| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,486 | 0 | C | A | 51.2% | 91.9 / 162.9 | 86 | intergenic (+291/‑165) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/12); new base A (0/44); total (30/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.61e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.45e-16 | |||||||||||
TTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29336‑29633 | tttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCcac > 2:790035/1‑151 (MQ=255)tttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCcac > 1:255310/1‑151 (MQ=255)tttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCcac > 1:14924/1‑151 (MQ=255) ttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGTATGAGCcac > 1:1022445/1‑150 (MQ=255) tttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCcaca < 1:400726/150‑1 (MQ=255) gttgttTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAaat < 2:465002/151‑1 (MQ=255) aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa < 2:1151852/150‑1 (MQ=255) aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa < 1:631527/150‑1 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaa < 2:842026/151‑1 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaaa < 2:168338/150‑1 (MQ=255) aaaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAt < 1:284140/150‑1 (MQ=255) aaaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATc < 2:832907/151‑1 (MQ=255) aaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATcc < 2:675465/151‑1 (MQ=255) tttGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCg < 1:964078/150‑1 (MQ=255) tGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGcc < 2:19129/150‑1 (MQ=255) tGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTg > 1:623587/1‑151 (MQ=255) ggTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTg > 1:300923/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGccc > 1:869241/1‑150 (MQ=255) 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tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGAAAGCTTTTTCA‑AAAAAAGGTT‑AGATGATTTTTTTGTCGCTAAAGGCC‑T‑GAAAAACATGCTTGGCCCACAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc < 2:371466/150‑1 (MQ=255) tttttATTTCATGAATTCTTCTTGCTGCGAAAGCGTTTTCA‑AGAACAGTTT‑AGATGATTTTTTTGTCGTTTAATGCC‑T‑GAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCatat < 1:443476/147‑1 (MQ=255) ttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:1153747/1‑150 (MQ=255) tATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGa > 2:1138008/1‑150 (MQ=255) ttCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgc > 2:378050/1‑151 (MQ=255) 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aaCATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATACCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAAt > 2:311024/1‑150 (MQ=255) aCATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATa > 1:1052601/1‑150 (MQ=255) catgcatgAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATa < 2:956818/149‑1 (MQ=255) catgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtg > 2:694047/1‑150 (MQ=255) atgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtg > 2:22173/1‑149 (MQ=255) 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TTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑T‑GTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29336‑29633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |