| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 15,410 | 0 | T | G | 42.5% | 71.2 / 11.6 | 47 | intergenic (+112/‑35) | dnaJ/insL1 | chaperone Hsp40, DnaK co‑chaperone/IS186 transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/22); new base G (20/0); total (25/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.41e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCT > NC_000913/15261‑15536 | aTGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGtt < 1:450090/151‑1 (MQ=255) gtgAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGt < 2:334212/151‑1 (MQ=255) gaagaaGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTa < 2:940305/150‑1 (MQ=255) gaagaaGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTAt < 2:974152/151‑1 (MQ=255) agaagTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCAACCCCCT‑AAACG‑CTAAACTAAAGGGtggggggtt > 2:928789/1‑142 (MQ=255) gaagTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGACAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCCATTCCCT‑AAACGCCT‑AATTTAAGGGtgtgg > 1:854883/1‑141 (MQ=255) tttttGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTGCGCCt < 2:589327/150‑1 (MQ=255) tttttGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGAACACTCCCCC‑AAAAG‑CC‑CACTTAAGGGGTGTGGGATTATGCCt > 1:617834/1‑150 (MQ=255) tttGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACCCCCCT‑AAACG‑CT‑TAATTAAGGGGGGTggggtttagcccgtt > 1:895848/1‑138 (MQ=255) gacCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACCCCCCT‑CAACG‑CC‑ACATTTAGGGGTGTGGGATTAAGCCTGTTATGa > 2:712948/1‑149 (MQ=255) cTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCT‑AAACG‑GT‑AACTTAAGGGGTGGGGTGTTAAGCCTGattttat > 2:839839/1‑142 (MQ=255) gACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACg < 2:309300/151‑1 (MQ=255) cGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGACACCCCCCC‑AAGCG‑CT‑AACTTTAGGGGTGTGGGGTTATGCCCGATATGAttt > 1:9738/1‑143 (MQ=255) gCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCg < 1:993872/151‑1 (MQ=255) cTAACCTCCCCAAAAGCCTTCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCg < 2:721125/150‑1 (MQ=255) aaCCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGAt < 1:834486/150‑1 (MQ=255) aCCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGATACTCCCAT‑AAACG‑CT‑AAATTTAAGGGTGTGGGGTTACGCCTGATATGATTTTAAGTGCCGAt > 1:680961/1‑149 (MQ=255) aCCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGa < 2:1006380/151‑1 (MQ=255) 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cTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGGACTCCCCTCAAACC‑CA‑AACTT‑TGGGGTGTGGGGTTAAGCCCGGTATGATTTAAAAGGCCGATGAATTAATCTCCCggt > 2:658576/1‑149 (MQ=255) cTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCCC‑AAACG‑CC‑AAATTTAGGGGTGTGGGATTACGCCTGGTATGATTTTAAGTGCCGATGAAATACTCTCACg > 1:171782/1‑149 (MQ=255) cGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCAT‑AAGAG‑CT‑CACTTAAGGGGTGTGGTATTAATCCTGAGTTTATTTTAATTGCCGATGAATTTcttaccagcaaactg > 2:908104/1‑138 (MQ=255) cGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTg < 1:886747/151‑1 (MQ=255) gggCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACCCCCCT‑AAACG‑CC‑AACTTAAGGGGTGTGGGATTACGCCCGATATGATTTTACGTGCCGATGAATTACTCTCACGCTAAATgg > 1:578755/1‑149 (MQ=25) cAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCCC‑AAACG‑CC‑AACTTTAGGGGTGTGGGATTTTGCCCGATATGATTTAAAGTGCCGCTGAAATAATCTCACGATAAATGGTCAGc > 1:893874/1‑151 (MQ=255) ggCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCaa < 2:771742/151‑1 (MQ=255) ccTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAACG‑CT‑AAATTTAGGGGTGTGGGATTAAGCCCGATATGATTTTACGTGCCGGTGAATTAATCTCACCATAACTGGGCAGCAAtt > 1:173395/1‑151 (MQ=255) cTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCCT‑AAGCG‑CC‑AACTTAAGGGGTGTGGGATTACGCCTGATATGATTTTAAGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAAATGGTCAGCaaat > 1:882135/1‑148 (MQ=21) aaaaaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCT‑AAAAG‑CC‑AACTTAAAGGGTGTGGGATTTTGCCCGATTTGATTTTAAGTGCCGGTGAATTATTCTCACCATAAATTGTCAGCCATTTTTGccc > 2:358896/1‑151 (MQ=255) tAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCT‑AAACG‑GC‑AACTTAAGGGTTGTGGTGTTTTGCCTGGTTTGATTTTACGTGCCGGTGAATTAATCTCACCATAAATGGTCAGGAATTCTTGCCCCTAtt > 2:465186/1‑151 (MQ=255) gggTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCT‑AAACG‑CC‑AACTTTAAGGGTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAAGTGCCGATGAATTAATCTCACGATAACTTGGCAGCAATTCTTGCCCATAtt > 1:883846/1‑149 (MQ=18) gCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTaa < 1:920626/150‑1 (MQ=255) ttGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGAACTCCCAT‑AAACG‑CT‑AAATTAAGGGGTGTGGGATTACGCCCGATATGATTTAAAGTGCCGGTGAATTAATCTCAAGATAAATGGGCAGCAAATCTGGCCCCTATTTGTAAGacc > 1:606002/1‑151 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCT‑AAAAG‑CC‑AAATTAAGGGGTGTGGGGTTATGCCTGATATGTTTTAAAGTGCCGAGGAAATACTCTCACGACAACAGGTCAGCAATTCTGGCCCCTATTGGTAAGccc > 2:504434/1‑149 (MQ=255) 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aaaGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCa < 2:237405/150‑1 (MQ=39) aaGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACg < 2:179550/151‑1 (MQ=38) tGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTa > 2:85608/1‑150 (MQ=35) gggATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCg < 2:866597/151‑1 (MQ=33) aTCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCgggg > 2:123172/1‑151 (MQ=33) cTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGctct > 2:145919/1‑151 (MQ=11) cTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGctct > 1:621799/1‑151 (MQ=11) | ATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAT‑AAGCG‑CT‑AACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCT > NC_000913/15261‑15536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |