| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,536,207 | 0 | G | A | 41.3% | 106.9 / 36.1 | 75 | intergenic (+176/+407) | yjhR/nanS | pseudogene, helicase family; putative frameshift suppressor/9‑O‑acetyl N‑acetylneuraminic acid esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/33); new base A (31/0); total (42/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑ATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTCCA > NC_000913/4536064‑4536357 | aaaGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTGGAATGaaaaaaaa > 2:1017128/1‑148 (MQ=255)aaaGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATgc < 2:708892/151‑1 (MQ=255) aGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaa < 1:1023498/151‑1 (MQ=255) gCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaagca < 1:524617/151‑1 (MQ=255) atatTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCaat < 2:684146/151‑1 (MQ=255) tatTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTTGAATTAAAAAAAAAaaaagcaa > 1:345692/1‑149 (MQ=255) ttACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑GTTTTTGGGATGAAAAAAAAAGAAAGCaataaaa > 1:898202/1‑148 (MQ=255) tACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTGGGATGAAAAAAAAAGAAAACaaaaaaa > 2:722310/1‑147 (MQ=255) tACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAataatat < 2:686305/150‑1 (MQ=255) cAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTTGGATGAAAAAAAAAACAAACAaaaaaat‑aa > 2:701737/1‑149 (MQ=255) tGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GCTTTTTGAATTAAAAAAAAAGCAAGCAATAAAAa‑aataa > 2:1126495/1‑149 (MQ=255) tAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGc < 2:430570/150‑1 (MQ=255) tAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑GTTTTTGGGATGAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAt‑aataa > 1:952508/1‑146 (MQ=255) aaGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTTGGATGAAAAAAAAAAGAAAGAATAATAT‑AAAAAAgggc > 1:125485/1‑148 (MQ=255) aaGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCt < 1:520334/151‑1 (MQ=255) cGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTTTGAATGAAAGAAAAAGCAAGCAATAATAT‑AAAAAAAGGCTAAtt > 2:578447/1‑151 (MQ=255) gACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAAttt < 2:107618/151‑1 (MQ=255) tttCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTTTAATTTAAAAAAAATCAAGCAAAAATAT‑AAAAAATGCCTAAtttttt > 1:324711/1‑151 (MQ=255) ttCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCt < 1:315845/149‑1 (MQ=255) tCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCttt < 1:900610/150‑1 (MQ=255) cGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGaa < 1:467958/151‑1 (MQ=255) cGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGaa < 2:449993/151‑1 (MQ=255) cGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTTGGAATGAAAAAAAAAAAAAACAATAATAA‑AATAAATGCCTAAAtttttt > 2:604525/1‑148 (MQ=255) ttttATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTTTGGAAGAAAGAAAAAACAAGCAAAAAAAT‑AAAAAAAGACTAATttttttt > 2:372298/1‑146 (MQ=255) ttttATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGATGTTTTTTTTGAAT‑AAAAAAAAAGGAAACAAAAAAAT‑AATAATATTCTAATtttttttt > 1:795492/1‑146 (MQ=255) cGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAg < 1:695017/151‑1 (MQ=255) gCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATGATAT‑AATAATGTCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑atc < 2:1177986/151‑1 (MQ=255) cTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTGGGATGAAAGAAAAAAGAAACAAAAAAAT‑AAAAAATGGCTAATTTTTTTTTAAATCATTaaaaa > 2:597044/1‑142 (MQ=255) cTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTTGGATTAAAAAAAAAACAAGCAAAAAAAT‑AAAAAAAGCCTAATTTTTTTTTAAAACATTAAACa > 1:170899/1‑145 (MQ=255) tCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTGGAATGAAAAAAAAAGCAAGCAAAAAAAT‑AAAAAAAGGCTAATTTTTTTTTAAAACATTAAAAAA‑atcatca > 2:553887/1‑150 (MQ=255) ccTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑atcatcatc < 1:485116/151‑1 (MQ=255) ccTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑atcatcat < 1:501113/150‑1 (MQ=255) gATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑ATCATCATCGTc < 2:814892/151‑1 (MQ=255) ttATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTGGGATGAAAAAAAAAGCAAACAATAATAT‑AAAAAAAGCCTAATTTTTTTTAACAACATTAAACAA‑ATCATCATCGTCt > 2:838860/1‑150 (MQ=255) ataAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTTGGAATTAAAAAAAAAGCAAACAATAATAT‑AAAAATGGGCTAATTTTTTTTTAAATCATTAAAAAA‑ATTATCAACGTCTAtt > 2:1022032/1‑151 (MQ=255) aaaTCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTTGAATGAAAAAAAAAACAAAGAATAAAAT‑AATAAAAGGCTAATTTTTTTTTACAACATTTAGAAA‑ATCATCCTCGTCTAtttt > 1:959321/1‑150 (MQ=255) aaaTCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑ATCATCATCGTCTATTTg < 1:163208/151‑1 (MQ=255) aaTCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGG‑CTTTTTGGAACAAAAAAAAAATC‑AGCAACAATATAAAAAATGGCC‑AATTTCTTTTAAAATACTTAAAAAT‑attatcaaactccattt > 1:1159499/1‑139 (MQ=255) aaTCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTTGTATGAAAAAAAAAAAAAGCAATAAAAT‑AAAAAATGGCTTATTTTTTTTTACATTATTAAACAT‑ATTATTATCCTCTtttttt > 1:275674/1‑149 (MQ=255) aaTCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTTTGTATTAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAT‑AAAAAAAGGCTAAATTTTTTTTAAATCATTAAGCAA‑ATAATAATCATCTAttt > 1:5907/1‑149 (MQ=255) tCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTTGGAAGAAAAAAAAAGAAAGCAAAAAAAT‑AAAAAAAGCCTAATTTTTTTTAAAATCATTTAGCAT‑ATTATCATCGTCTAtttt > 2:522936/1‑147 (MQ=255) ttATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CGTTTTGTTGTGAAAAGAAATTCAAAGAATAAAAA‑AATAAAGGCATTATTTCTTTGAACATAATTAATAAT‑ATTATTATCATCTtttt > 1:725808/1‑145 (MQ=255) aTTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTTGGGATGAAAAAAAAAACAAACAAAAATAT‑AATAAAAGCCTTATTTTTTTTTAAATTATTAAAAAT‑ATCATCATCGTCTAtttttccgaa > 2:245941/1‑143 (MQ=255) tGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTTGGATGAAAAAAAAAAAAAACAATAAAAT‑AATAAAAGGCTAATTTTTTTTTAAATCATTAAACAA‑ATTATTCTCTTCTTTTTTTCAGa > 1:1133771/1‑147 (MQ=255) tGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTGGTATTAAAAAAAAAACAAACAATAATAT‑AATAAAAGGCTTTTTTTTTTTTAAAACATTAATAAT‑ATTATCATCGTTTAtttttcacaa > 1:425493/1‑141 (MQ=255) aCCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑GTTTTTTGAATTAAAAAAAAAACAAGCAAAAAAAT‑AAAAAATGGCTTATTTTTTTTAACAACATTTAACAT‑AATATCATCGTCTATTTTTCAGAAACCGTc > 1:444851/1‑149 (MQ=255) ccTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTTGAATTAAAAAAAAAAAAAACAAAAATAT‑AATAATAGTCTTATTTTTTTTTACATCATTAAACAT‑ATCATCATATTCTATTTTTCAGAATCCCTCGAc > 1:47137/1‑151 (MQ=255) ccTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑ATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGAc < 1:614006/151‑1 (MQ=255) 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ccTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑ATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCa < 2:989081/151‑1 (MQ=255) ccTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑ATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCa < 1:57945/151‑1 (MQ=255) tttGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTGGGATGAAAAAAAAAAAAAGCAATAAAAT‑AATAATAGCCTAATTTCTTTTTAAATCATTAAGAAA‑ATTATTATCATCTATTTTTCAGAATACCTCGACTTATAATAGcc > 1:497704/1‑148 (MQ=255) tttGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTTGGGAAGAAAAAAAAAGCAAAAAATAAAAT‑AAAAAATGGCTAATTTTTTTTAAAAACATTAAAAAT‑ATCATCATCGTCTATTTTCCAGAAACCGTCGACTTATAATAGcc > 2:767542/1‑148 (MQ=255) tGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑ATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGaa < 1:932170/150‑1 (MQ=255) cATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑CTTTTAGGGATGGAAAAAAAAGAAAACAATAAATT‑AAAAAAGGGCCAATTTTTTTTTACAACATTAAACATAATCA‑CATTGTCTTTTTTTCAGAAATCGTCGACTTTTaaattccacaaagg > 1:300603/1‑139 (MQ=255) aTAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTTTGGATGAAAAAAAAAGCAAACAAAAATAT‑AAAAAAAGGCTAATTTTTTTTAAAATCATTAAACAT‑ATCATCATCGTCTATTTTTCAGAATCCGCCGACTTATAATTACCAGaa > 2:340346/1‑147 (MQ=255) tAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGG‑GTTTTTGGGATGAAAGAAAAAGAAAGGAAAAAAAT‑AAAAAAAGGCTAATTTTTTTTTAAATAATTAAGAAT‑ATAATCATCGTCTTTTTTTCAGAAAACGTCGGCTTATAAAATCCAGaa > 1:827798/1‑146 (MQ=255) aTGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑ATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCata < 1:527063/151‑1 (MQ=255) cgcCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑ATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCa < 1:682344/151‑1 (MQ=255) 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AAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAT‑AATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCAT‑ATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTCCA > NC_000913/4536064‑4536357 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |