Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,481,804 | 0 | G | A | 41.4% | 88.0 / 24.1 | 58 | P125S (CCA→TCA) | emrY | putative multidrug efflux system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/6); new base A (0/24); total (28/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTG > NC_000913/2481656‑2481947 | atCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGa > 2:734233/1‑150 (MQ=255) ccccAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACg < 2:972307/151‑1 (MQ=255) ccccAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACg > 1:735250/1‑151 (MQ=255) cccAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACgg < 1:465251/151‑1 (MQ=255) tAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGc > 2:624646/1‑151 (MQ=255) aaaGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGc < 2:45405/150‑1 (MQ=255) aaaTATACCCCCCAAATACCGCCCAAAATAGGGGAGAGATAACCACGTTCATTGACCATAAGGCCAGAGAAATTTTTTTTTTTTCGGGC‑GGATAA‑TCCTT‑AAAAAAAAACCCCGGTGAAGGGGAAATAAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTg < 1:172247/151‑1 (MQ=255) atatACCCCCCCAATACCGCCCCACATATGGGAGCGATAATCACGGTCTTTGACCATAATGCAAGAGAAAATGTTTTTTTTTCGGGC‑GAATATTTCTTA‑AAAAATAAC‑CTCGGTGACAGTGAAATTAACGC‑CCCCGCCATTAACCCCTGaa < 2:7620/151‑1 (MQ=255) cccccaaaTACCGCCCCAAATATCGGGGCGATAATCCCGGTCATTGACCATAATGCCAGAGAAATTTTTTTTTTTTCGGGC‑GGATATTTCTTT‑AAAAATAAA‑CTCTGTGACAGTGAAATTACCGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGAct < 1:807434/144‑1 (MQ=255) cGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGActct > 2:574912/1‑151 (MQ=255) aaTATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTaaaa > 2:302405/1‑150 (MQ=255) atatCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTaaaaa > 1:62577/1‑150 (MQ=255) ccaacaTAGGGGAGCGATAATCCCGGTCATTGACCATAATGCCAGAGAAAATTTTTTTTTTCCGGGC‑GGATAATCCCTA‑AAAAAAAAC‑CTCTGTGACAGTGAAATAACCGC‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAata < 2:289205/143‑1 (MQ=255) caacaTATAGGAGCGATAATCACGTCCATTACCCATAAGCCCAGAGAACTTGTT‑TTTTTTCCGGCAGGAT‑ATTCCTTAAAAAAAAAA‑CTCTGGCCAAGAGAAATTACGGC‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGca < 1:369629/149‑1 (MQ=255) atCGGAGCGATAATCACGGTCATTGCCCATAATGCAAGAGAAAATTTTTTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AAAAAAAAC‑CTCTGTGACAGTGAAATTAACGC‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCa < 2:156697/150‑1 (MQ=255) cGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCa > 2:283315/1‑148 (MQ=255) gCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTgg > 1:990854/1‑151 (MQ=255) aaccccGGTCATTGACAATAATGCAAGAGAAATTTTTTTTTTTTCGGGG‑GGATAATTCCTA‑AAAAAAAAA‑CTCTGTGACAGGGAAATAAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCg < 2:1018114/144‑1 (MQ=255) aaTCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGAt > 1:536907/1‑151 (MQ=255) accACGGTCATTAACAATAATGCAAGAGAAATTTTTTTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAAAAAA‑CTCTGTGAAAGTGAAATAACCGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTc < 1:906936/145‑1 (MQ=255) aCGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGc > 1:611601/1‑151 (MQ=255) gttCATTAACCATAATCCCAGAGAAATTTTTTTTTTTTCGGGG‑GGTTATTCCTTT‑AAAAAAAAC‑CTTTGGAAAGGTGGAATAAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCt < 2:673893/148‑1 (MQ=255) gTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTa > 2:84524/1‑150 (MQ=255) aTTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTTTTTTTTCGGGC‑GAATAATTCCTT‑AAAAAAAAA‑CTCTGTGACAGGGAAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTaca < 2:663667/149‑1 (MQ=255) aTAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATg > 2:596508/1‑150 (MQ=255) aTAATGCAAGAGAAAATGTTTTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCTTA‑AAAAATAAC‑CTCTGTGACAGTGAAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATg < 2:1250/150‑1 (MQ=255) aaTGCCAGAGAAATTTTTTTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAAAAAA‑CTTTGTGACAGGGAAATAAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACAtt < 2:297244/144‑1 (MQ=255) aTGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAGCGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGa > 2:254774/1‑148 (MQ=255) tGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGAc > 2:778544/1‑151 (MQ=255) aaaaattttttttttttTGGGC‑GAATAATTCTTA‑AAAAAAAAC‑CTCTGTGACAGTGAAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCg < 2:708377/138‑1 (MQ=255) aaaaaaTTTTTTTTTTTCTGGC‑GTATAATTCCTA‑AAAAAAAAC‑CTCTTTGACAGTAAATTTAACGC‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaa < 1:925080/148‑1 (MQ=255) aaaTGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaa > 2:826763/1‑150 (MQ=255) tGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaaa > 2:118497/1‑150 (MQ=255) ttttttGGGGC‑GAATATTTCCTA‑AAAAAAAAC‑CTCTGTAAAAGTAAAATTACCGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGa < 1:877448/150‑1 (MQ=255) ttttttCTGGC‑GAATAATTCCTA‑AAAAATAAC‑CTCTGGGACAGAGAAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGa < 1:619410/150‑1 (MQ=255) ttttttCTGGC‑GAATAATTCCTA‑AAAAAAAAA‑CTTTGTAACAGGGAAATAAACGC‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTg < 1:13274/149‑1 (MQ=255) tttttCGGGG‑GAATAA‑TCCTT‑AAAAAAAAACCTCGGTGACAG‑GGAAATAACGGCCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGAc < 1:579260/150‑1 (MQ=255) tttttCGGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAC‑CTCTGTGACAGTGAAATAAACGC‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGAc < 2:359807/150‑1 (MQ=255) tCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGaa > 1:687461/1‑150 (MQ=255) tCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGaa > 2:966653/1‑150 (MQ=255) ggC‑GGATAATTCCTA‑AAAAAAAAA‑CTATGTGAAAGTGAAATAACCGC‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAg < 1:236830/149‑1 (MQ=255) c‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTaa > 2:695519/1‑150 (MQ=255) aaTTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAaata > 2:450039/1‑150 (MQ=255) aTTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAaataat > 2:544267/1‑151 (MQ=255) ttCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATc > 2:541030/1‑151 (MQ=255) ccTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCtt > 1:408265/1‑151 (MQ=255) cTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCCAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCtt > 1:802333/1‑150 (MQ=255) tt‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTa > 2:520929/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaaa‑CTCTGGAAAAGTGAAATTACCGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAaata < 1:345368/136‑1 (MQ=255) aaaaaaaa‑CTCTGTGACAGTAAAATAAGCGC‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAaataa < 1:874543/137‑1 (MQ=255) aaa‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCt > 2:927934/1‑150 (MQ=255) gtgACAGTGAAATAAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTc < 2:216199/147‑1 (MQ=255) gtgACAGTGAAATAAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTtg < 2:907632/151‑1 (MQ=255) gagACAGTGAAATAACCGC‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTAtt < 1:734216/144‑1 (MQ=255) gACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTtgtg > 2:79365/1‑151 (MQ=255) gACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTtgtg > 2:320762/1‑151 (MQ=255) cactgTGGAATTACCGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTtgtg < 2:811574/147‑1 (MQ=255) aGTGAAATTAAGGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCttt < 2:485241/145‑1 (MQ=255) | ATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGC‑GGATAATTCCTT‑AATAATAAA‑CTCTGTGACAGTGGAATTAACGG‑CCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTG > NC_000913/2481656‑2481947 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |