| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 165,222 | G→A | intergenic (+186/‑356) | JCVSYN2_00665 → / → JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 165,222 | 0 | G | A | 98.9% | 3786.3 / 24.1 | 1231 | intergenic (+186/‑356) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (777/435); minor base . (2/12); total (780/451) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1252 total aligned reads displayed.
CTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATA‑TGC‑AAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGG‑TATTTTGTTGTCTAAGTAT‑CTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTA > CP016816/165097‑165347 | ttaaaTTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAAATTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATA‑TGC‑AAATTTTTAAAAaat < 2:1165419/125‑1 (MQ=255) ttAATTGTTTTACTTTACTAGTTGTTAATATTTAGTTTCATTAAATTTTATCACTTGTATGAATTAGTAAGTAAATAAAACTATTTTGTTTTTAGATATTTTTTGTATA‑TGC‑AAATTTTTAAAAaatt < 2:3836793/128‑1 (MQ=255) aaTTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATA‑TGC‑AAATTTTTAAAAaattaa > 2:884062/1‑128 (MQ=255) aTTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATA‑TGC‑AAATTTTTAAAAaattaat < 2:602029/128‑1 (MQ=255) 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CTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATA‑TGC‑AAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGG‑TATTTTGTTGTCTAAGTAT‑CTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTA > CP016816/165097‑165347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |