| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 46,153 | T→G | I116S (ATC→AGC) | yaaU → | putative MFS sugar transporter; membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 46,153 | 0 | T | G | 98.2% | 197.8 / NA | 56 | I116S (ATC→AGC) | yaaU | putative MFS sugar transporter; membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (30/25); total (31/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CGTTGGCACATCGCTGTTTGGTTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTACTGG > NC_000913/46007‑46298 | cGTTGGCACATCGCTGTTTGGTTATATTGCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGACCTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCgg < 1:153892/150‑1 (MQ=255) ggCACATCGCTGTTTGGTTATATTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGCTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCCTTg > 1:781739/1‑151 (MQ=255) cacaTCGCTGTTTGGTTATATTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTc > 1:418424/1‑151 (MQ=255) acaTCGCTGTTTGGTTATATTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCa < 1:421369/151‑1 (MQ=255) caTCGCTGTTTGGTTATATTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCAt > 2:66818/1‑151 (MQ=255) caTCGCTGTTTGGTTATATTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCAt > 2:678812/1‑151 (MQ=255) aTCGCTGTTTGGTTATATTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATc < 1:14834/151‑1 (MQ=255) aTCGCTGTTTGGTTATATTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATc < 1:330338/151‑1 (MQ=255) tGTTTCGTTATATTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGCGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGt > 1:500566/1‑149 (MQ=255) ggTTATATTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGAt < 1:245520/150‑1 (MQ=255) ttATATTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTAt > 1:644213/1‑151 (MQ=255) tataTTTCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTAt < 2:820082/150‑1 (MQ=255) tttCCGCGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGCGGCGACGAAGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGCCATCGGTGCAGATTATCCCAt > 1:289619/1‑151 (MQ=255) tttCCGAGAAAGTCTGACGGCGCAAAATGCTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATCTCGGGGGCAACGCTGTTTGTTTCATCCCCCGCCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCCTTTTCCTCGGTGCAGATTATCCCAt > 1:375122/1‑151 (MQ=255) tCCGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATc < 1:616306/150‑1 (MQ=255) ccGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGc < 2:331295/151‑1 (MQ=255) cGAGAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCAATGATATCATCTCCATCGGCGTGGGGTCGGTGGCGACGGTGTTTGTTTCATCCCCCCTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTCACTTCT‑GGCAGTATCACTGGTGCAGATTATccttcct > 1:772189/1‑144 (MQ=255) aaaGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCt < 1:291309/151‑1 (MQ=255) aGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCa < 1:326840/151‑1 (MQ=255) gTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCCTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTc > 1:154584/1‑149 (MQ=255) ggACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGa < 1:668329/151‑1 (MQ=255) cGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCa < 2:787566/151‑1 (MQ=255) gcAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCg > 1:23048/1‑150 (MQ=255) cAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCg > 2:599497/1‑149 (MQ=255) aaTGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGtt > 1:686977/1‑150 (MQ=255) aTGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTtct > 1:512978/1‑151 (MQ=255) ttCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTcc > 1:520790/1‑150 (MQ=255) ttCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTcc > 1:421050/1‑150 (MQ=255) tCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTcc > 1:643170/1‑149 (MQ=255) ccTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAg < 1:868444/150‑1 (MQ=255) cTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGt > 2:874323/1‑150 (MQ=255) cATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTAcc > 1:656144/1‑151 (MQ=255) cGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGc < 2:901608/150‑1 (MQ=255) cGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCg < 1:825593/151‑1 (MQ=255) gCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGt > 2:848309/1‑151 (MQ=255) ggCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTcc > 2:581761/1‑150 (MQ=255) gATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGc > 2:636907/1‑151 (MQ=255) ggTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTAtt < 1:488188/151‑1 (MQ=255) ggTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTAtt < 2:341731/151‑1 (MQ=255) ggCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCGCCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGc < 1:722045/150‑1 (MQ=255) gCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCcg < 1:339492/151‑1 (MQ=255) gacgaTGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCcgcg < 1:386059/151‑1 (MQ=255) gacgaTGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCcgcg > 2:191095/1‑151 (MQ=255) cgaTGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGAt > 2:655026/1‑151 (MQ=255) gaTGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGAtg > 2:777162/1‑151 (MQ=255) ttgtttCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGt > 2:643983/1‑150 (MQ=255) gtttCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATg > 2:48668/1‑151 (MQ=255) tttCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGt > 2:712094/1‑151 (MQ=255) cccccGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGgcg < 2:758431/150‑1 (MQ=255) aCTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGcc > 1:547448/1‑151 (MQ=255) aCTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGcc < 2:156167/151‑1 (MQ=255) gTTGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGa < 2:403716/150‑1 (MQ=255) ttGGTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATc > 1:100389/1‑151 (MQ=255) gTGATGCGGGT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTgg < 2:188075/151‑1 (MQ=255) ggT‑ACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTAc > 1:579516/1‑151 (MQ=255) aCTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTACTgg < 2:368416/151‑1 (MQ=255) | CGTTGGCACATCGCTGTTTGGTTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGT‑ACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTACTGG > NC_000913/46007‑46298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |