| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 165,218 | A→T | intergenic (+182/‑360) | JCVSYN2_00665 → / → JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 165,218 | 0 | A | T | 98.7% | 1827.2 / NA | 613 | intergenic (+182/‑360) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/6); new base T (389/216); total (391/222) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 636 total aligned reads displayed.
TTTACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTAAAAGAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAA > CP016816/165093‑165344 | tttACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTtaa < 2:1136995/128‑1 (MQ=255)tttACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTtaa > 2:786009/1‑128 (MQ=255) ttACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTtaaa > 1:1035655/1‑128 (MQ=255) ttACTTTAATAGTATTAATTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTtaaa < 1:1232368/128‑1 (MQ=255) cTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTaaaaaa > 1:272731/1‑128 (MQ=255) tAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaatta > 1:10544/1‑128 (MQ=255) tAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaatta > 1:1594738/1‑128 (MQ=255) aaTTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaatta‑a > 1:1002323/1‑128 (MQ=255) aaTTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaatta‑a < 2:1064796/128‑1 (MQ=255) tGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑Attt < 1:1200387/128‑1 (MQ=255) tGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑Attt < 2:832794/128‑1 (MQ=255) tGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑Attt < 2:1375708/128‑1 (MQ=255) tGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑Attt < 1:786009/128‑1 (MQ=255) tATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGa < 2:620491/128‑1 (MQ=255) actttactAGTTGTTAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGATTTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCATTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAATATTA‑ATTTGAACtt < 1:1497685/128‑1 (MQ=255) tttactAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGt > 1:1101806/1‑128 (MQ=255) tttactAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGt > 2:1960249/1‑128 (MQ=255) tttactAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGt > 1:353326/1‑128 (MQ=255) tttactAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATAA‑ATTTGAACTTGt < 2:976961/128‑1 (MQ=255) ttactAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTa > 2:1720886/1‑128 (MQ=255) ttactAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTa > 1:469058/1‑128 (MQ=255) ttactAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATATGAACTTGTa > 1:974890/1‑128 (MQ=255) actAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTaaa < 2:1659694/128‑1 (MQ=255) atAGTTGATAATATTTAGTTTAATTAATTTATCGAACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTaaaa < 1:1258356/127‑1 (MQ=255) gTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑t > 2:1973722/1‑128 (MQ=255) tttataataTTTTTTTTCATTAATTTATCGCAATTTTTTTAATTATTAATAAAATAAAAATTTTATTTTTTTTTTTATTTTTTGTTTATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAACTTTTAAAAAA‑‑Ta < 1:629332/125‑1 (MQ=255) gATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAACTTGTAAAAAA‑‑TAGc > 2:1256355/1‑128 (MQ=255) atatTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑tttt > 1:852958/1‑128 (MQ=255) ttAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑tttttttt > 2:746505/1‑128 (MQ=255) ttgTTTCAATAATTTATCCCCATTGTATTAAATACTAATAAACTAAAACTATTATATTTTTATATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑ttttttttt < 1:1679841/126‑1 (MQ=255) gTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑ttttttttttt > 1:1146245/1‑128 (MQ=255) gTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑tttatatttat > 1:994769/1‑126 (MQ=255) tttCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTTTAAAAAA‑‑TAGC‑‑tttttttttttt > 2:1229962/1‑128 (MQ=255) tttCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑tttttttttttt > 1:1905646/1‑128 (MQ=255) cATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAACA‑‑TAGC‑‑ttttttttttttttt > 2:1570562/1‑128 (MQ=255) cATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑ttttttttttttttt > 2:575567/1‑128 (MQ=255) cATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑ttttttttttttttt > 1:1884552/1‑128 (MQ=255) aTTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑tttttttttttttttt > 2:936946/1‑128 (MQ=255) ttAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑ttttttttttttttttt > 2:1547683/1‑128 (MQ=255) tAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TATC‑‑tttttttttttttttttt > 1:202995/1‑128 (MQ=255) tttATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑ttttttttttttttttttata > 2:287749/1‑125 (MQ=255) cGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑ttttttttttttttttataattaaaa > 2:4886/1‑118 (MQ=255) cGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTtatattta > 1:145168/1‑124 (MQ=255) gCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAAtttaa > 1:1638096/1‑124 (MQ=255) caaatGTATTAATTATTAAGAAAATAAAAATATTATATTTTTATATTTTTTTTGTATATTCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAAATTGTAAAAAA‑‑TA‑‑‑‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAata < 1:898493/124‑1 (MQ=255) cTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTtataatttaaatat > 2:531489/1‑118 (MQ=255) ttGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑‑TTTTTTTTTCTTTTTTATAATGGAAATAT‑aa < 2:691939/128‑1 (MQ=255) gTATGAATTAGTAATAAAATAAAAATATTATTTTTTTAGATATTTTTTTTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAACTTTTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAAtat‑a < 1:176934/128‑1 (MQ=255) tATGAATTAGTAATAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATTCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑aaa < 2:1594073/128‑1 (MQ=255) ataaTTATTAATAAACAAAAAATATTATATTTTTTTATATTTTTTTTATATTCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAACTTGTAAAAAA‑‑‑ATT‑‑CTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAAtt < 2:1111582/126‑1 (MQ=255) aTTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAG‑‑‑ATTATTTTTTTTTTTTTTTATAATATAAATAT‑AAATTTTa > 2:651687/1‑128 (MQ=255) ttttttataaaataaaaattTTATATTTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTAAATTTTTTAAAAATTA‑ATTTTTAATTTTAAAAAATTTTTT‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAAttt < 2:1202518/120‑1 (MQ=255) tAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTGAAATAT‑AAATTTTatt > 2:1628037/1‑126 (MQ=255) tAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTAAAATAT‑AAAtttaattt > 2:1414373/1‑123 (MQ=255) gtaataaaattaaaatta‑TATATTTTTATTTTTTTTTTTTTTATTTAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TATC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTa < 2:1690077/122‑1 (MQ=255) aGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATAT‑AAATTTTattta > 2:1854861/1‑124 (MQ=255) ttAAGAAAATAATAATATTTTTTTTTTAGATATTTTTTGTTATTTCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAACATGTTAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTAt < 2:119189/127‑1 (MQ=255) ttaaataaaaataTTATATTTTTATATATTTTTTTTATATTCAAATTTTTTAAAAAATA‑ATTTTAAATTTTAAAAAA‑‑TA‑‑‑‑TGTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTttg < 1:684078/123‑1 (MQ=255) aaactaaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAT‑TTAATAA‑AAATTTTaatttttttt > 2:238965/1‑119 (MQ=255) aaactaaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAATTTAAATAT‑AAATTTTattaattttt > 1:1710669/1‑119 (MQ=255) actaaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTTTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAACTTGTAAAAAA‑‑TATC‑‑TTTTTTTATATTTTTTAATA‑AAT‑GAAATTA‑AAATTTTATTTATttttttc > 1:1372412/1‑127 (MQ=255) actaaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑‑TATTTTTTTTTTTTTTATAATTAAAATTT‑AAATTATATTTATTTtgatgt > 1:526241/1‑128 (MQ=255) ctaaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATAT‑AAATTTTATTTATTTTTTTTTc > 2:511321/1‑128 (MQ=255) ctaaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGTTATTTtgttgta > 2:1496728/1‑127 (MQ=255) taaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATAT‑AAATTTTATTTTTTTttttgt > 2:1886597/1‑128 (MQ=255) taaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATATTGGATATTT‑AAATTTTAGGTATTttgtgtag > 1:1306069/1‑124 (MQ=255) aactaTTATATTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTATTTATAATGTAAATAT‑AAATTTTAGATATTTTTTTGTATAAg > 2:1474162/1‑128 (MQ=255) actaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAAAAT‑AAATTTTATTTATttttttttaaa > 1:909883/1‑123 (MQ=255) ctaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAG‑‑‑ATTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTAAAATAT‑AAATATAATTTATTTTTTTTTATaat > 2:470916/1‑127 (MQ=255) tattatCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATAT‑AAATTTTAGTTTTTTTTTTTTATaat > 1:495497/1‑127 (MQ=255) tattatCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATAT‑AAATTTTTGTTATTTTTTTTTATAATTa > 2:192486/1‑128 (MQ=255) ttttttttttttAATATTTTTT‑TTTATTTAAATTTTTTAAAATTTT‑ATTTGAAATTGTTAAAAA‑‑TA‑‑‑‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCt < 2:1909210/122‑1 (MQ=255) tttatTTTTTTATTTATTTTTTTTTATTTTAAATTTTTTATAAATTT‑ATTTTTACTTTTTAAAAA‑‑‑AAT‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTa < 1:43264/127‑1 (MQ=255) ttatCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAATAT‑AAATTTTAGGAATTTTGTTTTATAAGTa > 2:1760599/1‑128 (MQ=255) ttatCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATAT‑AAATTTTATTTATTTTTTTTTATAATTAta > 2:906199/1‑127 (MQ=255) ttatCTTTTTAGATAATTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTAAAATTGTAAATAA‑AAATTTTATGAATttttttttaaatttat > 2:1830141/1‑118 (MQ=255) tttatttatTTTTTTTTTAATCAAATTTTTAAAAAATAA‑AATTTAAATTTTTAAAAA‑‑TATC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTaaaaa < 1:1538423/122‑1 (MQ=255) ttttttttttttATTTAAATTTTTAAAAAATTT‑ATTTTAAATTTTAAAAAA‑‑TA‑‑‑‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGaaa < 1:575567/126‑1 (MQ=255) ttttttGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAAAAA‑AAATTTTATTTAATTTTTTTTAAAATTAAATAaaaaaa‑aaaaaa > 2:271018/1‑128 (MQ=255) tttttGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAAAAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTTTATAATTAAATAAAAAAA‑TATaaat > 2:414363/1‑127 (MQ=255) ttttGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAATTT‑AAATTTTATGTATTTTTTTTTATATTTATCTAAAAAAA‑TTGaata > 2:875507/1‑126 (MQ=255) tttttatattgtaaTTTTTAAAAAATTA‑ATTTGTACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGAAAGGa < 2:1771515/116‑1 (MQ=255) ttttattttaaaaTTTTTAAAAAATTA‑ATTTTAAATTTTAAAAAA‑‑‑A‑T‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGAAAGGaaa < 1:134740/118‑1 (MQ=255) ttGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTAAAAAAT‑AAATTTAAGTATTTTTGTTTTCTAATTAAATaaaaaaaaataatttaa > 2:431364/1‑118 (MQ=255) ttGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAATTAAATTTA‑AAATTTTAGTTTTTTTTTTTTAAATGTATAAAAAAAAA‑TAAAAAGaaa > 1:405051/1‑128 (MQ=255) tatGTAATTTTTTTAAAAATTA‑ATTTTTACTTGTAAAAAA‑‑TA‑T‑‑GTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGAAAGGAAAAAat < 1:1940464/128‑1 (MQ=255) tatGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAATGTAAATAT‑AATTTTTAGTTTTTTTTTTTTTTAATTTTGTAAAATAA‑TATAAAGaaaaaatt > 2:341128/1‑126 (MQ=255) tatGCAAATTTTTAAAAAATTA‑AATTTAAATTTTAAAAAA‑‑T‑TT‑‑GTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGAAAGGAAAAAat < 2:1035655/128‑1 (MQ=255) tGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTATAATAT‑AAATTTTAGGTTTTTTTTTTTATATTTAAATAAAAAAA‑TAAAAAGAAAAAAatt > 2:672810/1‑127 (MQ=255) tGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAATTTAAATAT‑AAATTTTATTTATTTTGTTTTATAATTTTATAAAAAAA‑TATAAATAAAAAAatat > 2:591051/1‑128 (MQ=255) tGCAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTTAAATAT‑AAATTTTAGTTATTTTGTTTTATAATTATTTAAAAAAA‑TAGAAAGTAAAAAAtttt > 2:1430439/1‑128 (MQ=255) cAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGAAAAAAT‑AAATTTTAGTTATTTTTTTTTATAATTATAAAAAAATA‑TATAAAGAaaaaaaat > 1:244194/1‑126 (MQ=255) cAAATTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGTAAAAAT‑AAATTTTTTTTATTTTTTTTTAAAATTATAAAAAAAAA‑Ta‑aaaataaaaaataatt > 1:758164/1‑125 (MQ=255) aaaTTTTTTAAAAATTATATTTTAA‑TTTTAAAAAA‑‑TA‑T‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGAAAGGAAAAAATATTGt < 1:425059/128‑1 (MQ=255) aaaTTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAAT‑TTAATATAAAATTTTATTTATTTTTTTTAATAATAATAAAAAAAAA‑TAAAAAGAAAAAAatatat > 1:1736588/1‑126 (MQ=255) aaaTTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAATAT‑AAATTTTAGTTATTTTGTTTTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGAAAGTAAAAAATTTTTTTaa > 1:303621/1‑128 (MQ=255) aaaTTTTAAAA‑AATTT‑ATTTTAACGTTTAAAAAA‑‑AATC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTGAAATTT‑TAATTTTTAGTTTTTTTTTGTTTAATTAAAAAAAAAAATTAAAAAGAAAAAAATAtttt > 1:1611996/1‑126 (MQ=255) taTTTTTAAA‑AATTA‑AATTTTAATTTTAAAAAA‑‑TA‑‑‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGAAAGGAAAAAATATTGTTaa < 1:1828312/127‑1 (MQ=255) atttttAAAAAAATTA‑TTTTTAA‑TTTTAAAAAA‑‑‑ATT‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGAAAGGAAAAAATATTGTTa < 2:1527082/126‑1 (MQ=255) aTTTTTAAAAAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTATAATTGAAATAT‑AAATTTTAGTTATTTTTTTTTAAAATTATAAAAAAAAA‑ATTAAATTAAAAAATATTTTTaaaa > 2:1335875/1‑128 (MQ=255) | TTTACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTAAAAGAATTA‑ATTTGAACTTGTAAAAAA‑‑TAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATAT‑AAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAA‑TAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAA > CP016816/165093‑165344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |