Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816202,4600CA33.8% 629.1 / 69.0 487intergenic (+238/‑437)JCVSYN2_00840/JCVSYN2_00845hypothetical protein/lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (188/119);  new base A (44/113);  total (232/255)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-11
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 521 total aligned reads displayed.

TTTATAGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAA‑AAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACA  >  CP016816/202333‑202586
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  tatataTTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATATAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑cac                                                                                                                               <  1:693264/128‑1 (MQ=255)
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  tataGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑cac                                                                                                                               <  1:1235672/128‑1 (MQ=255)
  tataGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑cac                                                                                                                               <  1:1688170/128‑1 (MQ=255)
   ataGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑caca                                                                                                                              <  1:2625685/128‑1 (MQ=255)
    taGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAAAGTAGATCCTCGTCATCTATTTTATTATTTATTTATCTT‑CACaa                                                                                                                             >  1:2888397/1‑128 (MQ=255)
     aGATTAAAGTAAAAGTAGTAAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAATTTAAAATAAAATAAAATAAA‑CTTAATAATTAATATAATGTAAATCCTCTAGATCTATTATTATATATATTTATATA‑CAaaaa                                                                                                                            >  1:1096664/1‑128 (MQ=255)
      gATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTATATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACaatt                                                                                                                           >  1:1772532/1‑126 (MQ=255)
       aTTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACAATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTATATACTCTTGATCTATTTTTTTATTTAATAATCTT‑AAAAAATa                                                                                                                          >  2:1716292/1‑128 (MQ=255)
        ttAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaa                                                                                                                         >  1:2911247/1‑128 (MQ=255)
         tAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGATTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑ATTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaa                                                                                                                        <  1:887393/128‑1 (MQ=255)
         tAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAAt                                                                                                                           >  2:2689838/1‑125 (MQ=255)
         tAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaa                                                                                                                        <  2:63675/128‑1 (MQ=255)
         tAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCACGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaa                                                                                                                        >  1:1744216/1‑128 (MQ=255)
          aaattaaaagtaGTGAAGTTATTGTAAAAAATATAGTTAAGGGTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTAGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaaa                                                                                                                       <  1:2156381/128‑1 (MQ=255)
          aaagtaaaagtaTTTTATTTATTGTAAATAATAGCTTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaaa                                                                                                                       <  1:2354586/128‑1 (MQ=255)
          aaagtaaaagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATTTATATAATCATTATCTATTTATTAATATTATTATATT‑AAAAAATaaaa                                                                                                                       >  2:1397449/1‑128 (MQ=255)
          aaagtaaaagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaaa                                                                                                                       <  2:814714/128‑1 (MQ=255)
           aagtaaaagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaaaa                                                                                                                      >  2:2622885/1‑128 (MQ=255)
           aagtaaaagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTATTATTTGTTTATATT‑AACAAATaaaaa                                                                                                                      >  1:776641/1‑128 (MQ=255)
             gtaaaagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaaaaaa                                                                                                                    <  2:3263151/128‑1 (MQ=255)
             ctaaaagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaaaaaa                                                                                                                    <  2:2423315/127‑1 (MQ=255)
              taaaagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTA‑CACAAATaaaaaaaa                                                                                                                   >  1:2507654/1‑128 (MQ=255)
              taaaagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATATT‑CACAAATaaaaaaaa                                                                                                                   >  2:2598708/1‑128 (MQ=255)
               aaaagtaTTTAAGTTATTTTAAATAATAGATTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAAATCATATAATTTACATCCTCGTTATCTA‑TTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaaaaaaaaa                                                                                                                 <  2:2362361/128‑1 (MQ=255)
               aaaagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGGTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaaaaaaaa                                                                                                                  <  1:936405/128‑1 (MQ=255)
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                    tagtGAAGTTAGTGTTAATAATAGATTTAATGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCCTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaaaaaaaaaacaa                                                                                                             <  1:731860/128‑5 (MQ=255)
                    tagtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATaaaaaaaaaaacaa                                                                                                             <  1:40557/128‑5 (MQ=255)
                    tagtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATAAAAAAAAAACAAt                                                                                                             <  2:392072/128‑1 (MQ=255)
                    tagtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAAT‑AAAAAAAAACAATc                                                                                                            <  2:1141767/128‑1 (MQ=255)
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                            ttAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATAAAAAAAAAACAATACCCttaa                                                                                                     >  1:3142886/1‑126 (MQ=255)
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                                    aataatAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCttaaaaataaaa                                                                                             >  1:2978128/1‑118 (MQ=255)
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                                                                                                     ttatttATTTTTTTTTTTTTTTATATT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAC‑‑ATTAAA‑AATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattt                          <  2:2278536/123‑1 (MQ=255)
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                                                                                                          tatttttttattttttTATTAT‑AACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACatttta                        <  2:1595783/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                          aaTTTTTTTAATTTTTTATATT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACCCTT‑‑‑AA‑AAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattttatttt                    <  2:34613/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                           attattTTATATTTTTATTTT‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAATTCCATT‑‑‑AA‑AAAT‑TAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTa                  <  2:1466944/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                            tttttttATTTTTTTTACTA‑CAAAAATAAAAAAAAAAAAAACCCC‑‑TTAAA‑AATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTAttttt                   <  2:2049052/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                              ttttttttttttttTATT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTTT‑‑AA‑AAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTaaa                <  2:2911247/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                               ttttttttGTTTATCTT‑AAAAAATAAAAAAAAAAAAAAACCCTTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTAttttt                   <  2:1180043/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                   aTTTTTTTAAATT‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAACACC‑TTAAAA‑ATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATa             <  2:1843891/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      tttatATCTT‑CAAAAATAAAAAAAAAAAAAACTCC‑‑ATAAA‑AATTTAAAAAAAAAAAAAAATAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCATATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGat         <  2:579669/124‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          tttCTA‑CACAAATAAAAAAAAAAAAAACCCC‑TTAAAA‑ATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATAtt      <  2:1905180/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 |                                                                                                                               
TTTATAGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAA‑CTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTT‑CACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAA‑AAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACA  >  CP016816/202333‑202586

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑