| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP016816 | 484,791 | T→A | intergenic (‑100/+71) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP016816 | 484,791 | 0 | T | A | 96.6% | 8503.1 / 102.1 | 2882 | intergenic (‑100/+71) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/54); new base A (1406/1375); total (1452/1430) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2988 total aligned reads displayed.
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ATTATTTAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCT > CP016816/484665‑484913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |