New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1096961 = | 170 (0.950) | 52 (0.400) | 16/412 | 13.5 | 32.2% | intergenic (+132/+604) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser |
? | NC_000913 | = 1097503 | 97 (0.750) | intergenic (+674/+62) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
GTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTG‑CGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGG‑GGCACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCG > NC_000913/1096661‑1097261 | gtCGGTATTGGCAACGCTTGTAGTATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTTTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTGGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACTAGATAATACATAGATGCTCTGTACTACTTTG‑CGTATTATGTTTGGTGAATGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCTCTTGTCCTAACGGCCGTTGGTGGG‑GGCAc > 1:636633/1‑301 (MQ=255) gtCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTG‑CGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGG‑GGCAc < 4:1436460/301‑1 (MQ=255) gtCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTG‑CGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGG‑GGCAc > 1:51381/1‑301 (MQ=255) gTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTG‑CGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGG‑GGCACCCgg > 1:32375/1‑301 (MQ=255) 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cccccgcccacgtctgttagggcgagg‑ggCACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGGTTTACtcgctt > 4:1084983/26‑301 (MQ=255) cccTAACAGACGTGGGCGGG‑GGCACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATAAGGCGGTGAGGGGGGGTTTGAATCGCTTCGCACGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACCGCGTTCCCGGTCTGTCCAACTGGGTGTCGCCAGTTGTTGACCCCCGGTCGGGTCTTCTCATTCTCCCGGTGTCTGCAATCCACGAAAAAAAAGCCCACACTTTGGTACGAGCTCTTCTTTAAATTAGGCGGCGAGGGGGGGGTCTGGTCGCTtcgctcgc > 4:615730/1‑301 (MQ=14) tAACAGACGTGGGCGGG‑GGCACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTGCTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCCTTCCACCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCATTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCCTCGCTCGcccc > 4:53610/1‑300 (MQ=255) gTGGGCGGG‑GGCACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCGCGTCACCCCGGTGTTTGCAATTCACGAAAAAAAAGCACGTACTTTCGTCCGAGACACTCTTTAAATATCACGGTGGGGGGGGGATTGGCtcgcttgctatcccctgtgggcac > 1:591983/1‑283 (MQ=11) gg‑ggCACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCCTCCCCCCGGTGTGTGCAAAACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACCAGCTCATCTTTTCATATGGCGGTGAGGGGTGGGTTTACTCGCTTCGCCCTCCCTTCTGTCACCCCtctc > 1:813868/1‑301 (MQ=11) cccGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCg > 4:1264088/1‑301 (MQ=32) | GTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTG‑CGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGG‑GGCACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCG > NC_000913/1096661‑1097261 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |