Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,903,692 | 0 | C | A | 44.1% | 78.2 / 45.6 | 59 | intergenic (+318/+1055) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/29); new base A (26/0); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGA > NC_000913/2903542‑2903842 | gTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGTTTATGTAAAAc > 1:93485/1‑151 (MQ=255) aCAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACa > 2:475626/1‑147 (MQ=255) tAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAAAACTCATTATCCCCaa > 1:92055/1‑150 (MQ=255) tAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACTCATTAGCCTCaa > 2:37080/1‑150 (MQ=255) aaCTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCTCTCATTAGCCTCaaaa < 2:181819/151‑1 (MQ=255) cTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACCCATTTACCTCcaaa > 2:537646/1‑149 (MQ=255) acacTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACa < 1:232666/149‑1 (MQ=255) cacTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACTCATTAGCCTCaaaaaaaa > 1:270380/1‑150 (MQ=255) cGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑aa < 2:455293/151‑1 (MQ=255) gATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACCCTCATTAACCTCcaaacaaaaaaaa > 2:481364/1‑145 (MQ=255) gATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACCCATTTACCTCAAAACaaaaaaa > 2:177852/1‑145 (MQ=255) gATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATCTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGGTTTTTTAAAACAAACATTATCCTCaaaaaaaaaaaaa > 2:320513/1‑145 (MQ=255) ttAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑a < 1:918607/150‑1 (MQ=255) tAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACTCCATAACCTCCAaaaaaaaaa‑aaa > 2:887771/1‑143 (MQ=255) aaTAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTGTAAAAACACTCATTTAACTCCAAACAAAAAA‑AAAACTCC‑AAAttt > 1:206060/1‑151 (MQ=255) tAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTTAAAAAACTCATTATCCTCAAAAAAAAAAA‑AAAAATCC‑AGAatttt > 1:145676/1‑149 (MQ=255) cAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACTACTTATGCTTAAAAAAAAAAA‑AAAAATAC‑AGATttattta > 1:808252/1‑145 (MQ=255) cAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACAAACCTTAAACTCAAAAAAAAAAC‑AAAAATAC‑AAATttatttat > 2:1025686/1‑145 (MQ=255) aaTCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGa < 1:515934/151‑1 (MQ=255) aaTCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGa < 2:354528/151‑1 (MQ=255) cGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATa < 2:608538/151‑1 (MQ=255) gCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATaa < 2:727435/151‑1 (MQ=255) cTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACTCATTTTCCCCAAAAAAAAAAA‑AAAAATCC‑AAATTTATTTCTTTAACAATGAATaaaa > 2:749105/1‑148 (MQ=255) tttATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTTAAAACACTCATTAACCCCAAAAAAAAAAA‑AAAATTCC‑AGATTTTTTTCTTAAACAATTaaaaaaaa > 2:925530/1‑150 (MQ=255) ttATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACaa < 2:652235/149‑1 (MQ=255) ttATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACaa < 2:175344/149‑1 (MQ=255) tATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGc < 2:423025/150‑1 (MQ=255) cAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTaa < 1:120047/151‑1 (MQ=255) ttttCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACCCATTAACCTTCAAAAAAAAAA‑AAAATTCC‑CCATTTATTTATTTACCAAAAAAAAACaaaatttaaa > 2:258932/1‑142 (MQ=255) ttCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACTCCTTATCCTCAAAAAAAAAAA‑AAACATCC‑AGATTTTTTAATTTAACAAAGAAAAAAAAAAATaaaaaa > 1:761076/1‑150 (MQ=255) tCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACCCATTAGCCCCCAAAAAAAAAA‑AAAATTCC‑AGATTTTTTTCTTTAACAATGAATAAAAAAATTtaaaaa > 2:20803/1‑149 (MQ=255) tAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACCCATTATCCTCCAAAAAAAAAC‑AAAAATAC‑CGATTTATTAATTAAACAAAAAATAACAAACTTAAAAAAtataat > 2:443902/1‑148 (MQ=255) tAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACt < 1:104008/150‑1 (MQ=255) aTGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTc < 1:414483/151‑1 (MQ=255) aaCTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTaa < 2:295278/151‑1 (MQ=255) aCTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTGTTTTAAAACACTCATTATGCTCAAAAAAAAAAA‑AAACTTCCAAGTTTTTTTACTT‑ACCAAAGAATAACAAACTTAAAAAAAATACTATttttttta > 2:676357/1‑146 (MQ=255) cTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAAAACCCATTAACCCCAAAAAAAAAAA‑AAAAATTC‑AGATTTATTTATTTAACAAAGAAAAAAAAAATTAAAAAAaataattttttttttaa > 1:650704/1‑137 (MQ=255) tGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAAAACTCATTAACCTCAAAAAAAAAAA‑AAAATTCC‑AAAATTTTTATTTAACAAAAAAAAAAAAAACTTAAAAAAAAAAATattatttttaaa > 1:123515/1‑144 (MQ=255) tttATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAACAACTCATTATCCTCAAAAAAAAAAC‑AAAAATCC‑AGATTTATTTCTTTAACAAAGAAAAAAAAAATAAAAAAAAATATTTTTTTTTTaaaaaaaaaa > 1:729419/1‑148 (MQ=255) ttATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACTCCTTAGCCTCCAAAAAAAAAC‑AAACTTCC‑CGATTTATTACTTAACCAATAAAAAAAAAACTTAAAAAAAATACTTTTTTTTTTAaaaaaaaa > 2:760309/1‑147 (MQ=255) ttATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGGTTTTTAAAAACACCCATTTTCCTCCAAAAAAAAAA‑AAAAATCC‑CGAATTATTATTTTACCAAAAAAAAAAAAAATTAAAAAAAAAAATATTTTTTTTAaaaaaaaaa > 1:871076/1‑147 (MQ=255) tAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACCCATTAGCCTCAAAAAAAAAAA‑AAAAATTC‑AGATTTATTTCTTTAACAAAAAATAAAAAAATTAAAAAAAAAAATGTTATTTTAAAAAAAAAAATaaaa > 1:1020563/1‑144 (MQ=255) aGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTa < 2:581422/151‑1 (MQ=255) gAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTaa < 2:1020665/151‑1 (MQ=255) gAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGCTAATTAAAAACACCCCTTATACTCAAAAAAAAAACAAAACTTCC‑GCCTTTTTTCTTTACCCAAT‑AAAAAAAAACATAAAAAATATACATTTATTTTTAAGAAAAAAATAACaa > 2:570050/1‑143 (MQ=255) ttCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTc < 1:574943/148‑1 (MQ=255) catcaACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAata < 1:481324/150‑1 (MQ=255) catcaACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAata < 2:131390/150‑1 (MQ=255) atcaACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATAtt < 1:567533/151‑1 (MQ=255) caACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTa < 1:202825/150‑1 (MQ=255) cAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACTCATTAGCCCCAAAAAAAAAAC‑AAACATCC‑AGATTTATTACTTAAACAAAGAAAAAAAAACATAAAAAAAAAAATGTTTTTTTAAAAAAAAAAATAAAAAGCATTAatttaaaatttaaa > 1:673488/1‑150 (MQ=255) aGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTaaaaa < 1:364326/150‑1 (MQ=255) agagGCGTTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAg < 2:93494/151‑1 (MQ=255) agagGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAg < 1:320487/151‑1 (MQ=255) cGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTaa < 2:650767/151‑1 (MQ=255) cGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTa > 2:337387/1‑150 (MQ=255) tATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAAt < 2:688292/150‑1 (MQ=255) aTGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAAttt < 1:475586/151‑1 (MQ=255) tGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAGATAATAGATTAAAAttt > 1:290490/1‑150 (MQ=255) tAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCt < 1:887688/150‑1 (MQ=255) ccACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGa < 1:104358/151‑1 (MQ=255) | GTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGAC‑AAACTTCC‑AGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGA > NC_000913/2903542‑2903842 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |