| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,487,163 | 0 | C | T | 45.8% | 49.0 / 27.7 | 48 | intergenic (+200/‑72) | hrpA/ydcF | putative ATP‑dependent helicase/DUF218 superfamily protein, SAM‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/20); new base T (22/0); total (28/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGA‑GGAACCATGAAC‑ATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGC > NC_000913/1487020‑1487310 | tattaATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGAAATACA‑AATTTCTCCttt > 2:251637/1‑151 (MQ=255) aaTTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTTAGAAAAAAAGAATTTCTTCCttttg > 2:109266/1‑148 (MQ=255) aaaaCGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGc < 1:561459/149‑1 (MQ=255) aaCGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCg < 1:259038/151‑1 (MQ=255) aaCGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCg < 1:8984/151‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGAAAAAAA‑ATTTTCTCCttttcgaggggt > 1:622456/1‑136 (MQ=255) gggTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCAc < 2:91402/151‑1 (MQ=255) tAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACAAACA‑AATTTCTCCTTTTTGCGGGGTCCGCCtctctc > 1:12434/1‑146 (MQ=255) tAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGAAATAAG‑ATTTTCTCCTTTTTGAGGGCTCCGCCtctctc > 2:179976/1‑146 (MQ=255) aaaaaTTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACtatt < 2:852053/151‑1 (MQ=255) aaaTTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACtattat < 1:764251/151‑1 (MQ=255) cAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCa < 2:138672/150‑1 (MQ=255) aaTTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTTAAGAAAAAAG‑AATTTCTCCCTTTTGAGGGGTCCCCCTCTTACTATTATTTTACGc > 2:431003/1‑149 (MQ=255) 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cATACG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGA‑GGAACCATGAAC‑ATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGtgg > 1:336397/1‑151 (MQ=255) aCG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGA‑GGAACCATGAAC‑ATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGtggctg > 1:389015/1‑151 (MQ=255) aCG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGA‑GGAACCATGAAC‑ATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGtggct < 1:545993/150‑1 (MQ=255) cG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGA‑GGAACCATGAAC‑ATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGtggctgg > 2:919302/1‑151 (MQ=255) ttCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGA‑GGAACCATGAAC‑ATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGgcgc > 1:732626/1‑150 (MQ=255) | TATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTAAGGACATACG‑ATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGA‑GGAACCATGAAC‑ATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGC > NC_000913/1487020‑1487310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |