Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816202,4620CA32.1% 1363.5 / 177.9 882intergenic (+240/‑435)JCVSYN2_00840/JCVSYN2_00845hypothetical protein/lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (369/229);  new base A (59/224);  total (428/454)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-31
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 928 total aligned reads displayed.

TATAGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAA‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATA  >  CP016816/202335‑202593
                                                                                                                                |                                                                                                                                    
tatataTTAAAGTATAAGTAGTGAAGTTATTTTAAATAATAGAGTTAATGTTAATTAAAATAACATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATATATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTcac                                                                                                                                      <  2:3295923/128‑1 (MQ=255)
   aGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGTTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATTTATATCCTCTTGATCTATTTTATTATTTATATAT‑CTACACaaa                                                                                                                                   >  1:1951512/1‑128 (MQ=255)
    gATTAAAGTAAAAGTAGTTAACTAAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAAATTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAAt                                                                                                                                  <  1:940806/128‑1 (MQ=255)
    gATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTcac                                                                                                                                      >  2:5476912/1‑124 (MQ=255)
     aTTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTATATCCTAGTGATCTATTTTATTATTAATATAT‑CTTCACaaaaa                                                                                                                                 >  2:1817856/1‑126 (MQ=255)
     aTTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATa                                                                                                                                 <  1:13315/128‑1 (MQ=255)
     aTTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATa                                                                                                                                 <  2:241188/128‑1 (MQ=255)
       tAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAATTAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACAATAAAATTAATAATTATTATAATGTATATCATATTAATATATTTTTTTATTTTTTTAT‑CTTAAATAATaaa                                                                                                                               >  2:4700485/1‑128 (MQ=255)
       tAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATTTAGATCCTCTTTATCTATTTTTATATTAATTTAT‑ATTCAAAAATaaa                                                                                                                               >  2:459743/1‑128 (MQ=255)
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       tAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTTTTTAT‑CTTCACAAATaaa                                                                                                                               >  2:6641004/1‑128 (MQ=255)
       tAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATaaa                                                                                                                               <  1:5517486/128‑1 (MQ=255)
       tAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATaaa                                                                                                                               >  2:5836254/1‑128 (MQ=255)
       tAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGGTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACATAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATaaa                                                                                                                               <  1:2236629/128‑1 (MQ=255)
        aaagtaaaagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTATATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTATTTAT‑CTTCACAAATaaaa                                                                                                                              >  2:6776126/1‑128 (MQ=255)
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               aagtaTTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATAAAAAAAAAAc                                                                                                                       <  2:4812400/128‑1 (MQ=255)
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                agtagtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATAAAAAAAAAACa                                                                                                                      <  1:2103071/128‑1 (MQ=255)
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                  tagtGAAGTTAGTGTAAATAATATAGTTAAGGTTAATTAAAATAAAATAAAAATAATAATTATTATAATGTATATACTAATTATCTATTTTTTTATATTATTAT‑CTTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAt                                                                                                                    >  1:165665/1‑128 (MQ=255)
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                   agtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATAACATAAACTTAATAATTCTTATAATGTATATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATAAAAAAAAAACAATc                                                                                                                   <  1:3318859/128‑1 (MQ=255)
                    gtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGTTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATAAAAAAAAAACAATcc                                                                                                                  <  1:1890799/128‑1 (MQ=255)
                    gtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATAAAAAAAAAACAATcc                                                                                                                  <  2:5930144/128‑1 (MQ=255)
                     tGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCTTGATCTATTTTTTTATAATTATAT‑ATTCACAAATAaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                 >  2:1910723/1‑124 (MQ=255)
                     tGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTAGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATAaaaaaaaaaaaaaacc                                                                                                                 >  2:6238522/1‑124 (MQ=255)
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                                                                                                   tatatatttttttattttttTAA‑ATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCC‑‑TTAAAA‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACatttt                                <  1:6641004/124‑1 (MQ=255)
                                                                                                    ttttatttttttattttttTAT‑ATTAAAAAATAAAAAAAAAAAAATCCCCTT‑‑‑AAA‑AATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattttaa                              <  2:6106888/125‑2 (MQ=255)
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                                                                                                         ttttattATTTTTTTAA‑TTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATTCCCTTT‑‑AAA‑AAT‑‑TAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTaa                        <  1:5208956/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                          ttttttATTTTTTTAA‑AATAACAAATAAAAAAAAAAAAATACAC‑TTAAAAA‑TTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTAttttt                          <  1:1053686/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                             tttATTTTTTTAT‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCC‑‑ATTAAAA‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTaaaa                      <  1:3817427/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                            taaacaAAT‑AAAAAAAAATAAAAAACATTAAAAA‑TTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAAGAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACa         <  1:4415019/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                |                                                                                                                                    
TATAGATTAAAGTAAAAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTAT‑CTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAA‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATA  >  CP016816/202335‑202593

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑