| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,350,853 | 0 | A | C | 45.3% | 81.9 / 13.9 | 54 | S725A (TCA→GCA) | arcB | aerobic respiration control sensor histidine protein kinase, cognate to two‑component response regulators ArcA and RssB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/3); new base C (0/24); total (26/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGTTC > NC_000913/3350705‑3351003 | tttGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GAcc > 1:189465/1‑151 (MQ=255) cccccGTTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACTTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCccgccg < 1:916443/150‑1 (MQ=255) cacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCAc < 2:868613/151‑1 (MQ=255) tttCAGCCTTTCTACTTCGTGCCGCCACTCTTCTTTCACCCCTCCAACCAATCCACCGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGATTTTGCTGCCCCAGCTTTTGCAGATGGCTTAC‑CCCCACT‑GCCCCCGCCGCACCt < 1:42609/148‑1 (MQ=255) cACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAAtttt > 1:169503/1‑150 (MQ=255) aCTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt > 1:50445/1‑151 (MQ=255) cTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATg > 2:951689/1‑151 (MQ=255) ttCTCCGTCGTGCCGCCCCTCTTCTTTCATCTCTACAACCCATCCACCGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt < 2:422777/149‑1 (MQ=255) cgtcgtGCCGCCCCTCTTTTTTCATCTCTCCAACCCATCCACCGACTTTTTCTCCCCAGCCCGGAA‑GGTCAGGAGACTAATTTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCTTAC‑CCCCACT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcctt < 2:127801/150‑1 (MQ=255) cgtGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTc > 2:620364/1‑151 (MQ=255) gtGACCCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAC‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTc < 2:76622/150‑1 (MQ=255) cccccctctTCTTTCATCCCTTAAACCCATCCCCCGACTTTTTCTCCCCAGGCCGGAA‑GGTCGGGAACCTGAATTTGCTCACCCAGTTTTTGCAGAGGGCTTAC‑CCCCCCT‑CCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaaca < 1:90701/145‑1 (MQ=255) cGCCCCTCTTCTTTCATCTCTCCAACCCATCCCCCGCCGTTATCTCCCCAGCCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTCCTGCCCCAGTTGTTGAAGATGGCTTAC‑CCCCACG‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcct < 2:632314/145‑1 (MQ=255) cccctctTTTTTCATCTCTTCAACCCATTCCCCGACGTTATCTCCCCAGCCCGAAA‑GGTCAGGAGACTGATTTTGCTGCCCCAGTTGTTGCAGATGGCGTAC‑CCCCCCT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaaca < 2:184148/145‑1 (MQ=255) cACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACTCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGc > 1:933573/1‑151 (MQ=255) aCTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGcc > 2:1028597/1‑151 (MQ=255) ttcttTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttt > 1:343100/1‑151 (MQ=255) cttTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttttt > 1:589273/1‑151 (MQ=255) tttCTTCTCTAAAACCCATTCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCCGAAA‑GGTCAGGAGCCTGATTTTCCTGCCCCATTTTTTGCAGGTGCCATAC‑CCCCCTT‑CCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttttt < 1:34310/149‑1 (MQ=255) ttccacctctCCAATCCATCCCCCGTCGTTTTCTCCCCAGGCCGGAG‑GGTCGGGAGACTAAATTTGCTCCCCCAGCTTTTGCAGATGGCGTAC‑CCCCCCT‑GGCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttttt < 1:309471/144‑1 (MQ=255) ttCATCTCTCCAACCCATCCCCCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAG‑GGTCAGGAGACTGATTTTGCTGCCCCATTTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttttt < 1:910047/148‑1 (MQ=255) aTCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCt > 2:435/1‑151 (MQ=255) ctctTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTgc > 1:254238/1‑151 (MQ=255) tccAACCCATTCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCGGGAA‑GGCCGGGAGACTAATTTTGCTGCCCCATTTTTTGCAGATGGCTTAC‑CCCCACT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTgc < 2:192250/146‑1 (MQ=255) cccttcccccGTCGTTATCTCCCCAGCCCGGAG‑GGCCAGGAGACGGATTTTGCGGCCCCAGTTGTTGAAGATGGCGAAC‑CCCCACT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCa < 1:882442/142‑1 (MQ=255) ccATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTc > 2:379301/1‑148 (MQ=255) aTTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGAtt > 1:446783/1‑151 (MQ=255) tCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCg > 1:782046/1‑151 (MQ=255) ccccGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAC‑CCCCACT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCg < 2:203054/148‑1 (MQ=255) ccccGACGTTATCTCCCCAGGCCGGAA‑GGTCGGGAGACTGATTTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGAGGGCGAAA‑CCCCACG‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCg < 2:589897/148‑1 (MQ=255) cACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCg > 1:570026/1‑150 (MQ=255) cACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCg > 2:319028/1‑150 (MQ=255) cccGACTTTCTCTCCCCA‑GCCGGAAGGGTCGGGAGACGAATTTTGCGCCCCCGGTTGTTGCAGA‑GGCCTAACCCCCCCT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGAt < 1:982174/145‑1 (MQ=255) ccGACGTTATCTCCCCAGGCGGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGTTTTTGCAGATGGCGTAC‑CCCCCCT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACt < 2:199181/151‑1 (MQ=255) gTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGc > 2:650930/1‑151 (MQ=255) tCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTg > 2:1013841/1‑150 (MQ=255) cccAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGAc > 2:500394/1‑151 (MQ=255) gagaCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCAtctt > 1:178557/1‑151 (MQ=255) gaCTGATTTCGCGGCCCCAGCTGTTCCAGAGGGCTTAA‑CCCCCCT‑GCCCCCGCCGCTCCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCAtcttc < 2:859447/150‑1 (MQ=255) aaTTTGCTGCCCCAGCTTTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑CCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAac < 2:237677/151‑1 (MQ=255) tttGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAC‑CCCCACT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAaca < 2:159911/150‑1 (MQ=255) gCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGc > 1:843364/1‑151 (MQ=255) tGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCt > 1:88565/1‑150 (MQ=255) aGCTGTTCCGGGGGGCGAAC‑CCCCACT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGt < 1:577446/151‑1 (MQ=255) ttGCAGGTGGC‑AAA‑CCCCCCTGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCgg < 1:929739/149‑1 (MQ=255) ttGCAGATGGCATAC‑CCCCCCT‑CCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGt < 1:411447/150‑1 (MQ=255) aGATGGCTAAC‑CCCCCCT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGa < 1:1028576/148‑1 (MQ=255) cGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCg > 1:66581/1‑151 (MQ=255) gTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCgg > 2:212595/1‑151 (MQ=255) cttacccccACT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCtt < 2:696320/144‑1 (MQ=255) ccccccT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCt < 1:275122/151‑1 (MQ=255) ccACT‑GCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTAc < 2:797817/151‑1 (MQ=255) t‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGt > 1:569984/1‑151 (MQ=255) t‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGt > 1:167332/1‑151 (MQ=255) aCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGTTc > 2:514347/1‑151 (MQ=255) | TTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAA‑GGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCCACT‑GACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGTTC > NC_000913/3350705‑3351003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |