| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 311170 | 97 (0.060) | 75 (0.050) | 47/252 | 33.6 | 44.4% | intergenic (‑93/‑221) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| ? | CP016816 | 311174 = | 91 (0.060) | intergenic (‑97/‑217) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1123 total aligned reads displayed.
CCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCATTATATATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAA‑TAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAGTAATTTGAAAAATTAT > CP016816/311043‑311297 | taatccaaatgaacttataattgtaattaaatttttaattttacacaccacttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcattatatatatatatatata > 1:2137173‑M1/111‑128 (MQ=255) ccaaatgaacttaaaattgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcattatatatatatatatatatata < 2:150669‑M1/22‑1 (MQ=255) aaatgaacttaaaattgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATAAt < 2:128561‑M1/24‑1 (MQ=255) aatgaacttaaaattgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATAATg < 1:2330861‑M1/25‑1 (MQ=255) 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CCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCATTATATATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAA‑TAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAGTAATTTGAAAAATTAT > CP016816/311043‑311297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |