| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 17,050 | 0 | A | C | 41.7% | 183.2 / 12.8 | 108 | intergenic (‑90/‑439) | mokC/nhaA | regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC/sodium‑proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/21); new base C (0/45); total (42/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGG‑GTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGC‑TTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGAC > NC_000913/16902‑17193 | aTTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGG‑GTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGC‑TTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCa < 2:208522/149‑1 (MQ=255) ttGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGG‑GTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGC‑TTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCAccc > 2:603641/1‑151 (MQ=255) tGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGG‑GTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGC‑TTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACccg > 1:810244/1‑151 (MQ=255) 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ttGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGG‑GTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGC‑TTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATc > 2:1640031/1‑151 (MQ=255) atGACCTTACGGTCAGTAAGAGTCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGACCTCGG‑GGTGATGGTAAAATATCACTCGGGGC‑TTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTATTGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATc > 1:398489/2‑151 (MQ=255) ccTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTCCAGCATATGGGAGCCCTCGG‑GTTGTTGGAAAAATATCCCTCGGGTT‑TTTTCTCTTTCTGCCTTCCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGc < 2:1230804/149‑1 (MQ=255) tgcGGTCAAAAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATGGGGGGCCTGGG‑GTTGAGGGAAAAATATCACTCGGGGT‑TTTTCTCTATCGCCCGTTCAGCAAATGCCTGAGACAGCCAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGctctc < 2:1668685/148‑1 (MQ=255) tACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGG‑GTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGC‑TTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGctctct > 2:821200/1‑151 (MQ=255) 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cTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGATGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCg > 1:773332/1‑151 (MQ=255) gagaCAAACACCCTCAACCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGc < 2:1706952/150‑1 (MQ=255) acagacagCCTCATGCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATc < 1:681357/145‑1 (MQ=255) acagacagCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAatt > 1:537106/1‑151 (MQ=255) agacacCCTAAAGCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAatta < 2:422298/150‑1 (MQ=255) aaacacCCTCAAGCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCg < 2:719935/142‑1 (MQ=255) gacagCCTAAACCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAattat < 2:1640204/150‑1 (MQ=255) gCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTgacg > 1:827553/1‑151 (MQ=255) ccTCAAGCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTgacga < 2:618908/151‑1 (MQ=255) cTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTgacgac > 2:139451/1‑151 (MQ=255) cTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTgacgac > 2:916946/1‑151 (MQ=255) cTCAACCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTgacga < 2:175348/150‑1 (MQ=255) | ATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGG‑GTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGC‑TTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGAC > NC_000913/16902‑17193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |