BRESEQ :: Evidence

Read alignment evidence...
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*	CP016816	105,339	0	T	G	52.3%	1493.8 / inf	1669	intergenic (+834/+92)	JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430	translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (142/628); new base G (653/191); total (845/824)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 2077 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCG  >  CP016816/105212‑105467

   attaacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATTTTAATATAAATTATATAATTATTAATTATTATTTATAATTTTATATATACTTATAATAtaataa‑at                                                                                                                                         >  1:200363/6‑128 (MQ=255)

   attaacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATAATCTAAGTATTTATTAGTAATAAATAGTTTTTTAATCATTTAAAAAaaataa‑at                                                                                                                                         >  1:4734342/6‑128 (MQ=255)

      aacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtga‑attta                                                                                                                                      >  1:6049691/3‑128 (MQ=255)

      aTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtga‑attta                                                                                                                                      <  2:5725065/128‑1 (MQ=255)

       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTATAATTTTAATATAAtga‑atttaa                                                                                                                                     >  1:3171785/2‑128 (MQ=255)

       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatga‑att                                                                                                                                        >  1:787591/2‑125 (MQ=255)

       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtga‑atttaa                                                                                                                                     >  2:5179662/2‑128 (MQ=255)

       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATCTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATTATTGATTATTTTATTTATAATTTTAATATAAtga‑atataa                                                                                                                                     >  1:2493370/2‑128 (MQ=255)

       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATATTAATATAAATTATATAATTAATTATTAAAATTTATAATAATATATATAATTTAAATATAAtta‑atttaa                                                                                                                                     >  1:1041855/2‑128 (MQ=255)

        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtga‑atttaa‑t                                                                                                                                   <  1:613896/128‑1 (MQ=255)

        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGAATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtaa‑atttaa‑t                                                                                                                                   >  1:4447996/1‑128 (MQ=255)

         aaGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATAAGCTAAGTATTTATAATGATTAATTAGTATAATAATACATTTAATATAATaa‑aataaa‑t‑t                                                                                                                                 >  1:5045353/1‑128 (MQ=255)

         aaGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATga‑atttaa‑t‑t                                                                                                                                 >  1:5553340/1‑128 (MQ=255)

         aaGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaatga‑at                                                                                                                                         >  2:1561150/1‑122 (MQ=255)

         aaGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATga‑atttaa‑t‑t                                                                                                                                 <  1:1559818/128‑1 (MQ=255)

         aaGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGAATTTATTAGTTTATTTATACTAttaatataatta‑atataaat                                                                                                                                   >  2:2704018/1‑126 (MQ=255)

           gCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATATAATTATTTATTATTATTTATTATTTTAATTATAATTTTAAAAAAAATA‑ATttaa‑t‑t‑a‑a                                                                                                                             >  1:5169669/1‑128 (MQ=255)

            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATTAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTATATAAATATTAATTATAATTAAATAAATTATTTATAATATTAATATAATAA‑AATAAA‑T‑T‑a‑aa                                                                                                                            >  1:5372823/1‑128 (MQ=255)

             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑a‑aaa                                                                                                                           <  1:915345/128‑1 (MQ=255)

              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAat                                                                                                                          <  1:7193184/128‑1 (MQ=255)

              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTACTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAat                                                                                                                          <  1:4069296/128‑1 (MQ=255)

                  ttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaatga‑at                                                                                                                                         <  1:4861464/113‑1 (MQ=255)

                    aTTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTA‑AATTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑t‑‑a                                                                                                                 >  1:5613311/1‑128 (MQ=255)

                     tttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGAATAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑t‑‑aa                                                                                                                >  1:368045/1‑128 (MQ=255)

                     tttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTCATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATAA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATAT‑t‑‑aa                                                                                                                >  1:4577455/1‑128 (MQ=255)

                       tGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGGATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑a‑‑aat‑‑a                                                                                                            >  1:1427731/1‑128 (MQ=255)

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                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATATAAGTATTTATTATTATTGATTAGTTTATTTATAATTTTAATATAATGA‑ATATAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑aaaaaa                                                                                                       >  2:2133571/1‑128 (MQ=255)

                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑aaaaaa                                                                                                       >  2:557172/1‑128 (MQ=255)

                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑aaaaaa                                                                                                       >  1:6557164/1‑128 (MQ=255)

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                                 attattaTATTATGTAATTTTTATTTTTAATGTTAAAATAAATTAGCTAATTATTTATTATGTTTTATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATTA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaa                                                                                                  <  2:3570285/127‑1 (MQ=255)

                                   tattatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATAA‑ATATAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑A‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaa                                                                                                >  1:3939256/1‑128 (MQ=255)

                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaa‑aa                                                                                            >  1:5757379/1‑128 (MQ=255)

                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTAATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaa‑aa                                                                                            >  1:6826694/1‑128 (MQ=255)

                                       ataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑A‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaa‑aaa                                                                                           >  1:6728494/1‑128 (MQ=255)

                                         aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaa‑aaaaa                                                                                         >  2:5518483/1‑127 (MQ=255)

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                                           ttttaaaTAATAAATATTAATTTTAATTTAAATTATATAATTATTTTTTATTATTTTTTTTTTTTTTTATAATTTTAATATAATTT‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAA‑AAAACaa                                                                                       <  1:5683349/124‑1 (MQ=255)

                                             ttaaaaaaTAAATATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGGATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAGAc                                                                                    <  2:5449407/126‑1 (MQ=255)

                                              gAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaa‑aaaaaaaatc                                                                                    >  2:5966033/1‑125 (MQ=255)

                                                   aataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaa‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                               >  1:643218/1‑120 (MQ=255)

                                                    ataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaa‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                              >  2:5664021/1‑119 (MQ=255)

                                                        attttAATTTTAATATAAATTTTCTAATTTTTTTTTTTGTTTTTTTATTTTATTTTTACTTTTAATATAATTA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAGACCTAATATTGt                                                                          <  1:3291964/125‑1 (MQ=255)

                                                          tttAATTTTATTATAAATTTTTTAAGTTTTTATTTTGTTTGATTATTTTATTTTTTATTTTTATATAATTA‑ATTTTA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑TATA‑AAAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAGACCTAATATTGtt                                                                         <  1:6981862/127‑1 (MQ=255)

                                                              aTGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATATATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑AAATAAAATAAAAA‑AAAA‑AAAACCAAATAATTTTaaaaaa                                                                   >  2:6539774/1‑127 (MQ=255)

                                                                   aaTATAAATTATCTAATTATTTTTTAGTATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATGT‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaat                                                                <  2:1133231/128‑1 (MQ=255)

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                                                                      ataAATTATCTAATTATTTATTATGATTGATTTTTTTATTTATAGTTTTAATTATATTA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAAAATTT‑T‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaattaat                                                            <  1:5839023/128‑1 (MQ=255)

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                                                                         aaTTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAAAAAAAAATTTTATAAAAAAAAataattaa                                                         >  1:2612488/1‑128 (MQ=255)

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TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTA‑ATTTAA‑T‑T‑A‑AAATATTT‑T‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCG  >  CP016816/105212‑105467

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 15 ≤` `ATCG/ATCG` `< 16 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`