BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	CP016816	420,163	2 bp→TT	intergenic (‑446/+396)	JCVSYN2_01895 ← / ← JCVSYN2_01900	30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP016816	420,163	0	A	T	99.4%	1920.6 / NA	615	intergenic (‑446/+397)	JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900	30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/4); new base T (341/269); total (342/273)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
*	CP016816	420,164	0	A	T	99.5%	1740.5 / NA	609	intergenic (‑447/+396)	JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900	30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/3); new base T (340/266); total (340/269)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.56e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 616 total aligned reads displayed.

CATTCATACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTAAAATTAAAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAA‑TTTTATGCTCGTTTTTTTTTT‑TTTTTT‑T‑ACAAAAATATAATTTATTTGATTAAACGT  >  CP016816/420041‑420280

||

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  ttcatACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAAc                                                                                                                    >  2:839385/1‑128 (MQ=255)

  ttcatACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAAc                                                                                                                    >  1:126280/1‑128 (MQ=255)

  ttcatACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAAc                                                                                                                    <  2:1980349/128‑1 (MQ=255)

  ttcatACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATATTTAATTTTAATAAc                                                                                                                    >  2:525435/1‑128 (MQ=255)

  ttcatACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTATTAAAAAATTTTTAATTTTAATAAc                                                                                                                    >  2:737046/1‑128 (MQ=255)

  ttcatACTTTTAGTCTAATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAAc                                                                                                                    <  2:1590677/128‑1 (MQ=255)

     atACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGa                                                                                                                 <  1:361546/128‑1 (MQ=255)

     atAATTTTAGACTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGa                                                                                                                 <  2:435832/128‑1 (MQ=255)

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      tACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGaa                                                                                                                <  2:673119/128‑1 (MQ=255)

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        cTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATACATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAatt                                                                                                              <  2:76453/128‑1 (MQ=255)

         ttttAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAatta                                                                                                             <  2:1669692/128‑1 (MQ=255)

         ttttAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAatta                                                                                                             <  2:1465701/128‑1 (MQ=255)

          tttAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAattat                                                                                                            >  1:1304517/1‑128 (MQ=255)

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           ttAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAattatt                                                                                                           <  2:599045/128‑1 (MQ=255)

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                         cTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCAATTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATTTATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTaa                                                                                             <  1:821550/128‑1 (MQ=255)

                            aGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAatt                                                                                          <  2:453132/128‑1 (MQ=255)

                               ttCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTGTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAattatt                                                                                       >  1:1010542/1‑128 (MQ=255)

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                                       ttattTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGATAAATTATTTTCAAATc                                                                               >  2:324445/1‑128 (MQ=255)

                                         attTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCAt                                                                             >  2:233814/1‑128 (MQ=255)

                                         attTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCAt                                                                             >  2:1901993/1‑128 (MQ=255)

                                           tttATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTa                                                                           <  1:233775/128‑1 (MQ=255)

                                              aTCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCt                                                                        <  1:1639335/128‑1 (MQ=255)

                                              aTCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCt                                                                        <  2:1320197/128‑1 (MQ=255)

                                              aTCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTAATAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCt                                                                        <  2:1265185/128‑1 (MQ=255)

                                                cATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTAt                                                                      >  2:560017/1‑128 (MQ=255)

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                                                                   tttATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAA‑TTTTATGCTCGt                                                  >  2:1057230/1‑128 (MQ=255)

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                                                                                aaatTATAAAACTACTAAAAATTTTTTAAAAAATTTTTAATTTTAATAACTTAATTATTTTTAAAAATGTTAAAATATTTTAAAATAATAATATAATAATAAA‑TTTTATTCTCGtttttttttt‑tttt                                    <  2:1105556/126‑1 (MQ=255)

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                                                                                                             aaaaTTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAA‑TTTTATGCTCGTTTTTTTTTT‑TTTTTT‑T‑AAAAAAATATAATTTATTTTATaaaa     >  1:971742/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                             aaaaTTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAA‑TTTTATGCTCG‑‑TTTTTTTT‑TTTTTT‑T‑ACAAAAATATAATTTATTTTATTAAACg   >  1:1560488/1‑128 (MQ=255)

||

CATTCATACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTAAAATTAAAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAA‑TTTTATGCTCGTTTTTTTTTT‑TTTTTT‑T‑ACAAAAATATAATTTATTTGATTAAACGT  >  CP016816/420041‑420280

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 15 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`