| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,290,716 | 0 | G | A | 47.1% | 37.9 / 13.9 | 34 | E159K (GAA→AAA) | rssB | PcnB‑degradosome interaction factor; response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/2); new base A (0/16); total (16/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGTTAAAGATCTGAATCGCTTGCGCGAGATGGTTTTTGCCTGTCTCTATCCCAGCATGTTTAATTCGCGCGTTGAGGAAGAGGAAAGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCTGGCATTTTATTGCCTTGAT > NC_000913/1290567‑1290853 | cAGTTAAAGATCTGAATCGCTTGCGCGAGATGGTTTTTGCCTGTCTCTATCCCAGCATGTTTAATTCGCGCGTTGAGGAAGAGGAAAGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAgg > 2:609022/1‑150 (MQ=255) ttAAAGATCTGAATCGCTTGCGCGAGATGGTTTTTGCCTGTCTCTATCCCAGCATGTTTAATTCGCGCGTTGAGGAAGAGGAAAGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACt > 1:211012/1‑151 (MQ=255) gATCTGAATCGCTTGCGCGAGATGGTTTTTGCCTGTCTCTATCCCAGCATGTTTAATTCGCGCGTTGAGGAAGAGGAAAGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAAc > 2:87075/1‑151 (MQ=255) cGCTTGCGCGAGATGGTTTTTGCCTGTCTCTATCCCAGCATGTTTAATTCGCGCGTTGAGGAAGAGGAAAGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTc > 1:681631/1‑151 (MQ=255) cgAGATGGTTTTTGCCTGTCTCTATCCCAGCATGTTTAATTCGCGCGTTGAGGAAGAGGAAAGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTg > 1:99288/1‑151 (MQ=255) ccTGTCTCTATCCCAGCATGTTTAATTCGCGCGTTGAGGAAGAGGAAAGGTTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCGGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTgt > 2:377349/1‑148 (MQ=255) cTGTCTCTATCCCAGCATGTTTAATTCGCGCGTTGAGGAAGAGGAAAGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGAGATTTCCCATTGCCgg > 2:431174/1‑151 (MQ=255) tttAATTCGCGCGTGGAGGAAGAGAAAAGTTTTTTT‑CGCGACGGGGATGAAATGTTTAAAACCCCTGCCGCGGCGGCAAAATTATTAAAGAAACTAAAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAAtt < 1:39804/149‑1 (MQ=255) aTTCGCGCGTTGAGGAAGAGGAAAGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGc > 1:152912/1‑151 (MQ=255) gcgcgTGGAGAAAGGGAAAGGGTTTTTT‑CGCGACGGGGATGAATTGGTTAATACCCCTCCCGCAGCGGAAAAATTATTACAGAAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCcgc < 1:547587/150‑1 (MQ=255) ggtttGAGGAAGAGAAATGTTTTTTC‑CGGGGCGGGGATAAAATGGTTAATACCCCTGCCGCGGCGGAAAAATTATTCGAGAAACTAAAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTTTCGTCAATTGGTTGCcgc < 2:363431/145‑1 (MQ=255) gcgTGGAGGAAGAGGAATGGTTTTTC‑GGCGGGTGGGATGCAATGTTTGATACCCCGCCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGAAACTACAGCCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCcgc < 1:430997/148‑1 (MQ=255) ggaaga‑gaaaGGTTTTTTCCGCGGGGGGGATGAAATGGTTGAAACCCCTGCCGCGGGGGCAAAATTATCACAGAAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAAccc < 1:483535/151‑1 (MQ=255) aaggttttttt‑CGCGACGGGGATGAAATGTTTAATACCCCTGCCGCAGCGGAAAATTTATTACAGAAACTAAAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGt < 1:609091/145‑1 (MQ=255) aaggttttttc‑CGGGCCTGGGATGAATTGTTTAAAACCCCTCCCGCGGCGGAAAATTTATTACAGAAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTg < 1:741784/143‑1 (MQ=255) aaagttttttt‑CGCGAGGGGGAGGAAATGGTTGAAACCCCTCCCGCAGCGGAAAAATTATTACAGAAACAACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTg < 1:848123/143‑1 (MQ=255) aaaGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGt > 1:763515/1‑151 (MQ=255) aaaGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAACTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGt > 1:21463/1‑151 (MQ=255) gCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCtt > 1:410983/1‑151 (MQ=255) cTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTg > 2:685432/1‑151 (MQ=255) ttt‑CGCGTTTGGGATGCATTGTTTGATACCCCTCCCGCGGCGGAAAAATTATTACAGGACCTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGat < 1:862967/150‑1 (MQ=255) ttt‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGat > 2:134969/1‑150 (MQ=255) cgcgACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTg > 1:787878/1‑151 (MQ=255) aattGGTTAAAACCCCTGCCGCGGGGGAAAAATTATTACAGAAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCg < 2:621719/146‑1 (MQ=255) gtttaatcccccgcccGCGGCGGAAAATTTATAACAGAAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGaa < 2:734927/134‑1 (MQ=255) ggttaacaccccTGCCGCGGCGGGAAATTTATTAAAGAAACTAAAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACttt < 2:629434/134‑1 (MQ=255) gttaaacccccTGCCGCAGCGGAAAAATTTTAACAGAAACTAAAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAAc < 2:667959/142‑1 (MQ=255) aacccccTGCCGCGGGGGAAAAATTATTACAGAAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCt < 2:270163/147‑1 (MQ=255) aTAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCt > 2:411839/1‑151 (MQ=255) cGCAGCGGCGGAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCTGGCATTTTAt > 2:171156/1‑151 (MQ=255) gcggaaaatttattaAAGGACCCAAAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCTGGCATTTTATTg < 2:195313/140‑1 (MQ=255) cgAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCTGGCATTTTATTGCCTTg > 2:286791/1‑150 (MQ=255) aaattttgaggggAACAACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCTGGCATTTTATTGc < 1:559853/133‑1 (MQ=255) aaaTTTTTACAGAAACTAAAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCTGGCATTTTATTGCCTTGAt < 1:604376/150‑1 (MQ=255) aaaTTATTACAGAACCTCCAGCCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCTGGCATTTTATTGCCTTGa < 2:433468/149‑1 (MQ=255) aaaTTATTACAGAAACTAAAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCTGGCATTTTATTGCCTTGAt < 1:166764/150‑1 (MQ=255) | CAGTTAAAGATCTGAATCGCTTGCGCGAGATGGTTTTTGCCTGTCTCTATCCCAGCATGTTTAATTCGCGCGTTGAGGAAGAGGAAAGGCTTTTT‑CGCGACTGGGATGCAATGGTTGATAACCCTGCCGCAGCGGCGAAATTATTACAGGAACTACAACCGCCGGTTCAGCAGGTGATTTCCCATTGCCGGGTTAATTATCGTCAATTGGTTGCCGCGGACAAACCCGGCCTGGTGCTTGATATTGCCGCACTTTCGGAAAACGATCTGGCATTTTATTGCCTTGAT > NC_000913/1290567‑1290853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |