| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 901,646 | A→C | F202C (TTT→TGT) | artQ ← | arginine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 901,646 | 0 | A | C | 98.4% | 229.2 / NA | 61 | F202C (TTT→TGT) | artQ | arginine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (31/29); total (32/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AGCCCTTTCATCAGTTCGGGTAAATACTCAAACATTAGCTGGGCCTCCGCTCAAAACGTGTCGCGCGCAGGTCAATGCGTTTGAGAATGTACTGACTGAGCAGGGTGATCACCAGGTAAATCGCCGCCGCCACAATGTACCAGGTAAATGGTTCCTGGGTACGAGTAGCGATGCTTTTTGTTTGCAGCATTAAATCATTCACACTAATCAAACTGACCAGCGCGGTATCTTTCAGCAGCACCAGCCACTGGTTACCGAGGCCAGGCAGCGCATGACGCCACATCTGCGGCAT > NC_000913/901500‑901791 | aGCCCTTTCATCAGTGCGGGTAAATCCTCAAACATTAGCTGGGCCTCCGCTCAAAACGTGTCGCGGGCAGGTCAATGCGTTTGAGAGTGTACAGACTGAGCGGGGTGATCACCAGGTAAATCGCCGCCGCCACAATGTACCAGGTACATg < 2:205371/150‑1 (MQ=255)aGCCCTTCCATCAGTTCGGGTAAATTCTCAAACATTAGCTGGGCCTCCGCTCAAAACGTGTCGCGCGCAGGTCAATGCTTTTGAGAATGTACTGACTGAGCAGGGTGATCACCAGGTAAATCGCCGCCGCCACAATGTACCAGGTACATg < 2:427852/150‑1 (MQ=255) cccTTTCATCAGTTCGGGTAAATACTCAAACATTAGCTGGGCCTCCGCTCAAAACGTGTCGCGCGCAGGTCAATGCGTTTGAGAATGTACTGACTGAGCAGGGTGATCCCCAGGTAAATCGCCGCCGCCACAATGTACCAGGTACATGGtt < 2:277855/151‑1 (MQ=255) 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gTACCAGGTACATGGTTCCTGGGTACGAGTAGCGATGCTTTTTGTTTGCAGCATTAAATCATTCACACTAATCAAACTGACCAGCGCGGTATCTTTCAGCAGCACCAGCCACTGGTTACCGAGGCCAGGCAGCGCATGACGCCACATCTg > 2:262259/1‑150 (MQ=255) ccAGGTACATGGTTCCTGGGTACGAGTAGCGATGCTTTTTGTTTGCAGCATTAAATCATTCACACTAATCAAACTGACCAGCGCGGTATCTTTCAGCAGCACCAGCCACTGGTTACCGAGGCCAGGCAGCGCATGACGCCACATCTGCGGc > 1:321263/1‑151 (MQ=255) aGGTAAATGGTTCCTGGGTACGCGTAGCGATGCTTTTTGTTTGCAGCATTAAATCATTCACACTAATCAAACTGACCAGCGCGGTATCTTTCAGCAGCACCAGCCACTGGTTACCGAGGCCAGGCAGCGCATGACGCCACATCTGCGGCAt > 2:507830/1‑151 (MQ=255) | AGCCCTTTCATCAGTTCGGGTAAATACTCAAACATTAGCTGGGCCTCCGCTCAAAACGTGTCGCGCGCAGGTCAATGCGTTTGAGAATGTACTGACTGAGCAGGGTGATCACCAGGTAAATCGCCGCCGCCACAATGTACCAGGTAAATGGTTCCTGGGTACGAGTAGCGATGCTTTTTGTTTGCAGCATTAAATCATTCACACTAATCAAACTGACCAGCGCGGTATCTTTCAGCAGCACCAGCCACTGGTTACCGAGGCCAGGCAGCGCATGACGCCACATCTGCGGCAT > NC_000913/901500‑901791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |