| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 41.8% | 137.2 / 40.5 | 79 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 family putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/7); new base T (0/33); total (39/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGTAGCCA > NC_000913/4111598‑4111893 | aaaGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACgtttgt < 2:576565/151‑1 (MQ=255)aaaGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACgtttgt > 2:695189/1‑151 (MQ=255)aaaGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACgtttgt > 1:246356/1‑151 (MQ=255) 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tttgctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACGTTTGTTTTT‑cc > 2:448371/1‑151 (MQ=255) ctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCccgc > 1:28794/1‑151 (MQ=255) ttttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCccgcc < 1:613067/150‑1 (MQ=255) tttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCccgccg < 2:50320/150‑1 (MQ=255) tttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGt > 2:451276/1‑151 (MQ=255) aTTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTtagt > 1:799634/1‑149 (MQ=255) tATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGATAGTAGCg > 1:619052/1‑150 (MQ=255) aaccctgaaagataTTCAAATAGCCCCAGTTTAATCGTTAAAACACAAACGGCCACCCCTTTTC‑CGCC‑TTGCC‑CCCCGACAACATACCGCAGTCCACTTCCTGCCTGG‑GTGTAATACCTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTg < 1:391078/136‑1 (MQ=255) ccTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGTTTAATCGTTTCAACAGCGAAGGTCACCCCCTTTC‑CGCC‑GTTGT‑CCGCAAAAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt < 2:200254/151‑1 (MQ=255) ccTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 2:157816/1‑151 (MQ=255) 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tttgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGTAGCCa < 2:567720/150‑1 (MQ=255) | AAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGT‑CCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCG‑GTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGTAGCCA > NC_000913/4111598‑4111893 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |