| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,649,295 | 0 | T | G | 46.5% | 55.8 / 10.8 | 43 | intergenic (+254/‑314) | ydfC/dicB | uncharacterized protein, Qin prophage/Qin prophage; cell division inhibition protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/16); new base G (20/0); total (27/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.43e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCCTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTG > NC_000913/1649156‑1649445 | tCCCTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTT‑TTCCTTccc > 2:823618/1‑151 (MQ=255) cccTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTTCTTtccc > 2:277394/1‑151 (MQ=255) cccTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTCCTTcccc > 1:47402/1‑151 (MQ=255) ccTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCg < 1:853490/151‑1 (MQ=255) tGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTtcc > 2:66528/1‑147 (MQ=255) gAAAAGTCAAACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGt < 1:759673/149‑1 (MQ=255) aaaaTTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATACCCTGTCGTTAAATTTTCGTCTACCGTGCCCTTCCGTTTGTAGCAACCCCCGAAATGGCTCGTCGTTAATTATGGC‑GATGTTA‑TTCCTTCCCCGTTg < 2:93647/150‑1 (MQ=255) gTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGac < 1:745142/151‑1 (MQ=255) aGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTT‑TTTCTTTCCCCTTgggggaacc > 2:847839/1‑146 (MQ=255) gACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCg < 2:62280/151‑1 (MQ=255) cATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGt < 2:18910/151‑1 (MQ=255) cATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTT‑TTTCTTTCCCCTTGGGGAGACCcggg > 2:146635/1‑150 (MQ=255) cATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTT‑TTTCTTCCCCCCTGAGGACACCcggg > 1:118842/1‑150 (MQ=255) cATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGACAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTTCTTTCCCCTTGAGGGCACCcgg > 2:710058/1‑150 (MQ=255) aGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGa < 1:845007/151‑1 (MQ=255) cATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTTCTTCCCCCTTGAGGACACCCGGGTGTCAGGGTGAcc > 2:465008/1‑149 (MQ=255) tGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTTCTTCCCCGTTGGGGGAACCCGGGTGTCAGGGTGACCAt > 2:80847/1‑149 (MQ=255) tCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTCCTTCCCCCTTGTGGGCACCCGGGTGTTAGGGTGGCCCTACGCTTTAGTGACAAccc > 1:775665/1‑151 (MQ=255) atagatagCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGCGGGGGTTT‑TTCTTTCCCCCTT‑AGGGAACCCGGGTGTCAGGGTGACCCCACGCTTTAGTGACAAaccc > 1:685145/1‑150 (MQ=255) agatagCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTT‑TTTCTTTCCCCTTTAGGACACCACGGTGTTAGGGTGTCCCCACGCCTTAGTGACAAcccccc > 1:570098/1‑148 (MQ=255) agCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAGCCCCGCTGCa < 1:41320/150‑1 (MQ=255) gTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGccc < 2:181947/151‑1 (MQ=255) gTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGc < 2:479570/149‑1 (MQ=255) aaTTTTCGTCGACCGGGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTa < 1:591911/151‑1 (MQ=255) ttCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTT‑TTTCTTCCCCGTTGAGGGGAACCGGGTGTTAGGGTGACCACTAGCTTAAGGGAAAACCCCCCCGCAAAGCCCCCCGtt > 2:425303/1‑146 (MQ=255) gACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTT‑TTTCTTCCCCCTTGAGGGCACCCGGGTGTCAGGGTGGCCAAACGCTTAAAGGACAAACCCCCCGCCACGCCCCCTTTTTTCAAtttttt > 2:548897/1‑149 (MQ=255) gACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTTCTTCCCCCCTGAGGGCACCCGGGTGTTAGGGTTTCCATACACTTTAAGGAAAACCCCCCTGCCACCCCCCCTGTTTTCAAtttttt > 1:465695/1‑149 (MQ=255) gACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTTCTTCCCCCCTGAGGACACCCGGGTGTCAGGGTGACCCTACGCTTAAGGGACAAACCCCCTGCAACCCCCCCTGTTTTCAAtttt > 1:394434/1‑149 (MQ=255) gACCGCGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTATTTCCTCCCCCGTT‑AGGACAACAGGGGTTCAGGGTGGCCCAACGCTTCAGAGACAAACCCCCCGCAACCCCCCCTCTTTTCCAtttt > 1:491157/1‑149 (MQ=255) ccGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTCCTTTCCCGTTGGGGACACCCGGGTGTTAGGTTGACCATACGCTTAAATGACAAACCCCCCGCAAACCCCCCTGTTATCAAtttttt > 2:649204/1‑147 (MQ=255) gTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTT‑TTTCTTTCCCCTTGGGGGAACCCGGGTGTCAGGGTGACCCTACGCTTTAGTGACAAACCCCCTGCAACGCCCCCTGTTTTCAATTTTTTTGGGACGctttg > 2:827761/1‑146 (MQ=255) aaCCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTTCTTCCCCCCTGAGGGAACCCGGGGGTTAGGTTGACCCAACGCTTTAGTGACAACCCCCCTCCCACGCCCCCTGTTTTTCATTTTTTGGGGAAGTTTTGGGGGATCAggt > 1:699883/1‑149 (MQ=255) cccGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTTCTTCCCCGTTGAGGACACCCGGGTGTCAGGGTGAACATACGCTTAAAAGACAAACCCCCCGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTTTTGTGACGGTTGGCGGGATCAGtttt > 2:790391/1‑151 (MQ=255) ggCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGa < 1:149403/150‑1 (MQ=255) gcggcgGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGc < 2:497121/151‑1 (MQ=255) gTAAGTATGGC‑GGGGGTA‑TTTCTTCCCCGTTGAGGACACCCGGGTGTCAGGGTGGCCCTACGCTTAAGTGACAACCCCCCTGCAACGCCCCCTGTTTTCAATTTTTTGGTGGCGGTTGGCGGGATCAGTTTTACTCCGTGACTGctc > 1:338336/1‑147 (MQ=255) aaGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTgccgc < 1:66525/151‑1 (MQ=255) aTGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCt < 1:146622/150‑1 (MQ=255) ggC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCtttt < 2:355354/151‑1 (MQ=255) ggC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCtttt > 1:206362/1‑151 (MQ=255) c‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCttttt > 2:687153/1‑150 (MQ=255) ggggTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGATGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCtttt > 1:495625/1‑148 (MQ=255) ggTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTaa > 2:643938/1‑149 (MQ=255) ttA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTg > 1:176895/1‑151 (MQ=255) | TCCCTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTA‑TTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTG > NC_000913/1649156‑1649445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |