| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,671,415 | 0 | C | T | 41.4% | 81.7 / 29.6 | 58 | K160K (AAG→AAA) | yhjB | putative DNA‑binding transcriptional response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/4); new base T (0/24); total (30/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCTGCTGGCTGTAAAATTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCC > NC_000913/3671266‑3671559 | tCCTGCTGGCTGTAAAATTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCt > 2:11029/1‑151 (MQ=255) gctggctgTAAAATTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTAt < 2:427808/150‑1 (MQ=255) gctggctgTAAAATTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTAt < 1:716989/150‑1 (MQ=255) tggctgTAAAATTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTg > 2:1086532/1‑151 (MQ=255) ggctgTAAAATTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTAttt < 1:388969/149‑1 (MQ=255) ggctgTAAAATTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTg > 1:1170268/1‑150 (MQ=255) gTAAAATTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTcg > 2:598947/1‑151 (MQ=255) aaaaTTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTcgcc > 1:754962/1‑151 (MQ=255) aaaaTTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTcgcc > 2:811624/1‑151 (MQ=255) tATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCccgccg > 2:982293/1‑151 (MQ=255) tCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCt > 2:269701/1‑151 (MQ=255) ccTCTTCAGGAGGGGATGTTTAACATCCTTGCGGCCTGGGAGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑GGCGCTCTGCCGCGCTCCTTACTTGATTcgccc > 2:700224/1‑144 (MQ=255) ctctTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTa > 2:138359/1‑150 (MQ=255) ctTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAAc > 1:334757/1‑150 (MQ=255) gaagatatatTTAACATCTTTGCCGCTTGGTGGTTTTTTTTCACTCCCAGACGGCGAAACAGGGCTT‑CAAGATGCTTTTTTCCTGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCTTTTTTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGtt < 2:34218/144‑1 (MQ=255) tatTTACCATCTTTGCCGCCTGGGTGCGTTTTTTCCCTCCCAGACGGCGATACGGGGATT‑CCAGATGCGTTTTTCCCTTCCGGG‑TACTGATATTC‑GTCGCTCTGCCGATCTCTTTATTTTTTTCGCCCGCCGCTAACATGGTTaaaa < 1:1071701/147‑1 (MQ=255) catcatTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTgg > 2:502074/1‑151 (MQ=255) ttGCCCCCTGGGTGCTTTTTTCCACTCCCAGAGGGCGATACGGGGATC‑CCAGATGCGTTTTTCCCTTCCCGG‑TACTGATATAC‑AGCGCTCTCCCGATCTCTTTTTTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTggcgg < 1:141149/149‑1 (MQ=255) 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aCTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCttt > 2:173016/1‑149 (MQ=255) aCTTCCAGACGGAGAAAGGGGGATT‑CAAGATGCCTTTTTCCCGTTCGGG‑TACTGATATAC‑AGCGTTTTGCGGATCTTTTTATTTGATCCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCttt < 1:168154/149‑1 (MQ=255) cccAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGTTTTTCCCGTCCCGG‑TATTGATATTC‑GGCCCTCTCCCGATCTCTTTTTTTTATCCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAAt < 1:834327/148‑1 (MQ=255) cAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTcc > 2:587730/1‑151 (MQ=255) aGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCt > 2:95991/1‑151 (MQ=255) 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tACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTCATGTCCTTTTCCGGCGCCGTCCGCCAGTCTCCAGGc > 2:677340/1‑148 (MQ=255) ccttccggg‑TATTAATATCC‑GGCGCTCTCCCTTTCTCTTTATTTGATCCCCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAg < 1:581350/141‑1 (MQ=255) cGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAAc > 2:250778/1‑151 (MQ=255) tACTAATATCC‑AGCCTTGGGCCGTTCTCCTTTTTTGCTCCTCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAAca < 1:475270/144‑1 (MQ=255) tatTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATcgc > 1:671783/1‑151 (MQ=255) gcTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTAt > 1:198911/1‑151 (MQ=255) tGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTAc > 2:1171021/1‑151 (MQ=255) gCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTAcc > 1:15955/1‑151 (MQ=255) aTCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGcc > 1:24326/1‑150 (MQ=255) aTCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGcc > 1:727481/1‑150 (MQ=255) | TCCTGCTGGCTGTAAAATTATCCTCTTCAGGAGGAGATATTTAACATCATTGCCGCCTGGGTGCGATTTTTCACTTCCAGACGGCGATACAGGGATT‑CCAGATGCGCTTTTACCGTTCCGG‑TACTGATATTC‑AGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCC > NC_000913/3671266‑3671559 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |