| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 52.6% | 67.1 / 97.7 | 57 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/8); new base C (0/30); total (19/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.77e-11 | |||||||||||
TTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATAT > NC_000913/1376358‑1376650 | ttACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACAccc > 2:875613/1‑151 (MQ=255) tACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACAccc > 2:96702/1‑150 (MQ=255) tACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCt > 1:863649/1‑151 (MQ=255) aCCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACAccc < 1:447695/149‑1 (MQ=255) aCCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCt < 2:893050/150‑1 (MQ=255) gccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTc < 2:660901/148‑1 (MQ=255) ccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCg < 1:711252/151‑1 (MQ=255) ccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCg < 1:48304/151‑1 (MQ=255) aTGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATg < 2:1076571/151‑1 (MQ=255) tGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCg < 1:525643/147‑1 (MQ=255) tGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCg > 2:525626/1‑147 (MQ=255) ccTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCccg < 1:665215/151‑1 (MQ=255) cTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCccgc > 2:379222/1‑151 (MQ=255) cTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCccgc > 2:388039/1‑151 (MQ=255) gccgcGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCccgccg > 2:646370/1‑150 (MQ=255) ggcgggCGACCAAAAAATGGGGGGTATTCCCCGGCGCTTCCGGAAACGGGCCGCCGCGCGTCCGGGAACC‑GTGGTGTATCTCGACCCTTTAACCCGCTATCAGAATCATATGACCACCCCCCCC‑GCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtc < 2:660128/144‑1 (MQ=255) ggACGGCGACCGAAAAAGGGGGAGTGTTCCCCTGCGCGTACTGGAACGGGTCGCCGCGCGTACCGGACCG‑GTGGTTTATCTCGACCCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCCC‑GCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtc < 1:217924/148‑1 (MQ=255) ggCGCCCGAAAAATGGTGAGTGTTCCCCGGCGCGTACGGAAACGGGTCCCCGCGCGTCCCGGACCG‑GTGTTTTATCTCGACCCGTAAACCCCCTAGCGGAATAATATAAAAACCCCCCCC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaaaa < 2:824177/149‑1 (MQ=255) ggCGACCGAAAAAGGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGGCGCCGCGCGTCCCGAACCC‑GTGGTGTATCTCGAACCTTTAACCCGCTATCGGAATCATATGAACAACCCCCGC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAAc < 1:222044/150‑1 (MQ=255) ggCGACCGAAAAAGGGTGAGTGATCCCCGGCGCGTACTGAAACAGGTCGCCGCGCGTCCGGGAACC‑GTGGTGTATCCCGACCCGTAAACCCGCTATAGGAATCATATGATCAACCCCCTC‑GCCGTTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACg < 1:780409/151‑1 (MQ=255) ggCGACCGAAAAAGGGGGAGTGATCCCCTGCGCGTACGGAAACAGGCCGCCGCGCGTCCCGGACCC‑GTGGTGTATCTCGACCCTTAAACCCGCTATCAGGATCATATGACCAACCCCCCC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaaaa < 1:271674/149‑1 (MQ=255) ccGAAAAATGGTGAGTGTTCCCCGGCGCTTATGGAAACGGGCCCCCGCGCGCCCCGAACCG‑GGGGTGTATCGCAACCCGTAAACCCGCTATCAGGATAAAATAACAACCCCCCCC‑GCCGTTCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAAc < 2:408973/145‑1 (MQ=255) aaaaTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAAc > 2:787874/1‑151 (MQ=255) agtgaTTCCCTGCGCGTACTGGAACAGTTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTAc > 2:875070/1‑148 (MQ=255) gaTCCCCTGCGCTTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCC‑GGGGTGTATCTCGAACCGTTAACCCGCTATCAGGATCATATAATAAACCCCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTa < 1:116566/151‑1 (MQ=255) tccccTGCGCTTTCTGGAACAGGTCGCCGCGCTTACGGGACCC‑GTGGTTTATCCCGAACCTTTAAACCGCTATAGGAAATATATAACCAACCCCCTC‑GCCGTTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAg < 1:172321/143‑1 (MQ=255) ccTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGc > 1:1079277/1‑151 (MQ=255) cgcgTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAtt > 1:869883/1‑151 (MQ=255) ggAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcac > 1:961249/1‑151 (MQ=255) aaCAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACAt > 1:785572/1‑151 (MQ=255) aCAGGTCGCCGCGCGTACCGAAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTAAAACCGCTATCAGAATCATATGACAAACCCCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcaca < 1:875636/149‑1 (MQ=255) cgccgcGCGTACCGAACCC‑GTGGTGTATCTCGACCCGTTAACCCGCTATCAGGATAATATAACCAACCCCCCC‑GCCGTTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAata < 2:1087831/149‑1 (MQ=255) cggcgcgTACCGGACCG‑GTGGTGTATCTCGACCCGTAAACCCGCTATCAGGATCATATGACAAACCCCCCC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg < 1:983465/148‑1 (MQ=255) ccgcGCGTACCGGACCC‑GTGTTGTATCTCGACCCGTTAACCCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATc < 1:654843/149‑1 (MQ=255) ccgcGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg > 1:608958/1‑150 (MQ=255) ccgcGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCCCGACCCGTTAGACCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCga < 1:418931/151‑1 (MQ=255) cgTACCGGACCC‑GTTTTGTATCTCGAACCGTTAACCCTCTATCAGGATAATTGTACCAACCCCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga < 1:874687/149‑1 (MQ=255) gcacggaaaCC‑GTGGTGTATCTCGAACCTTAAACCCTCTAGAAGAATCATATAATAAACCCCCTC‑CCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAagaaga < 2:873975/144‑1 (MQ=255) gTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 1:411408/1‑148 (MQ=255) cgtcccgAACCGGTGGTTTTTCCCGACCCTTAAAACCGCTATAAGAATTATATGACCAACCCCCTC‑CCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaagaa < 2:461891/144‑1 (MQ=255) aCCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGAt > 1:355742/1‑150 (MQ=255) cGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAAc > 1:1048924/1‑151 (MQ=255) ggAACC‑GTGGTGTATCTCGACCCTTTAACCCGCTATAAGGATCATATGATAACCCCCCCC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAAcc < 1:402923/151‑1 (MQ=255) ggAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTAAACCCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAAcc < 1:604673/151‑1 (MQ=255) cggtgttgTATCCCGAACCTTAAACCCGCTATAAGAATCATATGAACAACCCCCCC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgc < 1:1179403/149‑1 (MQ=255) ggggttTATCGCGAGCTGTTAACCCGTTATCAGGATAATATAACCAACCCCCCC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg < 2:833973/146‑1 (MQ=255) gtgtTTCTCGACCTGTAAACCAGCTATCAGAAAAATATGA‑CAACCCCCCCGGCTGATCACCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAgg < 2:341990/151‑1 (MQ=255) gaaTCTCAAACCGTTAACCCGCTATAAGAATCATAAGATCACCCCCCTC‑GCCTGTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgc < 1:947715/148‑1 (MQ=255) cGACCCGTAAACCCGCTATCAGAATCATATAAAAAACCCCCCC‑GCCTATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCAt < 2:731381/151‑1 (MQ=255) acccttaaaaCCGCTATAAGAATAATATAACCACCCCCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgcg < 2:726400/136‑1 (MQ=255) taaacccGTTATAAGGATCAATTGACCACCCCCCCC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAAc < 2:1179318/145‑1 (MQ=255) aacccGCTATCAGGATCATATAACCACCCCCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgc < 2:547905/148‑1 (MQ=255) aCCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgcg > 1:164801/1‑150 (MQ=255) ccGCTAGCAGGAACATATAATCAACCCCCTC‑GCGGGTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGAc < 1:191285/151‑1 (MQ=255) ataagtaTCAAATAATAAACCCCCCC‑CCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCt < 2:1028766/145‑1 (MQ=255) atGATCAACCCCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAt < 1:1086472/147‑1 (MQ=255) tCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCatat > 2:606533/1‑151 (MQ=255) | TTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAACCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTC‑GCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATAT > NC_000913/1376358‑1376650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |