| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,201,688 | A→C | T64T (ACA→ACC) | ymfI → | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,201,688 | 0 | A | C | 98.5% | 258.5 / ‑2.7 | 68 | coding (192/342 nt) | ymfI | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (31/36); minor base . (0/1); total (31/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.64e-01 | |||||||||||
GAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCT > NC_000913/1201542‑1201835 | gAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCtttt > 1:910851/1‑151 (MQ=255) aaCAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTc < 2:257862/151‑1 (MQ=255) cAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCa > 2:800517/1‑150 (MQ=255) aaaaaTTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTaa < 2:883583/151‑1 (MQ=255) aaaTTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAAc > 1:518814/1‑150 (MQ=255) aTTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGt < 1:349278/151‑1 (MQ=255) ttGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTg < 1:755846/150‑1 (MQ=255) ttGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGc > 2:174959/1‑151 (MQ=255) 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aCAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTg < 2:896199/151‑1 (MQ=255) aGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGaa < 1:194390/151‑1 (MQ=255) aGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGaa < 2:552098/151‑1 (MQ=255) ttAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAAc > 2:788832/1‑150 (MQ=255) tAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACa > 1:175309/1‑150 (MQ=255) 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atatatCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCATCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGAt > 1:874979/1‑151 (MQ=255) cTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTc > 2:668103/1‑151 (MQ=255) aaaGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTa < 1:214612/151‑1 (MQ=255) aaaGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTa < 1:346248/151‑1 (MQ=255) aGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACg < 2:81613/151‑1 (MQ=255) aTGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTa < 2:792242/151‑1 (MQ=255) aaCTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGc > 1:225824/1‑151 (MQ=255) cTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCt > 2:305923/1‑151 (MQ=255) cTGCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCt > 2:255257/1‑151 (MQ=255) gCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTaa < 2:252531/151‑1 (MQ=255) gCCAACAAATCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTaa < 1:499370/151‑1 (MQ=255) aaaTCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCAt > 1:96376/1‑151 (MQ=255) aaTCCTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATc < 2:543616/151‑1 (MQ=255) cTTGATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAg > 1:572552/1‑150 (MQ=255) gATCAAACCTTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTc < 1:382219/150‑1 (MQ=255) 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GAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCT > NC_000913/1201542‑1201835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |