Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,684,749 | 0 | A | C | 41.7% | 96.9 / 14.2 | 60 | D164A (GAC→GCC) | tus | inhibitor of replication at Ter, DNA‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/9); new base C (0/25); total (26/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGAAAA > NC_000913/1684601‑1684891 | cAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAcc > 2:861046/1‑151 (MQ=255) acaTCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc > 2:14964/1‑151 (MQ=255) aTCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCa < 2:887370/151‑1 (MQ=255) tCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCAc > 1:462288/1‑151 (MQ=255) aaaCTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTAc > 1:939923/1‑151 (MQ=255) aaCTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACg > 2:1148721/1‑151 (MQ=255) accccgcGTGCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACCCCCCCCCGCGGCCCGTTTTGAAGGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGACCCCCCTTATTGCTTCCCGCGCGCTCCCCGTTCTGCCCGACCCCGCCACTTTACGCTttgg < 1:13/145‑1 (MQ=255) cACGTTCGAGCATATCGTCAGGGTTGAATCAGACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGATCCCCCTTAATGCTTCCCGCACGCTCCCCTTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTttggttgg < 2:716769/151‑1 (MQ=255) cACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGATCCCCCTTAATGCTTCCCGCACGCCCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTttggttgg < 2:686538/151‑1 (MQ=255) aCGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTggg > 1:190098/1‑151 (MQ=255) gcgcggcaatatCGTCACGTTTAAATCAGACCCCCCCCCCGGGGCAGGTTTTAAGGGGGTGCATCGTCATTGTCGGGGGCGGACCCCCCTTATGGCTTCCCGCACCCTCACCGTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCt < 1:275200/143‑1 (MQ=255) gAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat > 1:773603/1‑150 (MQ=255) gAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat > 1:261392/1‑150 (MQ=255) cATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAAc > 2:1069349/1‑151 (MQ=255) atatCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAAc > 1:550755/1‑150 (MQ=255) tatCGTCAGGGTTGAATCAAACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGATCCCCTTTAATGCTTCCCGCACGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATaaa < 2:211156/148‑1 (MQ=255) atCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACat > 2:412319/1‑150 (MQ=255) gTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCCCCGCGGCGCGTTTTGAATGGGTGCATCTTCTTTTGCGGGGGCTGATCCCCCTTATTGCTTCCCGCCCGCTCCCCTTTCTCCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATc < 1:1048981/150‑1 (MQ=255) 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tcaatcccaacccccccccCGCGCCTGGTTTTAAGTGGGTCCGCCATCATTGGCCGGGCCCCACCCCCCTTAATCCTACCCGCCCTCTCGCGGTCCACAACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGTTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGa < 1:102635/137‑1 (MQ=255) aaTCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAttt > 1:540925/1‑151 (MQ=255) cAGACCCCCCCCCCGCGGCACTTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCCCCCTTAATGCTTACCCCCCGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACa < 2:29395/151‑1 (MQ=255) cAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTAc > 1:58187/1‑150 (MQ=255) acccccccccCGCGCCACGTTTGGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCCCCTTTAATGTTTCCCGCACGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCg < 2:311374/147‑1 (MQ=255) ccccccccCGCGGCACGTTTTGAAGGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGACCCCCTTTAATGCTTACCGCACGCTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACAt < 2:53274/145‑1 (MQ=255) ccccccccCGCGCCCTGTTTGGAAGGGGTGCATCGTCTTTGGCCGGGGCTGATCCCCCTTAATCCTTCCCGCCCGCCCCCCTTTCTGCACCCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGtg < 1:1055688/149‑1 (MQ=255) cccACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGtgatg > 2:792984/1‑151 (MQ=255) cACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGtgatga > 2:1144369/1‑150 (MQ=255) cccGCGCCCCTTTTGGAGTGGGTGCATCGTCTTTTGCGGGGGCTGACCCCCCTTAATGCTTCCCGCACGCCCCCCTTTCTCCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAg < 1:312502/150‑1 (MQ=255) cgcgGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTc > 1:793998/1‑151 (MQ=255) cGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGcac > 2:175915/1‑151 (MQ=255) ttttGAATGGTTGCATCGTCTTTTGCGGGGGCTGATCCCCTTTATTGCTTCCCGCACGCCCCCCGTTCTCCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGcac < 1:387753/149‑1 (MQ=255) tttGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGc > 1:914278/1‑151 (MQ=255) tttGAAGGGTGGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCCCCCTTATTGCTTCCCGCCCGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAg < 2:794252/150‑1 (MQ=255) gAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTgg > 2:202182/1‑151 (MQ=255) aaggggTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGATCCCCCTTAATGCTTACCGCACGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTg < 2:239356/146‑1 (MQ=255) aTGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGa > 1:1014779/1‑150 (MQ=255) ggTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGATCACCTTTAATGCTTCCCGCACGCTCACCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGaaaaa < 1:5851/151‑1 (MQ=255) cctCGTCATTCGCCGGGGCTGCTCCCCTTTATTGCTGCCCGCCCGCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGcc < 1:176235/149‑1 (MQ=255) 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tGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAgtgt > 2:421653/1‑151 (MQ=255) cccccTTATTGTTTACCGCCCGCTCCCCGTTCTCCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCg < 2:138377/147‑1 (MQ=255) aCCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCAc > 2:480677/1‑151 (MQ=255) ccTTAATGCTTCCCGCCCGCTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCg < 2:829254/151‑1 (MQ=255) tattGCTTCCCGCCCGCTCACCTTCCTCCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGt < 1:240248/146‑1 (MQ=255) tAATGTTTCCCGCACGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTg < 1:1117050/150‑1 (MQ=255) cccgcccgcCCCCCTTTCTCCGCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGAcgcgc < 1:1068784/148‑1 (MQ=255) cccGCACCCTCCCCTTTCTCCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCga < 2:57154/150‑1 (MQ=255) ccGCACTCTCACCGTTCTGCCCGACTCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGAcgc < 1:666766/146‑1 (MQ=255) ccgCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGaaa < 1:1065894/147‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGaaaa < 1:763426/147‑1 (MQ=255) aCGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGaaa < 2:1014804/145‑1 (MQ=255) | CAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGAAAA > NC_000913/1684601‑1684891 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |