| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 408,567 | A→G | 7.7% | intergenic (+106/‑42) | yaiE → / → ykiA | UPF0345 family protein/pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 408,567 | 0 | A | G | 7.7% | 141.1 / 2.5 | 52 | intergenic (+106/‑42) | yaiE/ykiA | UPF0345 family protein/pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/26); new base G (2/2); total (24/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
GAAGGCGAATACACCTTCAGCACCGCTGAGCCGGAAGAGATGACGGTAATCAGTGGCGCGCTGAATGTGTTACTGCCTGACGCGACCGACTGGCAGGTGTATGAAGCCGGTTCGGTGTTTAATGTTCCCGGTCACAGTGAGTTTCATCTGCAAGTTGCCGAACCCACCTCTTATCTGTGCCGCTATCTGTAATTCCTCGCCTTCCCCTTGAACGGGAGGGCATTTTTCTGAAATATCCTTTCTTTAGCCCATAATAATATTTCCTTTGCTGCGATTTTTTCAATTTCCGATATATTCATAATTTATCAAGGTTGATATAAATATCAGTGAAGATCTCCAGATATTGTTGCGGAACTGGCTACGATAAAAGATAAATCAGATGATGAATGGTGGCGTGCATTGCTGCAAAGTCGCAATGATCATTTACGCCAAACGGCATTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCCATCATTACTCTTATTTGTCGAACAACCCGATCTT > NC_000913/408270‑408866 | gAAGGCGAATACACCTTCAGCACCGCTGAGCCGGAAGAGATGACGGTAATCAGTGGCTCGCTGAATGTGTTACTGCCTGACGCGACCGACTGGCAGGTGTATGAAGCAGGTTCGGTGTTTAATGTTCCCGGTCACAGTGCGTTTCATCTGCAAGTTGCCGAACCCACCTCTTATCTGTGCCGCTATCTGTAATTCCTCGACTTCCCCTTTAACGGGAGGGCATTTATCTGTAATATCCTTTCTTTAGCACATAATAAAATTTCCATAGCTCCGAATTTTTACATTTCCAATATATTCaaaa > 1:474430/1‑301 (MQ=255) cTTCAGCACCGTTGAGTCGGAAGAGATGACGGTAATTAGTGGCGCGCTGATGTTGTTACTGCCTGACGCGACCGACTGGCAGGTGTATGAAGCCGGTTCGGTGTTTAATGTTCCCGGTCACAGTGAGTTTCATCTGCAAGTTGCCGAACCCACCTCTTATCTGTGCCGCTATCTGTAATTCCTCGCCTTCCCCTTGAACGGGAGGGCATTTTTCTGAAATATCCTTTCTTTAGCCCATAATAATATTTCCTTTGCTGCGATTTTTTCAATTTCCGATATATTCATAATTTATCAAGGTTGa < 1:511713/301‑1 (MQ=255) tgtttttccgttctggAAGAGATGACGGTAATCAGTGGCGCGCTGAATGTGTTACTGCCTGACGCGACCGACTGGCAGGTGTATGAAGCCGGTTCGGTGTTTAATGTTCCCGGTCACAGTGAGTTTCATCTGCAAGTTGCCGAACCCACCTCTTATCTGTGCCGCTATCTGTAATTCCTCGCCTTCCCCTTGAACGGGAGGGCATTTTTCTGAAATATCCTTTCTTTAGCCCATAATAATATTTCCTTTGCTGCGATTTTTTCAATTTCCGATATATTCATAATTTATCAAGGTTGAtata < 2:20534/287‑1 (MQ=255) aGCACCGCTGAGCCGGAAGAGATGACGGTAATCAGTGGCGCGCTGAATGTGTTACTGCCTGACGCGACCGACTGGCAGGTGTATGAAGCCGGTTCGGTGTTTAATGTTCCCGGTCACAGTGAGTTTCATCTGCAAGTTGCCGAACCCACCTCTTATCTGTGCCGCTATCTGTAATTCCTCGCCTTCCCCTTGAACGGGAGGGCATTTTTCTGAAATATCCTTTCTTTAGCCCATAATAATATTTCCTTTGCTGCGATTTTTTCAATTTCCGATATATTCATAATTTATCAAGGTTGAtata > 1:142724/1‑301 (MQ=255) 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tttCAATTTCCGATATATTCATAATTTATCAAGGTTGATATAAATATCAGTGAAGATCTCCAGATATTGTTGCGGAACTGGCTACGATAAAAGATAAATCAGATGATGAATGGTGGCGTGCATTGCTGCAAAGTCGCAATGATCATTTACGCCAAACGGCATTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCCATCATTACTCTTAtt < 1:77524/301‑1 (MQ=255) taTAATTTATCAAGGTTGATATAAATATCAGTGAAGATCTCCAGATATTGTTGCGGAACTGGCTACGATAAAAGATAAATCAGATGATGAATGGTGGCGTGCATTGCTGCAAAGTCGCAATGATCATTTACGCCAAACGGCATTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCCATCATTACTCTTATTTGTCGAACAACCCGATCtt < 2:306293/300‑1 (MQ=255) | GAAGGCGAATACACCTTCAGCACCGCTGAGCCGGAAGAGATGACGGTAATCAGTGGCGCGCTGAATGTGTTACTGCCTGACGCGACCGACTGGCAGGTGTATGAAGCCGGTTCGGTGTTTAATGTTCCCGGTCACAGTGAGTTTCATCTGCAAGTTGCCGAACCCACCTCTTATCTGTGCCGCTATCTGTAATTCCTCGCCTTCCCCTTGAACGGGAGGGCATTTTTCTGAAATATCCTTTCTTTAGCCCATAATAATATTTCCTTTGCTGCGATTTTTTCAATTTCCGATATATTCATAATTTATCAAGGTTGATATAAATATCAGTGAAGATCTCCAGATATTGTTGCGGAACTGGCTACGATAAAAGATAAATCAGATGATGAATGGTGGCGTGCATTGCTGCAAAGTCGCAATGATCATTTACGCCAAACGGCATTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCCATCATTACTCTTATTTGTCGAACAACCCGATCTT > NC_000913/408270‑408866 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |