| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,578,143 | 0 | A | C | 41.7% | 103.8 / 19.3 | 61 | L79V (TTA→GTA) | maeB | malic enzyme: putative oxidoreductase/phosphotransacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/7); new base C (0/25); total (29/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTTCGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCC > NC_000913/2577995‑2578291 | ggttCGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑cc > 2:704688/1‑151 (MQ=255) gttCGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑ccc < 1:938657/151‑1 (MQ=255) tCGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑cccc < 2:1168916/150‑1 (MQ=255) cGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑cccc > 1:1097592/1‑149 (MQ=255) cGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCa < 1:191268/150‑1 (MQ=255) cggcgACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCAccgc > 1:855253/1‑151 (MQ=255) ggcgACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCAccgcc < 2:973641/151‑1 (MQ=255) ggcgACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCAccgcc > 2:891616/1‑151 (MQ=255) aaCTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCg > 1:24536/1‑151 (MQ=255) ttaaaTAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAACCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCACCCCCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCAAATGTTG‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGt < 2:39232/146‑1 (MQ=255) cAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGtt > 2:899739/1‑148 (MQ=255) aatttttTCCGGGTCGAGTTCACCAACTTCATTGTAAAATACAGCAATCCCGGCGAATTTCTAAAACAGACCGCCCTTGCCTTCCACCACCGGTTG‑G‑CCT‑GCCGGCGCGCCAATGTTC‑CTTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGAt < 1:935296/147‑1 (MQ=255) aaTTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATc > 2:253852/1‑150 (MQ=255) gttCGATTTCTTCAACTTAAATGTAAAATACATCAACCCCGGCGAATTTCTAAAACAGACCGCCTTTCCCTCCCACCCCCGTTTT‑G‑CCT‑GCCGCCGCGCAATTGTTG‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAg < 2:393823/149‑1 (MQ=255) gAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGtt > 2:367813/1‑150 (MQ=255) cGTAAACTTAAATGTAAAATACATCAACCCCGGCAAATTTCTTAAACAGACCGCCCTTCCCTTCCACCCCCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCt < 2:936554/149‑1 (MQ=255) acctcaacactaaaaTACACCACTCCCGGCTAATTTTTTAAGCAGACCGCCCTTCCCCCCCACCCCTGTTTT‑C‑CCG‑GCCCGCGCGCCAATGTGC‑CCAAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCt < 1:787985/133‑1 (MQ=255) atttaattccaaaaTTCATCATTCCGGGCGAATTTCTAAAACACACCGCCTTTGCCTTCCA‑CCCCGGTTT‑G‑GCTGGCCAGCGCG‑CAATTTTGCCCTAA‑CCCCGGAACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGc < 2:520927/138‑1 (MQ=255) 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aaaTACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGt > 2:238925/1‑149 (MQ=255) aaaTACATCAACCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTCCCTCCCACCCCCGTTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCAAATGTTG‑CATAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATAttt < 1:127794/147‑1 (MQ=255) aTACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGc > 1:930648/1‑151 (MQ=255) tACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCt > 2:534707/1‑151 (MQ=255) tACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCt > 2:149644/1‑151 (MQ=255) cAACCCCGGCGAATTTCTTAAACAGACCCCCCTTCCCTCCCACCCCCGGTTT‑C‑CCG‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTa < 2:267284/150‑1 (MQ=255) acccccGGCGATTTTTTAAAACAGACCGCCCTTCCCTCCCATCCCCGTTTG‑C‑CCT‑GCCAGCGCCCCAATGTTG‑CCAAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTa < 1:1011197/146‑1 (MQ=255) tCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACgg > 2:179379/1‑151 (MQ=255) cGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTc > 2:603644/1‑151 (MQ=255) ggagattttCTAAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCCCCCCCGGTGG‑G‑CGT‑CCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAC‑CCCCAGCCCCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTc < 2:1097492/144‑1 (MQ=255) attttCTAAAACAGACCCCCCTTCCTTCCCATCCCCGGTTT‑C‑CCG‑CCCAGCGCGCCAATTTTG‑CCTAC‑CCCCACCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCttttt < 2:1050384/149‑1 (MQ=255) aaTTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCttttt > 1:786541/1‑151 (MQ=255) aaTTTCTTAAACAAAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAG‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCttttt > 2:886667/1‑151 (MQ=255) ttattAAACAGACCCCCCTTCCCTCCCACCCCCGGTTT‑C‑CCT‑GCCGGCGCGCAATTGTTG‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTc < 1:930323/146‑1 (MQ=255) ttCTTAAACAGACCCCCCTTGCCTCCCATCCCCGTTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCAAATGTTG‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCg < 2:1024723/150‑1 (MQ=255) ttCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCg > 1:938298/1‑150 (MQ=255) ttCTAAAACAGACCCCCCTTGCCTTCCATC‑CCGGTTTGG‑CCG‑GCCAGCGCGCAAATTTTG‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCg < 2:137746/150‑1 (MQ=255) ttAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGAttt > 2:790917/1‑151 (MQ=255) aaaCAGACCCCCCTTGCCTCCCATCCCCGTTTT‑G‑CCT‑CCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGAt < 2:414835/147‑1 (MQ=255) aaaCAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTc > 2:689175/1‑150 (MQ=255) 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ccacccccGGTTT‑G‑CCG‑GCCGGCGCCCCAATGGTG‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGcc < 1:1017005/145‑1 (MQ=255) cATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCt > 1:198745/1‑151 (MQ=255) aTCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTg > 2:792992/1‑151 (MQ=255) ccGTTTT‑C‑CCT‑GCCAGCGCGCAAATGTTC‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGa < 2:289083/151‑1 (MQ=255) gTTT‑GCCCT‑GCCGGCGCGCAATTGTTC‑CCAAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAg < 1:610137/150‑1 (MQ=255) cct‑gccAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGcc > 2:1055319/1‑150 (MQ=255) cct‑gccAGCGC‑CCAATTTTT‑CCCAACCCCCAGCCCCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAg < 2:1015520/147‑1 (MQ=255) ccgccAGCGCGCCATTGTTC‑CCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAg < 1:1037663/149‑1 (MQ=255) gccAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAgcg > 1:1116830/1‑151 (MQ=255) cAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGcc > 2:683425/1‑151 (MQ=255) cgcgcAAATGTTC‑CCTAC‑CCCCACCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAg < 2:235797/150‑1 (MQ=255) gcgcCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGcc > 1:1100826/1‑147 (MQ=255) cgcCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGcc > 1:1001150/1‑146 (MQ=255) aa‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGcc > 1:622977/1‑150 (MQ=255) aa‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGcc > 1:757303/1‑150 (MQ=255) | GGTTCGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTT‑G‑CCT‑GCCAGCGCGCCAATGTTG‑CCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCC > NC_000913/2577995‑2578291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |