| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 87,917 | 1 | . | T | 54.2% | inf / inf | 1748 | intergenic (+44/‑816) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (393/407); new base T (473/475); total (866/882) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1961 total aligned reads displayed.
GGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAGTTCATGTACAAGTC > CP016816/87790‑88044 | agtggttattgagttgcaagtaaagttcaaattgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccat‑tt‑t‑tttttt‑tt < 2:3975294‑M1/12‑1 (MQ=255) tttagttttaattAAATTTAAAATTTTTTATAAAATTTATATTTATTGAAATTTAAATGTATTTTTATATTTTTAATATCTGTTTTAAATGGTTTATTAAACAATCCA‑TTT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑Taaa < 1:2791572/116‑1 (MQ=255) attgagttgcaagtaaagttcaaattgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑Taaa < 2:4317249‑M1/19‑1 (MQ=255) ttgagttgcaagtaaagttcaaattgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑Taaaa < 1:3579200‑M1/20‑1 (MQ=255) gTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGa > 2:3838853/1‑128 (MQ=255) aGTAAACTTCACATTGATACTAAAATTGATAATCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATACCTGATTTAAAAGGATTATTAAACAATCCA‑ATT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTcact < 2:3687124/128‑2 (MQ=255) caagtaaagttcaaattgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatgtattattaaacaatccaT‑TTAT‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAATAATACtcaa < 1:2580294‑M1/28‑2 (MQ=255) tAAAGTGAAAATAGTTAATAAAATTTATATTTATGGATAGTCTAATGTATATTTATATTTTGAATAGATGAATTAAATGGATTATTAAAAAATCCA‑‑TT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATaa < 1:2871862/128‑1 (MQ=255) taaagttcaaattgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAgactcacttat > 2:4245329‑M1/97‑124 (MQ=255) aGTTTAAATTTATAATTAAATTTTTATTCATTGAAAGTAAAATGAATATTTAGAATTTGAATATCTGATTTAAATCGATAATTAAACAATCCA‑‑TT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTg < 2:816484/128‑1 (MQ=255) aaagttcaaattgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAg > 2:3624873‑M1/96‑128 (MQ=255) aatttcaaatttataataaaaatgatattcatggaaattaaaattaatatttatattttgaatatcttatttaaatgtattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGt > 2:2720487‑M1/95‑128 (MQ=255) aagttcaaattgaaaataaaattgatattcatggaaactcaaatgaatatttagattttgaatagcttaattaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAaagactcacttatgt > 2:1674873‑M1/95‑122 (MQ=255) agttaaaattgataataaaattgatatttattgaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACTTAtgtg > 1:2460858‑M1/94‑128 (MQ=255) gttcaaattgataaaaaaatttaaattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGa > 2:894162‑M1/93‑128 (MQ=255) catatttataataaaattgatattcatggaaattcaaatgaatttttatattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTc > 2:2948938‑M1/90‑128 (MQ=255) caaattgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAATAATCAAATAAGTGAGTc < 1:471280‑M1/39‑1 (MQ=255) caaattgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTAACataagttattc < 2:1834863‑M1/39‑6 (MQ=255) caaattgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatcaaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAATActaaaataaataagaa < 1:893676‑M1/39‑8 (MQ=255) aaattgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑AAAAAATACTAAAATAAGTGAGTCa < 1:2649810‑M1/40‑1 (MQ=255) aattgataataatattgataatatttgaaattaaaatgtatatttagattttgaatagctgttttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCaa > 1:2006378‑M1/88‑128 (MQ=255) aattgataataaaattgataatcatggaaaggcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCaa > 2:1777878‑M1/88‑128 (MQ=255) ttgataagaaaatagaaattcatggaaattcaaaagaatatttatattttgaatatatgatttaaaaggattaataaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAAtt > 2:450066‑M1/86‑128 (MQ=255) tgataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatcaaT‑TT‑A‑TTTTTT‑TT‑AAATAAaaagaatcaaataaaatattaaaata < 1:2115376‑M1/44‑13 (MQ=255) tataataaaattgaaattcatggaaagtcaaatgaatatttatattttgaatagctgatttaaatggattaataaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGc > 2:144272‑M1/84‑128 (MQ=255) gataataaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGAATCAAATAATTGAGTAAATTGc < 2:243365‑M1/45‑1 (MQ=255) ataaAATTGATATTCATGGAAAGTCAAAAGAATATTTAGATTTTGAAAATATGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGat < 1:3959061/128‑1 (MQ=255) aaaattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAACGAATCACATAAGTGATTCAATTGGtattat < 1:1810987‑M1/51‑1 (MQ=255) aattgatattcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAATACTCAAATAAATAATTCATTTTCgattatta < 1:1515154‑M1/53‑2 (MQ=255) ttgatattcatggtatgtcaaatgtatatttatattttgattagctgattttaatggattattatacaatcctT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaat > 1:4227182‑M1/74‑128 (MQ=255) atttttaTGGAAAGTTAAATGTATTTTTAGTTTTTGTATTTTTTTTTTAAATGGTTTTTTATAAAATACA‑‑TT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAGGTGAGTCAATTGCGATTATttaatta < 1:1447902/122‑1 (MQ=255) ttttattcattgaaagtcaaatgaatattttgattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaat > 1:1096426‑M1/73‑128 (MQ=255) tcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaattcaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaattattaa > 1:3639214‑M1/67‑128 (MQ=255) tcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAATACTCAAATAATTTATTCAATTTCTATTATttaattattaa < 2:52941‑M1/62‑1 (MQ=255) tcatggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTTAGTCAATTGCGATTATttaattattaa < 1:3865577‑M1/62‑1 (MQ=255) atggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCAAATAAGTGATTAAATTTCGATTATttaattattaatt < 2:643214‑M1/64‑1 (MQ=255) atggaaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AAATAAAAATAAACACATAATTTAGTCAATTGCTATTTTttaataataaatt < 2:2352236‑M1/64‑1 (MQ=255) acttCAAAAGAATATTTATTTTTTGAATAGCTGAATTAAATTGTTTATTAAACAATCCA‑TTT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTc < 1:3771400/125‑1 (MQ=255) aaagtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAAACTAACATAATTTAGTCAATTGAGATTATTTAATTATTAATTATTc < 2:4397100‑M1/68‑1 (MQ=255) gtcaaatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGACAATTGCGATTATTTAATTTTTAATTATTATTtg < 1:369810‑M1/71‑1 (MQ=255) gAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑‑A‑TAAAAAGACTCACAAATGAAAGAAAATTGCTAGAATATAATTATTAATTATTCttcgttaaa > 1:1928010/1‑121 (MQ=255) aatgaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTttgatt < 1:4379732‑M1/75‑2 (MQ=255) ttaatatttattatttgaatagctgatttaaattgattattaaaaaatacaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGaa > 1:117084‑M1/52‑128 (MQ=255) tatTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTT‑TT‑T‑TTTTTT‑T‑‑‑A‑TAAAAATACAAAAATAAGTGATTAATTTGCTATTATTTTATTATTATTTATTATTttatttattat > 1:2244318/1‑121 (MQ=255) gaatatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑T‑‑AA‑TAAAAATACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTATTTGATGAACTa < 2:1095372‑M1/78‑1 (MQ=255) atatttagatattgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTAt > 2:2505476‑M1/49‑128 (MQ=255) tatttttatttttaattgcttatttaaatgtttttttaaacaatacaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTAtt > 1:2298585‑M1/48‑128 (MQ=255) tatttatatttttaatagcttatttaaattgattattaaaaaaatcaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTAt > 2:3099379‑M1/48‑128 (MQ=255) tatttagattttgaatatcttatttaaattgattattaaaaaatacaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTAt > 1:3220455‑M1/48‑128 (MQ=255) tatttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTAt > 1:995719‑M1/48‑128 (MQ=255) atttagatttttaatattatatttaaatttaatattaaaaaatacaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTAtt > 1:603360‑M1/47‑128 (MQ=255) atttagattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTAtt > 1:3521155‑M1/47‑128 (MQ=255) agattttgaatatctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTAcc > 1:1590524‑M1/43‑128 (MQ=255) agattttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTAcc < 2:2575930‑M1/86‑1 (MQ=255) gatttggaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACct > 1:4306474‑M1/42‑128 (MQ=255) attttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACctt > 1:4165770‑M1/41‑128 (MQ=255) attttgaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑T‑‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaatt > 2:3374214‑M1/41‑95 (MQ=255) tGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTT‑TT‑T‑TTTTTT‑T‑‑‑A‑TAAAAAGAATCAAAAAATATAGTAAATTCAAATAATTTAATAATTAATTATAATTTTATTAACTATTTaaaatacta > 1:3121553/1‑120 (MQ=255) tttgaatagctgagttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTTATGAACTATTTACctttc < 2:2010288‑M1/90‑1 (MQ=255) taaattttaTTTAAAGTGTTTAATAAACAAAACA‑ATT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCAAATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACctttcttt < 2:739253/120‑1 (MQ=255) gaatagctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACctttcttt < 2:2631538‑M1/93‑1 (MQ=255) agctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTATTTTATTAACTATTTACATTTCTTTAGGt < 2:1523989‑M1/97‑1 (MQ=255) gctgatttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACACACAAAAGTTAGTAAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTTATGAACTATTTACCTTTctttatgtt < 1:3418680‑M1/98‑5 (MQ=255) gctgatataaatgtataattaaacaatcaaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTa > 2:4077752‑M1/31‑128 (MQ=255) gATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTAACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTTTTATTTGTTGAAATATTTACATTTATTTATGTaaa > 1:4508445/1‑127 (MQ=255) tttAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACACACAAAATTGATTCAATTACGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATTAACTAATTACCTTTCTTTAgtaacata > 1:766434/1‑121 (MQ=255) tttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGAGATTATTTAATTATTTATTATTCTTTGATGAACTATTTACATTTCTTTATGTAACtaa < 2:3774398‑M1/103‑1 (MQ=255) tttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCAAATAATTTAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGTTAACtaa < 2:2131488‑M1/103‑1 (MQ=255) tttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTAACATAAGTGAGTAAATTGCGATTATTTATTTATTAATTATTCTTTGATGAAATATTTAAATTTCTTTAGGTAACtaa < 2:3249539‑M1/103‑1 (MQ=255) tttaaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTTTTAATTATTCTTTGATGACATATTTACATTTATTTAGGTAACtaat < 1:1365198‑M1/103‑1 (MQ=255) ttaaatttatttttaaataatacaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACtaat > 1:2204002‑M1/25‑128 (MQ=255) aatgttttattaAAAAATTAATTTT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACtaatt < 1:1659637/122‑1 (MQ=255) taaatggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTTTGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTTTTCTTTGATTAACTATTTACATTTCTTTTAGTAAAtaatt < 1:1245946‑M1/105‑1 (MQ=255) aatgcttttttaaaaaaatataT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACtaattaa > 2:2265273‑M1/23‑128 (MQ=255) aaatttattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTTATT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGAGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACtaatta > 2:2212078‑M1/23‑128 (MQ=255) atggattatttatccattcaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACtaattaat > 2:1891423‑M1/21‑128 (MQ=255) atggattattaacaaatacaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACtaattaat > 1:4103872‑M1/21‑128 (MQ=255) tggattatttaccacttcaTGTT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTaattaatt > 1:4015687‑M1/20‑128 (MQ=255) tggattattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTATTTAGGTAACTaattaatt < 2:4158837‑M1/109‑1 (MQ=255) ttattaAACAATCCA‑‑TT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑AAAAAAGAAAAAAATAATTTATACATTTGCTATTTTTTATTTATTAATTATTGTTTATTAAAATTTTAACATTTGATAAGTTAATTAATTAATTAcat > 1:821798/1‑126 (MQ=255) ttattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTTTTTAATTATTAATTATTATTTGATGAACTATTTACATTACTTTAGGTAACTAATTAATTACCt < 2:3018706‑M1/113‑1 (MQ=255) ttattaaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATTAACTATTTACATTTCTTTAGGTAAATAATTAATTACCt < 2:3473531‑M1/113‑1 (MQ=255) tattaaacaatcgaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTa > 2:3167079‑M1/15‑128 (MQ=255) ttaaacaatacaT‑AT‑TATTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAat > 2:1364188‑M1/13‑128 (MQ=255) taaaaaatcaatt‑tt‑t‑tttttt‑tt‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAata < 1:3017390/117‑1 (MQ=255) aaacaatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TTTAA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAatat < 2:2799884‑M1/118‑1 (MQ=255) aaaaatcatt‑tt‑t‑tttttt‑tt‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAAtatta < 1:100741/120‑1 (MQ=255) ataatccaT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTATTTTTTCTTTGATGAAATATTTACCTTTATTTAGTTAACTAATTAATTACCTAAttttat < 2:1614468‑M1/120‑1 (MQ=255) taaattt‑tt‑t‑tttttg‑tt‑AA‑TAAAAAGAATCACATAAGTGAGTTAATTGAGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTAttt < 2:2062259/124‑1 (MQ=255) atccatt‑tt‑t‑tttttt‑tt‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTATTATATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTAttt > 1:1710232/6‑128 (MQ=255) atccatt‑tt‑t‑tttttt‑tt‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGACAATTGCGATTATTTAATTATAAATTATTCTTTTATGAAATATTTACCTTAATTTAGGTAAATAATTAATTACCTAATATTAttt > 1:688737/6‑128 (MQ=255) atccatt‑tt‑t‑tttttt‑tt‑AA‑TAAAAAGACACACATAAGTTAGTCAATTGGGATTATTTAATTTTTAATTATTATTTGATGAACTATTTACCTTTATTTAGTTAACTAATTAATTACATATTATTAttt > 1:2392608/6‑128 (MQ=255) catt‑tt‑t‑tttttt‑tt‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACATAATATTATTTTAg > 2:3899044/3‑128 (MQ=255) tt‑tt‑t‑tttttt‑tt‑AA‑TTATAATACTGAAATTAGTGAGTTAATTGCGATTTTTTTATTATTAATTTTTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTAGCTAATATTATTTTAGtt < 1:2947325/128‑1 (MQ=255) tt‑tt‑t‑tttttt‑tt‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAGtt < 2:1194913/128‑1 (MQ=255) T‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCAAATAAGTGAGTCAATTGAGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAGTTc > 2:2869245‑M1/1‑128 (MQ=255) TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAAATATTCTTTGATGAACTATTTACCTTACTTTAGTAAACTAATTAATTACCTAATATAATTTTAGTTCa < 2:470728‑M1/128‑1 (MQ=255) TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTCCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTATTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTAATTTAGTTCATGt < 2:3542115‑M1/128‑1 (MQ=255) TT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTAAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAGTTCATGTACaa > 1:3331189‑M1/1‑128 (MQ=255) T‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAGTTCATGTACAAGTc > 2:1273458‑M1/1‑128 (MQ=255) | GGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTT‑TT‑T‑TTTTTT‑TT‑AA‑TAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAGTTCATGTACAAGTC > CP016816/87790‑88044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |