| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,536,197 | 0 | A | T | 47.2% | 33.1 / 58.6 | 53 | intergenic (+166/+417) | yjhR/nanS | pseudogene, helicase family; putative frameshift suppressor/9‑O‑acetyl N‑acetylneuraminic acid esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/24); new base T (25/0); total (29/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCA > NC_000913/4536050‑4536347 | gATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAgg < 2:317742/150‑1 (MQ=255) aGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GGTTTTTGGaa > 1:719738/1‑147 (MQ=255) gAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATgaaag < 2:9338/151‑1 (MQ=255) agtagtAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATgaaaga < 2:135715/151‑1 (MQ=255) agtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGaaaa < 1:436145/151‑1 (MQ=255) gtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAAt < 1:55719/151‑1 (MQ=255) atTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCaataa < 2:856067/151‑1 (MQ=255) atTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GCTTTTTGGGATGAAAGAAAATACAAACaata > 1:680119/1‑150 (MQ=255) ttACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAataata < 1:295011/150‑1 (MQ=255) aCCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GGTTTTTGGAATGAAAGAAAAAGAAAGCAaaaatat‑a > 2:203993/1‑150 (MQ=255) gTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GGTTTTTTGGATGAAAGAAAAAGGAAGCAATAAAAt‑aaa‑aa > 2:434518/1‑148 (MQ=255) gACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTTGGAATGAAAGAAAAAGCAAACAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAAttt > 1:911166/1‑151 (MQ=255) ttCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GGTTTTTGGGATGAAAAAAAAAGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑TGGCTAATtttttt > 1:46860/1‑151 (MQ=255) ccGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGa < 2:357289/151‑1 (MQ=255) tttATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAAca < 2:226463/150‑1 (MQ=255) tATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GGTTTTTTGGATTAAAGAAAAAGCAAGCAAAAATAT‑AAT‑AAT‑GGAGTTATTTTTTTTAAca > 2:195318/1‑148 (MQ=255) aTTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAAcatca < 2:400953/150‑1 (MQ=255) cGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAg < 2:825846/151‑1 (MQ=255) gAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GGTTTTTTGGATTAAAAAAAAATCAAACAAAAAAAT‑AAA‑AAT‑AGGCTTATTTTTTTTAAAAAAATTaa > 2:603553/1‑149 (MQ=255) tCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCGTTTTTGAATTGAAAAAAATACACGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑AGCCCCATTTTTTTTTAAAACATTaa > 2:291722/1‑146 (MQ=255) cGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GGTTTTTTGGATGAAAAAAAAATAAAACAATAATAA‑AATAAAA‑GGCTTAATTTTTTTTAAaataataagaaaa > 2:2608/1‑143 (MQ=255) cGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCata < 1:337644/150‑1 (MQ=255) cTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GGTTTTTTGGATTGAAGAAAAAGCAAACAATAATATAAAA‑AAT‑GGCTTAtttttttttacataaataaaca > 2:970950/1‑131 (MQ=255) cTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GCTTTTTTGGATTTAAGAAAATGCAAACAATAAAAT‑AAT‑AAT‑TGCCTAATTTTTTTGAAAATCATTAAACatataa > 2:323920/1‑148 (MQ=255) aaTCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GGTTTTTTGAATGAAAAAAAAAAAAAGCAATAATAT‑AAA‑AAA‑GGCCTAATTTTTTTTAACATCATTAAACATATCATCATCGTCTAttt > 1:4514/1‑149 (MQ=255) tCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GCTTTTTTGAATTAAAAAAAAATTAAGGAATTATAT‑AAT‑AAT‑GGGCTTATTTTTTTTTAAATCATTTAACATATACTTATCTTCTAttt > 2:230935/1‑147 (MQ=255) cTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCGTTTTTGTATTAAAAAAAAAGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AATGGGCTTATTTTTTTTTAAAATC‑TTTAGAATATCATAATTGTATAtttttc > 2:325450/1‑146 (MQ=255) tATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAg < 1:323983/149‑1 (MQ=255) aTTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGaa < 2:231270/150‑1 (MQ=255) tGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GGTTTTTGGGATGAAAAAAAAAGCAAACAAAAAAAA‑AAA‑AAA‑AGCCTAATTTTTTTTTAAATCATTAAACAAATCATCATCGTCTATTTTCCAGAATcc > 1:328229/1‑151 (MQ=255) gTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTTATGGCGGGG‑GGTTTTTTGAATTAAAAAAAAAACAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGACTAATTTTTTTGAACATAATTAAAAATATCATCATATTCTAttttatcgaa > 1:273916/1‑140 (MQ=255) aCCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GTTTTTTTGAATTAAAAAAAAAACAAGCAAAAAAAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTTTTTTAAAATCATTAAAAATATCATCATCTTCTATTTTTCAGAATCCGt > 2:548702/1‑148 (MQ=255) aCCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTTGGTATGAAAGAAAAAGCAAACCAAAAAAT‑AAT‑AAT‑AGGCTAATTTCTTTGTAAATCATTAAACATATTATCCACGTATATTTTCCAGAAACCGt > 1:646591/1‑148 (MQ=255) aCCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCg < 1:775482/150‑1 (MQ=255) aTCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTtat < 1:33522/151‑1 (MQ=255) cATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTtata < 1:937447/150‑1 (MQ=255) cATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATaa < 1:631885/151‑1 (MQ=255) aTTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GGTTTTTTTAATTAAAAAAAAAGCAAGCAAAAATAT‑AAT‑AAT‑TGGCTAATTTTTTTTTAAATTCTTTAGCAAAACATCATCGTCTATTTTCCAGAATCCGTCGACCtatta > 2:679133/1‑148 (MQ=255) tttCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATc < 1:602852/150‑1 (MQ=255) tttCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATc < 2:611002/150‑1 (MQ=255) ttCCTTTGCGTAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTTTGTATTGAAGAAAAAGCAAAGAATAAAAT‑AAT‑AAA‑TGCCTCAATTCTTTTAAAAACATTTAACAAATACTAATCGTCTATTTTCCAGAAACCGTCGACTTATAATAGc > 2:678066/1‑151 (MQ=255) cTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GGTTTTTTGGATGGAAAAAAAAGCAAAGAATAAAAT‑AAT‑AAA‑AGGCTTATTTTTTTTTAAAAAAATAAACATATAATTATTGTCTATTTTTCCCAATTCGTCGaacttttatatcc > 2:204659/1‑137 (MQ=255) cTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GTCTTTTGGGGTTAAAGAAAAAGCAAGCAATAAAATAAAA‑AAG‑GGCTTAATTTTTTTTAA‑ATAATTAAACATATAATAAACGTCTATTTTTCAAAAATCGCCGACTTATAATTGCCa > 2:230983/1‑150 (MQ=255) tttGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTAGGAA‑GAAAGAAAAAACAAGCAAAAAAAT‑AAT‑AAT‑AGCCTAATTTCTTTGAACATCCTTAAACATATCATCATCCTCTATTTTCCCGAATCCGTCGACTTATTATTGcc > 1:417226/1‑148 (MQ=255) ttGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGG‑GCTTTTTGGGATGGAAGAAAATGCAAAGAAAAAAAT‑AAA‑AAA‑GGCCTAATTTTTTTTTAAAACATTAAACAAATCATCATCCTCTATTTTTCAGAATACCTCGGCCTATAATTGcc > 1:587429/1‑147 (MQ=255) cgcCTGGGATTAATGGCGGGG‑GGTTTTTGGAAAGAAAGAAAAAACAAGCAATAAAAT‑AAA‑AAA‑AGACTAAATTTTTTTTAAAACATTAAAAAAATCATTATAGTCTATTTTCCAGAAAACCTCGACTTATAAATACCAGAAAGGCata > 2:765121/1‑148 (MQ=255) gATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCACCAGAACGGCATATCAGGACGGt < 2:680045/151‑1 (MQ=255) cGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAAc > 1:477564/1‑151 (MQ=255) 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aGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATACTAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGc > 2:565463/1‑148 (MQ=255) aGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCa < 1:87315/151‑1 (MQ=255) | GATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGT‑GCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AAT‑AAT‑GGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCA > NC_000913/4536050‑4536347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |