| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 87906 = | 2694 (0.810) | 431 (0.140) | 155/226 | 17.9 | 15.4% | intergenic (+33/‑827) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 |
| ? | CP016816 | = 87902 | 2284 (0.760) | intergenic (+29/‑831) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 3142 total aligned reads displayed.
GTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAGTTC > CP016816/87779‑88033 | ttAAAAAAAGTGGTTATTTAGTTGCAATTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGTTATTAATGGAAAGTCAAATGAATATTTATATTTTGAATATCTGTTTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑tttt < 1:3216592/127‑1 (MQ=255) tAACAAAATTTGTTATTTATTTTCAATTAAATTTAAAATTTATAATAAAATTTATATTAATTTAAATTAAAATTAATATTTAGATTTTGAATATCTTATTTAAATTGATTATTAAAAAATACA‑ttttt < 1:3316134/128‑1 (MQ=255) tAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑ttttt > 1:809256/1‑128 (MQ=255) tAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCAA‑ttttt > 1:6440291/1‑128 (MQ=255) aaaaGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAAAATCCA‑ttttttttt > 1:610601/1‑128 (MQ=255) aaaGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAATTCAAATGAATATTTATATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑tttttttttt < 1:7215516/128‑1 (MQ=255) aatttgTTATTTATTTTTAATTAAATTTAAAATTTATAATTAAATTTATATTCATTGAAATTCAAATTAATATTTATATTTTTAATATCTTATTTAAATGTATTATTAAACAATCCA‑ttttttttttt < 1:2601220/123‑1 (MQ=255) aGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑tttttttttttt > 1:584720/1‑128 (MQ=255) tGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑tatttttttttttt > 2:2162788/1‑128 (MQ=255) gTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑ttttttttttttttat > 1:3981278/1‑126 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |