Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP01681687,9040T.45.3% 566.6 / inf 362intergenic (+31/‑829)JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350hypothetical protein/50S ribosomal protein L31
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (85/106);  new base . (68/90);  total (153/209)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.68e-01

Only 100 of 490 total aligned reads displayed.

TGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAAT‑TACCTAATATTATTTTAGT  >  CP016816/87778‑88031
                                                                                                                               |                                                                                                                                
   aaCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGTATTATTAAACAATAAAttattt                                                                                                                              >  2:792898/1‑128 (MQ=255)
    aCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAAAATAAAttattta                                                                                                                             >  2:2108726/1‑127 (MQ=255)
     aaaaaGTGGTTATTGAGTTGCAAGTATAGTTAAAATTGATAATAAAATTGATATTGATGGAAAGTAAAATGAATATTTA‑TATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTTTTAAACAATCCAtttttttt                                                                                                                            <  2:3363534/127‑1 (MQ=255)
      aacaGTGGGTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTTATAAAAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAAAATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttt                                                                                                                           <  1:277900/125‑1 (MQ=255)
        atttGGTTATTTAGTTTAAATTTAATTTCTAATTTTTATAAAAATTTTTATTAATGTAAATTCAAATTTA‑ATTTATCATTTTTAATAGCTGATTTAAATTGTTTTTTTTACAATCCAttttttttttt                                                                                                                         <  1:4505924/125‑1 (MQ=255)
         aGTTGTTATTTATTTGCAATTAAATTTAAATTTTATAATTAAATTTATATTAATTGTAATTAAAATTTATATTTT‑GATTTTGAATATCTTTTTTAAATGGATTATTAAACAATACAtttttttttttt                                                                                                                        <  1:1735414/128‑1 (MQ=255)
          tttgTTATTGATTTGCAATTAAATTTCAAATTTATAATAAAATTTATATTATTGGAAAGTTAAAAGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTTATTTAAATTGATTATTAAACAATCCAttttttttttttt                                                                                                                       <  1:3854278/125‑1 (MQ=255)
          tttgTTATTGATTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATTATTAAATTGATATTCATGGAAATTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGATGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttt                                                                                                                       <  2:4431003/125‑1 (MQ=255)
          gTGGTTATTGAGTTGCAAGTTAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttt                                                                                                                       <  1:3451331/128‑1 (MQ=255)
          gTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttt                                                                                                                       >  2:327135/1‑128 (MQ=255)
           tGGTTATTTTGTTGCAATTAAAGTTAAAATTTATAATAAAATTTATATTAATGTAAAGTCAAATTAATATTTT‑TATTTTTAATAGCTTATTTTAATGGATTATTAAAAAATCCAttttttttttttta                                                                                                                      <  1:561504/128‑2 (MQ=255)
           gggTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATTTTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTT‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAAAATCCAttttttttttttta                                                                                                                      <  1:1138854/127‑2 (MQ=255)
            gtttATTGTGTTGCAATTAAAGTTAAAATTGATAATAAAATTGATATTAATGGAAAGTCAAATTAATATTTA‑TATTTTGAATATCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaa                                                                                                                     <  1:3358666/126‑3 (MQ=255)
            ggTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttta                                                                                                                     >  2:2402704/1‑127 (MQ=255)
             cttATTGAGTTGGAATTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGTAAGTCAAATGTATATTTA‑TATTTTGAATAGCTGATTTAAATTGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaat                                                                                                                    <  1:2247183/127‑4 (MQ=255)
              ttATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaata                                                                                                                   >  2:1941706/1‑124 (MQ=255)
               tATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaataa                                                                                                                  >  2:4211948/1‑123 (MQ=255)
               tATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAAATGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaataa                                                                                                                  <  2:3895066/128‑6 (MQ=255)
                attttgTTGCAAGTAAAGTTAAAATTTATAATAAAATTTATATTCATTGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATATCTGATTTAAATTGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaataaa                                                                                                                 <  1:920926/123‑7 (MQ=255)
                aTTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttttattaa                                                                                                                 >  1:4307670/1‑123 (MQ=255)
                 ttGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATATTAAAATTGATATTCATGGAAAGTAAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATATCTGATTTATATTGAATATTAAAAAATCCAtattttattttattataaaa                                                                                                                >  2:498663/1‑122 (MQ=255)
                 ttGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaaaaaaa                                                                                                                >  1:649027/1‑121 (MQ=255)
                  tGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttttattaaaa                                                                                                               >  1:3115422/1‑121 (MQ=255)
                  tGAGTTGCAAGTAAAGTCCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACATTACAttttttttttttttataaaaa                                                                                                               >  1:2091275/1‑121 (MQ=255)
                   ttgTTTCAAGTAAAGTTAAAATTTATAATAAATTTGTTATTAATGGAAATTAAAATGAATATTTT‑TATTTTTATTATCTTATTTAAATGTATTATTTAAAAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAg                                                                                                            <  2:1099824/126‑1 (MQ=255)
                   gAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTATTaaaaa                                                                                                             >  2:3478100/1‑128 (MQ=255)
                    tttttcAATTAAATTTAAAATTTATAAAAAATATGATATTCATGGAAAGTCAAATTAATATTTA‑TATTTTTAATATCTGTTTTAAATTGTTTATTAAAAAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAg                                                                                                            <  2:2296488/123‑1 (MQ=255)
                    aGTTTCAAGTAAAGTTCAAATTTATAATAAAATTGATATTCATGGTAAGTCAAATTTATATTTA‑TATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGTTTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGa                                                                                                           <  1:2941282/128‑1 (MQ=255)
                    aGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCAAtttttttttttttaaaaaaaaga                                                                                                             >  1:668354/1‑118 (MQ=255)
                     gTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGa                                                                                                           >  2:3838853/1‑128 (MQ=255)
                       ttcAATTAAATTTAAAAATTATTATAAAATTGATATTTATTGAAATTCAAATTAAAATTTA‑GATTTTTAATTGCTGATTTAAATTGTTTATTAAAAAAACCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTc                                                                                                        <  1:722058/126‑1 (MQ=255)
                         ttagatcttttCAAATTTATTATAAAATTTATATTCATGTTAAGTAAAATGAATATTTA‑TATTTTGAATATCTGTTTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcac                                                                                                      <  1:3917711/119‑1 (MQ=255)
                          aatttatgTTCTAATTGATAATTAAATTTATATTAAAGGAAAGTCAAATTAATATTTT‑TAATTTGAATAGCTGATTTAAATTGATTATTAAACAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcact                                                                                                     <  2:2853813/121‑2 (MQ=255)
                          aaGTAAATTTCATATTGATAATAAAATTGATTTTCATGGAAAGTCAAATGTATAATTT‑TATTTTGTATAGCTGTATTAAATGGAATAATAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcact                                                                                                     <  2:3671641/128‑2 (MQ=255)
                           attaaattttaaatttTTAATAAAATTTATATTTATTGAAATTTAAATTAATATTTA‑TTTTTTGAATATCTGATTTAAATTGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcactt                                                                                                    <  1:4378676/126‑3 (MQ=255)
                            gTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATACTCAAAt                                                                                                    >  1:3317154/1‑128 (MQ=255)
                             tatttttataaTTGATTATAAATTTGATATTCATGTATATTCAAATTAATATTTA‑TATTTTTATTTCCTGATTTAAATTGTTTATTAAAAAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATa                                                                                                   <  2:1687214/119‑1 (MQ=255)
                              aaaTTTCAAATTGTTAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATaa                                                                                                  <  1:793285/128‑1 (MQ=255)
                              aaaGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCAATTTTTTTTTTTTTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                   >  2:723937/1‑118 (MQ=255)
                               aaGTTCATATTTATTATAAAATTGTTATTAATGTAATGTAAAATTAATTTTTA‑GTTTTTGAATAGATTTTTTAAATGGATTATTAATCAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACTTATGt                                                                                                <  1:2992266/128‑1 (MQ=255)
                               aaGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTCTTTTTATTaaaaaaaaaaaaatgtaattt                                                                                                  >  2:2787007/1‑117 (MQ=255)
                                atttaaaaTTGATAATAAATTTTATTTTTATTGAAATTAAAATTTATATTTT‑TTTTTTGTATATCTGTTTTAAATTGATTTTTTAAAAATCAA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTg                                                                                               <  1:3017696/123‑1 (MQ=255)
                                  ttCAAATTTTTAATTAAATTGTTATTTATGGAAAGTCAAATGAAAATTTA‑TTTTTTGAATATCTGATTTAAATTGTTTAATAAAAAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAg                                                                                             <  1:4151248/128‑1 (MQ=255)
                                    cAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttta                                                                                                                      <  2:1756418/103‑2 (MQ=255)
                                      atttgtaaataaAATTTTATTTAATGTAAATTAAAATTAATATTTT‑GTTTTTTAATAGCTTTTTATAATGTATTATTAAAAAATCAA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCaa                                                                                         <  1:2219345/121‑1 (MQ=255)
                                        ttGATAATAAATTTGTAATTCATGGAAAGTAAAATTAAAATTTT‑TATTTTGAAAATCTGATTTAAATTGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAAt                                                                                        <  1:1298584/128‑1 (MQ=255)
                                        cttcagatatAATTGATATTAATGGAAATTCAAATTAATATTTA‑TATTTTTAATATTTTATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAAtt                                                                                       <  1:12071/122‑1 (MQ=255)
                                         tgtaaataaAATTGAAATTCAAGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGCTTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAAtt                                                                                       <  2:879602/124‑1 (MQ=255)
                                           ataataAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATTAATATTTA‑GATTTTGATTAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGc                                                                                     <  2:1468345/128‑1 (MQ=255)
                                           ataaaaAAATTTATATTCATTGAAAGTAAAATGAATTTTTT‑TAGTTTGAATAGGTGATTTAAATAGATAAATAAAAAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCg                                                                                    <  1:2458744/128‑1 (MQ=255)
                                            taatacAATTTATATTTATGGAAATTAATATTAATATTTA‑TATTTAGAAAAGCTGATTTAAATTGTTTATTAAAAATTCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGa                                                                                   <  2:4000132/128‑1 (MQ=255)
                                             aataaataTGATATTTATGGTAAGTGAAATTTATATTTA‑GATTTTTAATATCTGTTTTAAATGGTTTATTTAACAATCC‑‑TATTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGat                                                                                  <  2:2596086/128‑1 (MQ=255)
                                             aataaAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATACTAAAATAAGTTAGTCAAttaaga                                                                                   >  2:4531727/1‑124 (MQ=255)
                                              ataaAATTGATATTCATGGAAAGTCAAAAGAATATTTA‑GATTTTGAAAATATGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGat                                                                                  <  1:3959061/128‑1 (MQ=255)
                                                   aTTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAAACACACATAAGTGATACAATTGCGATTAttt                                                                             >  1:3996344/1‑128 (MQ=255)
                                                       tttttCATTGTAAGTCAAATTAAAATTTT‑TTTTTTGAATAGCTTATTTAAATTGATTATTAAAAAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaatta                                                                        <  1:1041761/125‑1 (MQ=255)
                                                       atttttaTGGAAAGTTAAATGTATTTTTA‑GTTTTTGTATTTTTTTTTTAAATGGTTTTTTATAAAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAGGTGAGTCAATTGCGATTATttaatta                                                                        <  1:1447902/122‑1 (MQ=255)
                                                       atatTGATTGAAATTCTAATTAATTTTTA‑TATTTTTAATATCTTATTTTAATTTTTTATTAAACAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaatta                                                                        <  1:3687582/128‑1 (MQ=255)
                                                            cATGGAAATTTAATTGAATTTTTA‑TATTTTGTATAGCTGTTTTAAATGTTTTATTAAAAAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaattattaat                                                                   <  1:31780/128‑1 (MQ=255)
                                                             aTGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCAA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAATAATAAAATAATTTATTAAATTGATTTTATttaattattaatt                                                                  >  2:1810065/1‑128 (MQ=255)
                                                             aTGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGATGATTTAAATGGATTATTAAACAAT‑AAATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATAATAAAAAAATTAATAAAATTAATATTATttaattataaat                                                                   >  2:3028074/1‑128 (MQ=255)
                                                               ggAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCTATTGCGATTATttaattattaatta                                                                 >  1:3593404/1‑128 (MQ=255)
                                                                  acttCAAAAGAATATTTA‑TTTTTTGAATAGCTGAATTAAATTGTTTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTc                                                              <  1:3771400/125‑1 (MQ=255)
                                                                    ttataaattatttttA‑TATTTTTAAAATTTTATTTAAATTGATTATTAAA‑AATACA‑ATTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCttt                                                           <  1:1241846/116‑1 (MQ=255)
                                                                    gTCAAATGATTATTTA‑GATTTTGAATATCTGATTTAAATTGATTATTAAACAAT‑CAATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCtt                                                            <  2:203259/128‑1 (MQ=255)
                                                                        aaTGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTAAATTGCGATTATTTAATTATTAATTAATATTttat                                                        >  1:4237721/1‑128 (MQ=255)
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                                                                                                                               |                                                                                                                                
TGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTA‑GATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAAT‑TACCTAATATTATTTTAGT  >  CP016816/87778‑88031

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑