Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816202,4600CA32.9% 961.3 / 106.8 697intergenic (+238/‑437)JCVSYN2_00840/JCVSYN2_00845hypothetical protein/lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (289/168);  new base A (60/164);  total (349/348)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-19
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 735 total aligned reads displayed.

TTTATAGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑‑AAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAA‑AAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATT  >  CP016816/202333‑202582
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tttATAGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTAAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACAATAAACTTAATAATTCTAATAATGTAGATCATCTTAATCTATATTATTATTTATTTATCTTc                                                                                                                               >  2:3944489/1‑128 (MQ=255)
 ttATAGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAATGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTATATCATCTTTATCTATTTTTTTAATTATTTATATTca                                                                                                                              >  2:3095900/1‑128 (MQ=255)
 ttATAGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTGATAATGTAGATACTCGTGATCAATTTTTATATTTTTTTATATTca                                                                                                                              >  1:2952296/1‑128 (MQ=255)
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   ataGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTcaca                                                                                                                            <  1:115766/128‑1 (MQ=255)
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       aTTAAAGTAAAAGTACTTCAGTTAGAGTAAATAATAGTGTTAACGTTAATTAAAATACCATAAACTAAATAATTCATAAAATGTAGATCCTCGTTCTCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑‑a                                                                                                                      <  1:2334937/128‑1 (MQ=255)
        ttaaattaaaAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑‑aa                                                                                                                     <  2:4316666/128‑1 (MQ=255)
        ttAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑‑aa                                                                                                                     <  2:2984742/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                       tatatttttttattttttTATATTAACAAAA‑‑AAAAAAAAAAAAAACCATTAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattt                      <  2:4077076/126‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                  aTTTTTTTATTTTAAAAAAA‑‑AAAAAAAAAAAAATCCCC‑TTAAA‑AATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATa         <  1:92315/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    ttttttATCTTAAAAAAA‑‑AAAAAAAAAAAAATCACCTTAAAA‑ATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATaa        <  2:3611916/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               |                                                                                                                             
TTTATAGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑‑AAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAA‑AAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATT  >  CP016816/202333‑202582

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑