Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,412,898 | 0 | C | T | 41.3% | 68.0 / 44.9 | 63 | A190T (GCC→ACC) | acrS | acrAB operon transcriptional repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/7); new base T (0/26); total (30/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAAACTGGTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGC > NC_000913/3412755‑3413044 | aaaaCTGGTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTta < 2:21935/151‑1 (MQ=255) tGGTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAAATAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATaa > 2:846718/1‑149 (MQ=255) gggTTAACTGCGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAAATTCGTTCTGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGATCGGGGGCTTGTTTATaagg > 2:512622/2‑149 (MQ=255) ggTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATaaa < 1:894051/149‑1 (MQ=255) ggTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATaaa < 1:638296/149‑1 (MQ=255) gTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGAt < 1:455532/151‑1 (MQ=255) ttAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATaa > 2:436502/1‑146 (MQ=255) tAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATc < 1:417788/150‑1 (MQ=255) aaCTAAATTTTCAGGACAGAATGTTAATTTACATGACACTTAATTCTTTCGTTTGATAAATTAATTTCGTTATGTTTTCAGCTTTAATGAACATTTTTAATACTTTACCGCCCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAATATAATAACCCGCCat < 2:256961/151‑1 (MQ=255) aTTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCAt > 2:525920/1‑151 (MQ=255) aCAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGtt > 2:492645/1‑151 (MQ=255) aaTGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTg > 1:199183/1‑150 (MQ=255) tttACATGCCTTTTAATTCATTCTTTTGATAAATAAATTTGGTTTTTTTTTCATCGGAAATAAAGATTTTTAATACGTTACCGACCGGAGCGGGGGCTTTTTAAAAAAAATCAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGaa < 2:682590/144‑1 (MQ=255) ttACATGACATTAAATTCATTCGTTTGATAAATTATTTTCTTTATTTTTTCATCTGGCATAAACATTTTAAATACTTTATCGCCCAGAGCGGGGGTTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTcc < 1:72989/150‑1 (MQ=255) ataacacTTAATTCATTCGTTTAATAAATTATTTTCTTTTTGTTTTCATCTGGCATAAAAATTTTTAATACTTTACCGACCAGAGGGGGGGTTTTTTAAAAAAAATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCt < 2:501214/146‑1 (MQ=255) catttAATTCTTTCGTTTGATAAATTATTTTTTTTATTTTTTCATGTGGTAAGAACATTCTTAACACTTTACCGTCCAGGGCGGGGGTTTTTTAATAAATCTCAAACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTcc < 2:882794/139‑1 (MQ=255) ttATTTCATTCTTTTGATGAATTATTTTCTTTTTTTTTTCATCTGGAATAAACATTTTAAATACTTTACCGACCAGGGGGGGGGTTTTTTAAAAAAAATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGaa < 2:173624/145‑1 (MQ=255) tAATTCTTTCGTTTGATAAATTATTTTCTTTATGTTTTCATCTGGCATAAAAATTCTTAATCCGTTATCGACCAGAGGGGGGTTTTTTTAATAAAAATCAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGc < 2:145364/147‑1 (MQ=255) aaTTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCAt > 1:381522/1‑151 (MQ=255) attcattcGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATc > 1:585054/1‑151 (MQ=255) ttcattcGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATc > 1:276259/1‑150 (MQ=255) ttcattcGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATc > 2:430682/1‑150 (MQ=255) tcattcGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCa > 2:548883/1‑150 (MQ=255) attcGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCaat > 1:510679/1‑150 (MQ=255) tttGATGAATTAATTTCGTTATTTTTTCATCTGGCATGAACATTTTTAATACGTTATCGCCCAGAGCGGGGGTTTTTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCaataat < 1:139061/148‑1 (MQ=255) tttGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCaataataat > 2:427164/1‑151 (MQ=255) tttGATAAATTATTTTCGTTATTTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTACCGCCCAGGGGGGGGGTTTGTTAAAAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCaataat < 1:598201/148‑1 (MQ=255) tttGATAAATTAATTTCGTTTTTTTTTCATCTGGCATGAACATTTTTAATACTTTATCGACCAGGGGGGGGGTTTGTTTAAAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCaataat < 1:49931/148‑1 (MQ=255) ttGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAatc > 1:226904/1‑151 (MQ=255) ttGATAAATTATTTTCTTTTTTTTTTCATCTGGCATAAACATTTTTAATACTTTCTCGACCAGAGGGGGGTTTTTTTAAAAAAAATAAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCaataataat < 2:787320/150‑1 (MQ=255) tgatgaATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAatc > 1:462003/1‑150 (MQ=255) atgaATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAatcatc > 2:594865/1‑151 (MQ=255) tgaATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAatcatc > 2:923671/1‑150 (MQ=255) tgaATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAatcatc > 1:987715/1‑150 (MQ=255) attaattTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATcaca > 1:489518/1‑150 (MQ=255) taattTCGTTTTGTTTTCATCTGGAATGAACTTTTTTAATCCTTTACCGACAAGGGGGGGGGTTTTTTTATAAAGATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCacaa < 1:437590/149‑1 (MQ=255) tttCGTTTTTTTTTCATCTGGCATAAAATTTCTTAATCCTTTACCGCCAAGAGCGGGGGTTTTTTTAAAAAAATCAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATc < 1:147975/150‑1 (MQ=255) ttCTTTATTTTTTCATCTGGTATAAACTTTTTTAATCCTTTATCGCCAAGGGGGGGGGTTTGTTAAAAAAAATAAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCt < 1:160063/150‑1 (MQ=255) cGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTaa > 1:1542/1‑150 (MQ=255) ttATTTTTTCATTTGGAATAAACATTTTTAATACGTAACCGACAAGAGGGGGGGTTTTTTTAAAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAAt < 2:572452/150‑1 (MQ=255) ttttttttCATCTGGAATAAACATTTTTAATACTTTATCGACAAGGGGGGGGGTTTTTTTAAAAAGATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATc < 1:499076/146‑1 (MQ=255) tATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCGGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCg > 1:828981/1‑151 (MQ=255) ttCATCTGGCATAAACATTTTTAATACGTTATCGACCAGGGCGGGGTTTTTTTTAAAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGtt < 2:169620/150‑1 (MQ=255) aTCTGGCATGAACATTTTTAATACTTTATCGCCCAGAGCGGGGGTTTTTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTAtt < 1:82093/150‑1 (MQ=255) tGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCt > 2:84710/1‑151 (MQ=255) gCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTac > 1:717783/1‑151 (MQ=255) gCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTac > 1:436830/1‑151 (MQ=255) gAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTAcaca > 2:590178/1‑150 (MQ=255) aaaCATTTTAAATACTTTATCGACCAGGGGGGGGTTTTTTTAAAAAAAATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTAcaca < 2:199168/149‑1 (MQ=255) aaCATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAAc > 1:1009999/1‑151 (MQ=255) tttttAATACTTTACCGACCAGGGGGGGGGTTTGTTTATAAAGATCAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAAc < 1:643857/144‑1 (MQ=255) ttCTTAATCCGTTACCGACCAGGGGGGGGGTTTTTTTAAAAAGACAATCCCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCtt < 2:454550/150‑1 (MQ=255) ttAATACTTTACCGACCAGGGGGGGGGTTTGTTTAAAAAGATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCttgt < 1:912699/149‑1 (MQ=255) tAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGc > 1:488535/1‑151 (MQ=255) tAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGc > 1:201343/1‑151 (MQ=255) aaTCCGTTACCGCCCAGGGGGGGGGTTTTTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCttgttg < 1:627263/149‑1 (MQ=255) aaTACTTTATCGCCCAGAGCGGGGGTTTGTTTAAAAAAATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCttgttg < 1:546737/149‑1 (MQ=255) aaTACGTTACCGACCAGAGGGGGGGTTTTTTAAAAAAAATAATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCttgt < 2:54861/147‑1 (MQ=255) aTCGCCCAGAGCGGGGGTTTTTTTAAAAAAATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac < 1:594823/148‑1 (MQ=255) cGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTg > 1:401130/1‑151 (MQ=255) ccAGGGGGGGGGTTTTTTTATAAAAATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCt < 1:219195/147‑1 (MQ=255) gagGGGGGGTTTTTTTAAAAAAATCAAACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGc < 2:448916/142‑1 (MQ=255) ggggCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTcgc > 1:996195/1‑151 (MQ=255) | AAAACTGGTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGC > NC_000913/3412755‑3413044 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |