCGCTTCCCGGATAGCGCAGCCCGGATCGGTATCGTGTTTGCAATCGCGATATTTACACAGACCTAAATAGTCATGGAATTCGACAAAGCCCTGAGTGATTTGTTCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCA > NC_000913/4390101‑4390697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |