| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 420234 | 656 (0.420) | 247 (0.140) +TTT |
65/212 | 39.2 | 25.3% | intergenic (‑517/+326) | JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900 | 30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr |
| ? | CP016816 | 420235 = | 734 (0.410) | intergenic (‑518/+325) | JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900 | 30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 349 total aligned reads displayed.
TTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTAAAATTAAAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/420108‑420234‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTACAAAAATATAATTTATTTGATTAAACGTATATTTATGTTTAATAAAAATGGAAAAGAAAGTGAATTGTCATAATAATTTAATTAAATATATAACAATGTAAGTTTTAAA > CP016816/420235‑420361 |||| TTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TTCTCG‑T > 1:3788094/1‑128TTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCG‑T > 2:3783571/1‑128TTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCG‑T > 1:2195932/1‑128TTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTAG‑T > 1:1519813/1‑128TTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGATCG‑T > 2:824915/1‑128TTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGATCG‑T > 2:1920527/1‑128 TTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TTCTCG‑TT > 2:2168251/1‑128 TTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCG‑TT > 2:3080157/1‑128 TATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAGTTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCT‑TTT > 1:1881850/1‑128 TATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TTCTCG‑TTT > 1:2247580/1‑128 TATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCG‑TTT > 1:3164706/1‑128 ATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCG‑TTTT > 1:3043820/1‑128 TTATTTGATATATTAGAAAACAACAATCAATTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCG‑TTTTT < 1:929123/128‑1 TTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCG‑TTTTTTTTT > 1:1629856/1‑128 TGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCG‑TTTTTTTTTT > 1:675842/1‑128 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TTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTAAAATTAAAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTA‑TGCTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/420108‑420234‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTACAAAAATATAATTTATTTGATTAAACGTATATTTATGTTTAATAAAAATGGAAAAGAAAGTGAATTGTCATAATAATTTAATTAAATATATAACAATGTAAGTTTTAAA > CP016816/420235‑420361 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |