| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 202486 | 194 (0.090) | 427 (0.200) | 110/252 | 27.4 | 68.0% | intergenic (+264/‑411) | JCVSYN2_00840/JCVSYN2_00845 | hypothetical protein/lipoprotein |
| ? | CP016816 | 202490 = | 207 (0.100) | intergenic (+268/‑407) | JCVSYN2_00840/JCVSYN2_00845 | hypothetical protein/lipoprotein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 427 total aligned reads displayed.
GTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑AA‑AAAAAAAACAATCCCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/202360‑202486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAA‑T‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCTAATATATATAATACTATA > CP016816/202490‑202616 tTTAGTGTTATTAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACAATAAACTTAATAATTCTTATAATTAAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑AA‑AAAAAAAACAATCCCCTTA < 2:840877/127‑1GTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑AA‑AAAAAAAACAATCCCCTTA > 1:3776423/1‑128GTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTAATAATTTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTTTTTTTTTATCTTCACAAAT‑AA‑AAAAAAAAAAATACCATTA > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |