BRESEQ :: Evidence

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP016816	105,339	0	T	G	57.5%	696.8 / 184.8	656	intergenic (+834/+92)	JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430	translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/215); new base G (298/68); total (370/286)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 762 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGC  >  CP016816/105212‑105466

  gattaacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaattaa                                                                                                                                      >  2:2066301/7‑128 (MQ=255)

  gTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATATATCATTTTAATAtaatgaa                                                                                                                                      >  2:523250/1‑128 (MQ=255)

   ttAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATAtaatgaat                                                                                                                                     >  1:2014265/1‑128 (MQ=255)

    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                    <  1:908341/128‑1 (MQ=255)

    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                    >  1:1869474/1‑128 (MQ=255)

    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTATATTTATCCTTTTAATATaatcaatt                                                                                                                                    >  2:1847497/1‑128 (MQ=255)

    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTAATAGTATTGATTAGTTTATTAATCCTATTAATAtaattaata                                                                                                                                    >  1:2318028/1‑127 (MQ=255)

      aTCAATCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattta                                                                                                                                  <  2:94410/128‑1 (MQ=255)

      aTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTAGGATTGATTATTTTATTTATCATTTTAATATAAttaatata                                                                                                                                  >  1:1902899/1‑128 (MQ=255)

      aTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattta                                                                                                                                  <  1:2115135/128‑1 (MQ=255)

       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTATTTTATTTATCATTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                 >  1:252666/1‑128 (MQ=255)

       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATATATCATATTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                 >  1:2003745/2‑128 (MQ=255)

            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATAATAATTAATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTaaa                                                                                                                            >  2:37233/1‑128 (MQ=255)

            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGAATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGCATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATATAATTaaa                                                                                                                            >  1:574279/1‑128 (MQ=255)

             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATTATTGATTAGTTTATTTATAATTTTAATATAATTAATTTAATTaaaa                                                                                                                           >  1:13624/1‑128 (MQ=255)

             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTaaaa                                                                                                                           <  2:553122/128‑1 (MQ=255)

              ttttttCATTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTCATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAat                                                                                                                          <  1:779703/128‑1 (MQ=255)

                       tGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑t‑aat‑‑a                                                                                                             >  2:846702/1‑128 (MQ=255)

                       tGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑t‑aat‑‑a                                                                                                             >  2:1729750/1‑128 (MQ=255)

                         tAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGTTTAATGTTAATATAAATTAGATAAGTATTTATTAGAATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAAAGAATTTCAATAAAATATTT‑T‑AAT‑‑aaa                                                                                                           >  1:277998/1‑128 (MQ=255)

                           aaaatacatattatTTTATTATATAATAAAAATTAATGTTAAAATAAATTATCAAATTATTTTTAAGGTTTTATTTGTTTATTTATCCATTTAATATAATTAATTTAATTAAAAAATAT‑T‑AAT‑‑aaaaa                                                                                                         <  2:1613112/120‑1 (MQ=255)

                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATTTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTAATATTTATAATTTTATTTATAATATTAATATAATTAATATAATAAAAATAATT‑T‑AAT‑‑aaaaaa                                                                                                        >  2:65907/1‑128 (MQ=255)

                             aTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑aaaaaaa                                                                                                       >  2:603554/1‑128 (MQ=255)

                              tCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattt                                                                                                                                   <  2:2001370/103‑1 (MQ=255)

                              tCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑aaaaaaaa                                                                                                      >  2:1943931/1‑128 (MQ=255)

                               cACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTAATCCTTATAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑aaaaaaaaa                                                                                                     >  2:723599/1‑128 (MQ=255)

                                  ttattaTTTTATTTATTATTAAATATTTATTTTTTTATAAATTATTAAATTATTTATTATTTTTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaa                                                                                                  <  1:605793/128‑1 (MQ=255)

                                    attatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaa                                                                                                >  2:2440473/1‑128 (MQ=255)

                                    attatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaa                                                                                                >  2:636249/1‑128 (MQ=255)

                                    actataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATATATTAGTATTGATTATTTTATTTATCATTTAAATATAATAAATTAAATAAAAATAATT‑A‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaa                                                                                                >  2:1002515/3‑128 (MQ=255)

                                     ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTATTAATATAATGAATTTAATAAAAATATTT‑T‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                               >  2:1561965/1‑128 (MQ=255)

                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                              >  2:920292/1‑128 (MQ=255)

                                         tttatttaaaaataaATTTTTATTTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATTATTTATTATTTTATTTATACTTTTAAAAAAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAc                                                                                           <  1:1966191/118‑1 (MQ=255)

                                         aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGAATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATAAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                           >  2:1438942/1‑127 (MQ=255)

                                           tatttaataatAAATATTAATTTTAAAAAAAAATATATAAGTATTTATTATTATTTATTATTTTAATTATCCATTTAATAAAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACaa                                                                                         <  1:1094270/123‑1 (MQ=255)

                                             tGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTTATTAGTTTATTTATAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                       >  1:1014977/1‑126 (MQ=255)

                                              gAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATAATT‑T‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                      >  2:1277569/1‑125 (MQ=255)

                                               aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTATTTTATTTATCCTATTAATATAATGAATATAATTAAAATATTTAT‑aaa‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                      >  2:189110/1‑125 (MQ=255)

                                               aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                     >  2:209273/1‑124 (MQ=255)

                                                aatattAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGCTAATAATTTATTAGTTTTGATTACTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTA‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAacaacacctaat                                                                                    <  2:447342/128‑7 (MQ=255)

                                                 ataataAATTTTATTTTTAATATAAATTATATAATTTTTTATTATTATTTATTATTTTATTTATAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATTTTT‑T‑AAT‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAata                                                                                <  2:321328/128‑1 (MQ=255)

                                                      aaaGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaatatta                                                                              >  2:1064526/1‑117 (MQ=255)

                                                        aGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAataaata                                                                            >  1:1267350/1‑124 (MQ=255)

                                                           ttAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATAACAAATAATA‑ttaaaaa                                                                        >  2:2418385/1‑123 (MQ=255)

                                                             taTGTTAATATAAATTATGTAATTATTTATTATGTTTTTTTATTTTTTTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTaaaa                                                                      <  2:2237924/127‑1 (MQ=255)

                                                             aaTGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTAAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAAATA‑ATATTaaaaa                                                                     >  1:1537814/1‑128 (MQ=255)

                                                                gTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAATAATA‑TTATAAAAAACaa                                                                  >  2:2450316/1‑128 (MQ=255)

                                                                 tttatatAAAATTTCTAATTATTTATTATGATTTTTTAGTTTATTTATTATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATTTTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACaa                                                                  <  2:254564/125‑1 (MQ=255)

                                                                 ttattaTAAATTATATAATTTTTTTTTTTGATTGATTTTTTTTTTTATCATTTTAATATAATTAATTTAAATAAAATATTT‑TAAAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACa                                                                   <  2:1404399/128‑1 (MQ=255)

                                                                   aaTATAAATTAGCTAATTATTTATTATGATTGATTATTATATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACaat‑ta                                                              <  1:2272445/128‑1 (MQ=255)

                                                                   aaTATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAATAATA‑TTTTTAAAAAAaat‑t                                                               >  1:2140078/1‑128 (MQ=255)

                                                                    attaaaaTTATCTAAGTATTTTTTATTTTTTATTATTTTTTTTTTAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACaat‑ta                                                              <  2:420241/124‑1 (MQ=255)

                                                                    atatAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAATA‑TTTTTAAAAAAaaa‑ta                                                              >  1:2198997/1‑128 (MQ=255)

                                                                     tataAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACATAA‑A‑TTTTTAAAAACaaattaa                                                             >  2:2353089/1‑123 (MQ=255)

                                                                          attatttAATTATTTATTATTATTTTATATTTAAATTATAATTTTAAAATAATTAATTTAAATAAAATATTT‑T‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAat‑taatta                                                          <  1:2439307/122‑1 (MQ=255)

                                                                           ttatctaatttattattaCTATTGATTTGTTTAATTAACATTTTAAAATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGt                                                       <  1:1727062/116‑1 (MQ=255)

                                                                               cTAAGTTTTTATTATGATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGa                                                  <  1:4397/128‑1 (MQ=255)

                                                                               cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACATAAAA‑TTTTAAAAAAAAAt‑taataaattatat                                                   >  2:1969923/1‑122 (MQ=255)

                                                                                tAATTATTTATTAGTATTTTTTATTTTATTTATAATTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAAAATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGa                                                  <  1:1790695/128‑1 (MQ=255)

                                                                                 aattatttattAGGATTTATTATTATATTTATCCTTTTAATATAATGAATTAAATTAAAATATTT‑T‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGa                                                  <  1:1445730/125‑1 (MQ=255)

                                                                                  aGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACCTAATA‑TTGTTAAAAAAAAa‑taattaataaatttta                                                >  2:1239619/1‑119 (MQ=255)

                                                                                     atttattAGTATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATttat                                             <  1:700465/128‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttattaGTATTTATTATTTTATTTATCATTTTTATATAATTATTTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATttatta                                           <  1:347632/128‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttattaGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATAATA‑ATTTTAAAAAAAat‑taattaattattaattaatt                                            >  2:2019375/1‑128 (MQ=255)

                                                                                       ttattaGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAATAAAAAAAAAAAAAATACCATATA‑TT‑TTAAAAAAAATATAATAATGTCTTAAAttatta                                           >  2:289687/1‑128 (MQ=255)

                                                                                        tattaGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACATAAAA‑TTTTTAAAAAAAAT‑AAATTAATTATTAATTAATaaa                                          >  1:2377348/1‑128 (MQ=255)

                                                                                            agttttttttattttattTAAAATTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAatat                                      <  1:642287/120‑1 (MQ=255)

                                                                                             ggATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAA‑TTTTTAAAAAAAAT‑AAAAAAATTAATAATTTAATAAAaat‑tat                                  >  2:165857/1‑128 (MQ=255)

                                                                                              gtttttatattttatttaTCCATTTAAAATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAAtat‑t                                    <  2:1904913/118‑1 (MQ=255)

                                                                                               tatttttATTTAATTTTTACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAAtac‑tat                                  <  1:2173658/123‑1 (MQ=255)

                                                                                                ttgattAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AATAACTAATA‑TTGTTAAAAAAAAT‑TAATTAATTATTTATTAATTAAATAT‑TAtttt                               >  1:805082/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                 ttattattTTAATTAAAATTTAAAAAAAATTAATTTAAATAAAATATTT‑T‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATat‑tatt                                 <  1:1178792/126‑1 (MQ=255)

                                                                                                 tgattAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAAATA‑TTTTTAAAAACAAT‑TAATTAATAATTAATTTATTAAattt‑tatttt                               >  2:2199946/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                 tgaatATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATat‑tatt                                 <  1:234654/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                   ttttttttaattaTAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TAttttt                              <  1:163794/123‑1 (MQ=255)

                                                                                                   tttattttattTAACAATTTAAAATAATTAATTTAATTAAAATAATT‑T‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGGCTTGATTTATTAAATAT‑TAttttt                              <  1:184241/127‑1 (MQ=255)

                                                                                                    ttAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAAAAA‑TTTTTAAAAAAAAT‑AAAAAAATAATTAATTAATAAAATATATAttttta                             >  2:768346/1‑127 (MQ=255)

                                                                                                      attttatttaTCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAAc                          <  1:524480/126‑1 (MQ=255)

                                                                                                       gTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAA‑ATTATAAAAAAAAA‑AAAATAATATTTTATTTATTAAATAA‑AAATTTTTaaa                          >  2:1293546/1‑127 (MQ=255)

                                                                                                       gTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑TTTTAAAAAAAAAT‑AAATAAAAAAATAATTAATAAAATAT‑AATTTTTaaaa                          >  2:1528400/1‑127 (MQ=255)

                                                                                                           atttatCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAA‑TTTAAAAAAAAAAT‑TAATAAAAAATTAATTTATAAAATAT‑TATTTTTTaaaaaaa                      >  2:2171544/1‑127 (MQ=255)

                                                                                                           atttatCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAATTTTTTAAAAAAAAT‑AAAATAATAAATTTTTTTTAAAATAT‑TAATTTTTaaaaaa                       >  2:2321360/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                            tttatCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATAAAA‑TTTTTAAAAAAAAT‑AAATTAATAATTAAATAATTAAATAT‑AATTTTTTAAAAAAtt                     >  2:1355067/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                            tttatCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATT‑TTTTTAAAAAAAAT‑TATTTAATAAATTATTTATTAAAAAT‑TTTTTTTTAAAAAAtt                     >  2:2134670/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                 ccTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAATA‑TTTTTAAAAAAAAT‑TAATTAATTATTAATTTATTAAAAAT‑TATTTTTTAAAAAATTTaatt                >  2:799003/1‑125 (MQ=255)

                                                                                                                     ttAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAGACATAATA‑TTGTAAAAAAAAAT‑TAATTAATTATTTATTAATTAAAAAT‑TATTTTTTAACAAATTTaaatttaga           >  1:158179/1‑120 (MQ=255)

                                                                                                                      tAATTTAAATATTTTTAATAAAATTTTT‑T‑TAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGc           <  1:2217511/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      tAATATAATTTTATTTATTAAAATTTTT‑T‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAATCAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCt          <  2:1112436/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      tAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACAAATA‑TTTTTAAAAAAAAT‑TAATTAATTATTAATTTATTAAATAT‑AATTTTTTAAAAAAttaaaatttaga           >  2:1152957/1‑118 (MQ=255)

                                                                                                                      tAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAGACATAATA‑TTTTTAAAAACAAA‑TAATTAAGTATTGATTTATAAAATAT‑TATTTTTTAAAAAATTTACATTGAgat          >  1:2068203/1‑126 (MQ=255)

                                                                                                                      tAATATAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCAAATA‑TTGTTAAAAAAAAT‑TAATTAAGTATTTATTTATTAAATAT‑TATTTTTAAAAAAATTTACATTTAgaa          >  2:876748/1‑126 (MQ=255)

                                                                                                                       aaTAT‑ATTATTTTAAATAAAATTTTT‑T‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCt          <  2:2257303/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        atatAATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAATA‑TTTATAAAAAAAAA‑AAAAAAAAAAATAATTAATAAAAAAT‑TATTTTATAAAAAATAAACCtataaaa          >  2:1173237/1‑122 (MQ=255)

                                                                                                                          ataaataaATTAATTTAAAATTTT‑T‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTaaa       <  2:2309308/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                          ataATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTaaa       <  1:29786/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           taattaatTTAATTAAAATTTTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAAt      <  1:935902/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                            aatgaattTAATTAAAATATTT‑T‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTAATT‑TTTTTAAAAAAAAT‑TAATAAATTATTTATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAAAAAATTTACATTGATCTaaa       >  1:1305196/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                             attaattTAATTAAAAATTTT‑T‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAAtt     <  1:2054312/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                              ttaatttaatTAAAAATTTT‑T‑TAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGc  <  2:2390433/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                              ttaaattaatTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAg   <  2:1818861/128‑1 (MQ=255)

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATAT‑TATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGC  >  CP016816/105212‑105466

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 15 ≤` `ATCG/ATCG` `< 16 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`