| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP016816 | = 34944 | 765 (0.430) | 703 (0.400) +TAA |
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| ? | CP016816 | 34945 = | 765 (0.430) | intergenic (+49/+117) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1311 total aligned reads displayed.
CTTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑‑ACTA‑‑TT‑‑‑G‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAA‑‑ATAA‑‑‑TATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCT > CP016816/34818‑35071 | ttACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTTAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAAACAAATACATTTTATTTTGTTTTTTTATTT‑‑ACTA‑‑TT‑‑‑G‑‑‑‑aa > 1:3111967/1‑128 (MQ=255) tcttTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTTGTTTTTTTATTT‑‑ACTA‑‑TT‑‑‑G‑‑‑‑aaaaaaa > 2:3061656/1‑128 (MQ=255) tttATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGTTTTTTTTATTT‑‑ACTA‑‑TT‑‑‑G‑‑‑‑aaaaaaaaa > 1:204262/1‑128 (MQ=255) gAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAATATTAAACCAAATACATAGTGTTTTTTTTTATTATTT‑‑ACTA‑‑TT‑‑‑G‑‑‑‑aaaaaaaaaaaaaa > 1:1874051/1‑128 (MQ=255) 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2:1748820/1‑128 (MQ=255) tA‑‑TT‑‑‑G‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAA‑‑AAAA‑‑‑TTTAATTTGGATACATTAAAAAATTTTTTTTAAAAAAAATATTAATGAATTAATTTAAAAAAACAAATGTTTTAAATAATGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAtttt > 1:3407583/1‑127 (MQ=255) t‑‑‑G‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAA‑‑ATAA‑‑‑TATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCt < 2:1191620/128‑1 (MQ=255) | CTTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑‑ACTA‑‑TT‑‑‑G‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAA‑‑ATAA‑‑‑TATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCT > CP016816/34818‑35071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |