| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,196,616 | A→C | intergenic (+243/+251) | icd → / ← ymfD | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase/e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,616 | 0 | A | C | 96.6% | 206.3 / ‑0.7 | 59 | intergenic (+243/+251) | icd/ymfD | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase/e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (29/28); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
ATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCAAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACAGCCAACAGGCATTGGGTGCAATCACC > NC_000913/1196469‑1196763 | aTCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCcaa < 1:796464/150‑1 (MQ=255) tCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAagt > 2:50756/1‑151 (MQ=255) cAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCAAagt < 2:298704/150‑1 (MQ=255) aCCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAagttagtt < 1:430887/151‑1 (MQ=255) gTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTc < 1:733373/151‑1 (MQ=255) tttGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTg < 1:351722/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGa < 1:885949/151‑1 (MQ=255) aGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGa < 1:682728/151‑1 (MQ=255) ggCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGAc < 1:753564/151‑1 (MQ=255) ggCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGAc > 1:793694/1‑151 (MQ=255) gCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACa < 2:390117/151‑1 (MQ=255) ggCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAAtt > 1:398578/1‑151 (MQ=255) ggCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCAAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAAtt > 2:843094/1‑151 (MQ=255) gCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTa < 2:661202/151‑1 (MQ=255) cGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATg > 1:190671/1‑151 (MQ=255) ggTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATg > 2:825668/1‑150 (MQ=255) cAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAAt < 2:27094/150‑1 (MQ=255) gtggtAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTAcc > 2:888227/1‑151 (MQ=255) ttCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCtt > 2:497310/1‑151 (MQ=255) actaGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACAccc < 2:70674/150‑1 (MQ=255) aGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTc > 2:71879/1‑151 (MQ=255) tctcCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCa > 1:172882/1‑150 (MQ=255) tcCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAat > 1:676561/1‑151 (MQ=255) cacaTAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATAtt < 1:478563/151‑1 (MQ=255) attgcttttCCTTAGCTTTTTATTATTGCTTTCTTCCGCTCTTTTATCTTTTTTTTCTTCATTGATTGAGACATCCCCCATGTTATTTATGTATTCACTCTTATTACTTCTCTTATTCATTCCCACTCCTTCCTCCCCCTCACatct < 2:72162/140‑3 (MQ=255) aTAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGtt > 1:894022/1‑151 (MQ=255) aTAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGtt < 2:647674/151‑1 (MQ=255) aGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTaa < 1:710538/151‑1 (MQ=255) aGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTa < 1:447849/150‑1 (MQ=255) atTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTg < 2:697557/151‑1 (MQ=255) tCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGcc > 2:248337/1‑151 (MQ=255) ccTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCg > 2:746329/1‑151 (MQ=255) gCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGtttt > 1:685703/1‑151 (MQ=255) cTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTg > 1:427249/1‑151 (MQ=255) tttttATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGttt < 1:616392/148‑1 (MQ=255) tttttATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGt > 1:88249/1‑151 (MQ=255) tttttATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGt > 1:310502/1‑151 (MQ=255) ttttATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTg < 2:168529/149‑1 (MQ=255) ttttATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGt < 2:565902/150‑1 (MQ=255) attattGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCaa < 1:735559/151‑1 (MQ=255) ttattGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAac > 1:866511/1‑151 (MQ=255) ttattGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAac > 1:116140/1‑151 (MQ=255) ttGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAactac > 1:295292/1‑151 (MQ=255) ttGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAactac > 1:714125/1‑151 (MQ=255) tGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAactac < 2:467729/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAactact < 1:578440/150‑1 (MQ=255) ggCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCa < 2:271694/149‑1 (MQ=255) ggCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCAcc > 2:617077/1‑151 (MQ=255) ggCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCAc < 2:650290/150‑1 (MQ=255) cGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCg > 2:700053/1‑151 (MQ=255) atatTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAggg > 1:734586/1‑151 (MQ=255) tttAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGAc > 2:825099/1‑151 (MQ=255) tAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACa < 1:634031/150‑1 (MQ=255) aaGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACAGc < 2:137957/151‑1 (MQ=255) tCATTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACAGCCAACAgg > 2:762996/1‑151 (MQ=255) aTTGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACAGCCAACAGGc > 1:259512/1‑150 (MQ=255) tGATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACAGCCAACAGGCAtt > 1:834529/1‑151 (MQ=255) gATTAAGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACAGCCAACAGGCATTg < 1:767900/151‑1 (MQ=255) aaGACATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACAGCCAACAGGCATTGGGt < 1:712270/150‑1 (MQ=255) cATCCCCCAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACAGCCAACAGGCATTGGGTGCAAt > 1:919232/1‑151 (MQ=255) ccccAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACAGCCAACAGGCATTGGGTGCAATCAcc > 1:217293/1‑151 (MQ=255) | ATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTAAGGTCTTCATTGATTAAGACATCCCCAAAGTTAGTTATGTATTCACTGTTATTAGGACAATTATGAATTACCACTCCTTACACCCGCTCAAATATTGTTAAATTGCCGGTTTTGTATCAACTACTCACCCGGGACTCGCCAGGGGACAGCCAACAGGCATTGGGTGCAATCACC > NC_000913/1196469‑1196763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |