| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 34945 | 2129 (0.790) | 436 (0.150) +AAA |
87/216 | 20.9 | 15.7% | intergenic (+49/+117) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH |
| ? | CP016816 | 34946 = | 2395 (0.780) | intergenic (+50/+116) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 531 total aligned reads displayed.
TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34819‑34945‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT > CP016816/34946‑35072 ||| TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGTTATTTTTATTTACTATTGA > 1:312574/1‑128TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTAGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAAAACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGA > 2:1220933/1‑128 TTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAATATTAAACAAAATACATATTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAA > 1:1162317/1‑128 TTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTTTTTGTTTTTTTTATTTAATATTGAA > 1:3270367/1‑128 TTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAAAAAAATACATTGTATTTGATTTTTTTATTTACTATTGAA > 1:2414383/1‑128 TACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTTTTTGTTTTTTTTATTTACTATTGAAA > 1:1524694/1‑128 CTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGATTAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTTGTTTTTTTATTTAATATTGAAAAA > 2:1325197/1‑128 TTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGAATAAACCAAAAACATTGTGTTTATTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAA > 2:1837728/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGTTTTTTTTATTTACTAATTAAAAAAA > 2:4434842/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGTTATTTTTATTTACTATTGAAAAAAA > 2:209993/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAA > 1:2986756/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGATTGGTTTTTTTATTTACTAATGAAAAAAA > 2:3432807/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACAAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATATAATATTAAACCAAATACATAGAGTTTTGTTTTTTAATTTACTATAGAAAAAAA > 2:615585/1‑128 CTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTTTTTTTGGTATTTTTAATTAATATTGAAAAAAAA > 1:4353707/1‑128 TTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTTAAAAAAAAA > 1:4298239/1‑128 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ATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTTGTTATTTTATTTACTATTTAAAAAAAAAAAA > 1:4453853/1‑128 ATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGATAGGTTTTTTTATTTACTATTTAAAAAAAAAAAA > 1:3803679/1‑128 TGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGATTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAA > 2:5250567/1‑128 GAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTAATGAAAAAAAAAAAAAA > 2:3589008/1‑128 GAGTTTAAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAATTACAATGCTAAGTGAAGTTTATTAAAAAAAAAACATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTTAAAAAAAAAAAAAA < 1:5456610/128‑1 GTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAta > 1:1896235/1‑126 TTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTTTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAt > 1:952261/1‑127 TTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTATGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAA > 1:2202707/1‑128 CAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAtaat > 1:5676277/1‑124 AACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACAAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAaat > 1:6359860/1‑125 ACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTTGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAtaatat > 1:1249785/1‑122 ACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAtataa > 2:909897/1‑123 ACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAAACAAATACATTGTTTTTTGTTTTTTTATTTAATATTGAAAAAAAAAAAAAATAAtaaaa > 2:4930136/1‑123 CAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTTTTTGGTTTTTTTATTAACTAATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAaa > 2:4176534/1‑126 CAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGTTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAtaaaat > 2:5979138/1‑122 CAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAattaa > 1:5255996/1‑123 CAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAAACAAATACAATAAATTTGGTATAATAATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAaa > 1:4867627/1‑126 AAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATTCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTATGTTTGGATTTTATATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT > 1:2289986/1‑128 AAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAATAAAAAAAATAAAAT > 2:4628045/1‑128 AAAAAAAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTTGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT > 2:2580490/1‑128 AAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTTAAAAAAAAAAAAAAAAtaaaaaaaat > 2:6397584/1‑118 AAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAA > 2:819916/1‑128 AAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAaaaat > 1:1376034/1‑123 AAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAA > 2:403509/1‑128 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GTAAGAAATGCTGAACCAAGTAAAATGCAAAGTGAAGTTTATTAATAATAAAACTTTAAACCAAAAACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTAATATT‑TAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCA < 1:5026523/128‑1 AAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAaaatataaaaaa > 2:3230891/1‑116 AAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AATATAATTTGCATAa > 1:6073279/1‑127 AAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAATAAAATAATTTaaata > 1:1455994/1‑123 AGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AATATAATTAGAATAaa > 1:672093/1‑126 AGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AATATAATATGCATACT > 2:6256811/1‑128 GAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGATATAATAAAAATAATATTTATATttgcttaaaat > 2:5045804/1‑117 GAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAATttgaaaactat > 2:6481175/1‑117 ATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGATGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTTATTTTTTTATTTACTATT‑CAAAAAAAAAAAAAAAAATAATAAAATTTaaaaaataat > 1:6452532/1‑118 AAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAATAATTTACAAAAAATAAAAAATTATT > 2:5936077/1‑128 GTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAATA‑AATA‑AATTTAAATAATATAAAAAATTTTTTTa > 1:6158262/1‑127 CAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAATATTATATTTTTCTTAATATAAAAAATTTTTTTTCA > 1:1631213/1‑128 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aaataATTTTGTTTTGTTTTTTT‑TTTTTAATTTTTAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATA < 2:478579/123‑1 AATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATTTAATTGGCATAATATAAAAATTTTTTTTTAAAATAAGTATTAAGGAGTAAATTAAAAAAACAAAGATTTAT > 1:5339439/1‑128 aatTTGTTTTTTGTTTTTTTATTTAATATT‑TAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAAT < 2:5432732/125‑1 aATTGTGTTTGTTTTTTTTTTTTACAATT‑TAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATC < 1:515680/127‑1 TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGAATACTATAAAAAATTGTTTTTAAAATAAGTATTCAGTAGTAAATTTAAAAAACAAAGAGTTATAAATATT > 1:1753174/1‑128 tttttttTTTTTTTTTTTAATATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGG < 2:2489360/121‑1 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tttaatatttAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTAT < 2:434200/118‑1 tttaactcttAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAACTTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTAT < 2:4270653/118‑1 taattttAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAGATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTA < 1:5852397/121‑1 aatatttAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTATCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTAT < 1:3684793/121‑1 tattgAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTTTAAAAAATTTTTTTTAAAATAATTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTTGTTTTTTTTTTATATTATTTTTT > 1:4216763/6‑128 tattgAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTT < 1:1002035/123‑1 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AAAAAAAAATAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATTTAAAATTGTTTTTCAATTAAGTATTCAGTAGTAAATTTTAAAATCCAAGAGTTATATCTCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCT < 1:4948639/128‑1 ||| TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34819‑34945‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT > CP016816/34946‑35072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |