| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,487,163 | 0 | C | T | 46.5% | 50.0 / 13.7 | 43 | intergenic (+200/‑72) | hrpA/ydcF | putative ATP‑dependent helicase/DUF218 superfamily protein, SAM‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/19); new base T (20/0); total (24/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTT‑CCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGA‑GGAACCATGAACATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGC > NC_000913/1487018‑1487310 | tttATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTTAAGAAATACA‑ATTt‑tct > 2:547041/1‑148 (MQ=255) tattaATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTTATGAAAAACGAATTT‑CATCCtt > 2:399499/1‑151 (MQ=255) tCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTT‑CCTCCTTTCAGAGt < 1:430714/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |