Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,468,693 | T→G | T387T (ACA→ACC) | chiA ← | periplasmic endochitinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,468,693 | 0 | T | G | 98.3% | 212.3 / ‑4.6 | 60 | T387T (ACA→ACC) | chiA | periplasmic endochitinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (30/29); total (31/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
GTTTTATAATGTGCATCGTTATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCAC > NC_000913/3468547‑3468837 | gTTTTATAATGTGCATCGTTATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTAc < 2:94292/151‑1 (MQ=255) gTTTTATAATGTGCATCGTTATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTAc > 1:436184/1‑151 (MQ=255) aaTGTGCATCGTTATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCgag < 1:242670/151‑1 (MQ=255) aTGTGCATCGTTATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCgaga < 2:79238/151‑1 (MQ=255) tgtgCATCGTTATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGAc > 1:522787/1‑151 (MQ=255) aTCGTTATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCAt > 1:36266/1‑151 (MQ=255) cGTTATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATgg > 2:639432/1‑151 (MQ=255) cGTTATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATg < 1:833454/150‑1 (MQ=255) taATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTAt > 2:735146/1‑151 (MQ=255) tCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTgg > 1:522916/1‑151 (MQ=255) aTGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGtttt > 2:725171/1‑151 (MQ=255) cTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCt < 2:161823/121‑1 (MQ=255) cTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCt > 1:161823/1‑121 (MQ=255) tGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCa > 2:609722/1‑149 (MQ=255) tGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAgc > 1:503802/1‑151 (MQ=255) tGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAgc > 1:729541/1‑151 (MQ=255) cgcgCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTg < 1:407802/151‑1 (MQ=255) gcTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACACTGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGt > 2:848865/1‑150 (MQ=255) gTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTAcc < 2:539467/150‑1 (MQ=255) aCGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCg < 1:39822/151‑1 (MQ=255) cTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAAt > 1:750033/1‑151 (MQ=255) tGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAAt > 1:837038/1‑150 (MQ=255) tGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATc > 2:631262/1‑151 (MQ=255) tGGCATGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGCTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGCGGGCAATc > 2:801407/1‑151 (MQ=255) ggCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATc < 1:796653/150‑1 (MQ=255) ggCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCt < 2:256611/151‑1 (MQ=255) acTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCttt < 1:613555/150‑1 (MQ=255) gAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTGCGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTTCCCCGTGGGCAATCTTTAg < 2:504790/149‑1 (MQ=255) aaaCCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGacc > 1:733626/1‑151 (MQ=255) aaCCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGaccc < 2:608939/151‑1 (MQ=255) cATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGacccaac < 1:782733/151‑1 (MQ=255) gCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACccacc < 2:745814/151‑1 (MQ=255) caaTGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGc < 1:124422/151‑1 (MQ=255) caaTGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGCTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGc > 2:528760/1‑151 (MQ=255) gACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGTCTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGtt < 1:795557/150‑1 (MQ=255) gACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTc < 1:251198/151‑1 (MQ=255) aCGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCt > 1:716694/1‑151 (MQ=255) cgccgTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGt > 1:176291/1‑150 (MQ=255) gccgTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCCGGCGTTCTTGTa > 1:521390/1‑150 (MQ=255) tATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACAt < 2:714310/150‑1 (MQ=255) aTCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACAtt < 2:226856/150‑1 (MQ=255) aTCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTa < 1:387724/151‑1 (MQ=255) tCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTAc > 1:116933/1‑151 (MQ=255) caGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCTGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGaaaa < 1:888299/151‑1 (MQ=255) gTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATaa < 2:697827/151‑1 (MQ=255) tACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAAt > 1:288258/1‑151 (MQ=255) aCCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAAtt > 1:715942/1‑151 (MQ=255) aCCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGAAGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTGCCATTGAAAATAGCATGGTAAAt < 2:810747/150‑1 (MQ=255) ccGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAAttt > 1:45890/1‑151 (MQ=255) ccGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAAttt < 2:433727/151‑1 (MQ=255) ccGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAAtt < 1:633661/150‑1 (MQ=255) gTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAAttt > 1:434410/1‑149 (MQ=255) tACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGc > 1:916175/1‑151 (MQ=255) gACTCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTAcc < 2:369127/151‑1 (MQ=255) tCAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTc > 1:854208/1‑151 (MQ=255) cAATTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTcc > 1:770545/1‑151 (MQ=255) aTTCCGCAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTg > 2:123907/1‑151 (MQ=255) cAGCGGTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCt < 1:460782/151‑1 (MQ=255) ggTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCAc < 2:593736/151‑1 (MQ=255) ggTAGCGGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCAc > 1:249546/1‑151 (MQ=255) | GTTTTATAATGTGCATCGTTATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCAC > NC_000913/3468547‑3468837 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |