| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 105361 | 638 (0.350) | 351 (0.170) +AAA |
94/210 | 19.7 | 32.1% | intergenic (+856/+70) | JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 | translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase |
| ? | CP016816 | 105362 = | 779 (0.370) | intergenic (+857/+69) | JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 | translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 451 total aligned reads displayed.
TGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/105235‑105361‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCA > CP016816/105362‑105488 |||| TGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATAATTTAAT‑A > 1:4618698/1‑128 GTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATAATTTAAT‑AA > 1:2466985/1‑128 AAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAA‑AAAA > 1:180557/1‑128 AAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATAAGGATAGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAAATTTTAAT‑AAAA > 1:2401267/1‑128 AAATCATTTATTATAGTTTGAAATAAAAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGTTTGATTTGTTTATTTATCATTTTAAATTAATGAATTTAATTAAAAAATTTTAAA‑AAAAA < 2:4371854/128‑1 AAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAA > 2:487528/1‑128 AATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAAATTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAA > 1:4349799/1‑128 TCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAAATAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAA > 1:308670/1‑128 CACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATCAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAA > 2:4254600/1‑128 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AAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCA < 2:2119732/128‑1 |||| TGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/105235‑105361‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCA > CP016816/105362‑105488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |