Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,350,844 | 0 | A | C | 42.1% | 239.1 / 19.2 | 126 | L728V (TTA→GTA) | arcB | aerobic respiration control sensor histidine protein kinase, cognate to two‑component response regulators ArcA and RssB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/15); new base C (0/53); total (58/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-22 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGG > NC_000913/3350696‑3350991 | ttAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAAcc > 2:1269964/1‑151 (MQ=255) aGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAAcccc < 2:1479902/151‑1 (MQ=255) aGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAAccc < 1:291031/150‑1 (MQ=255) 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tttGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAc < 2:1436607/150‑1 (MQ=255) cacccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccgcc > 1:990684/1‑151 (MQ=255) cccacGCTTACAGCACTTCTACGGCGTAACGCCACTTTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGGCGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGAGTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCGGATGGCGTAACCCCACTGACCccgcc < 1:1952671/149‑1 (MQ=255) ccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCcgccgc > 1:1094901/1‑150 (MQ=255) acGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCAcc > 1:1844494/1‑151 (MQ=255) cTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCttt > 1:698134/1‑151 (MQ=255) tCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAt > 1:39425/1‑151 (MQ=255) tCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAt > 2:930090/1‑151 (MQ=255) gCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAtttt > 2:910591/1‑151 (MQ=255) ccttttCTACTGCGTGCCCCCCCTTTCCTTCCATCCCTT‑AAACCATTCCCCCGCCGTTCTCTTCCCAGGCCGGAGGGTCAGGAGACTGATTTGGCGCCCCCAGCTGTTGCAGAGGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAAtttt < 1:1250157/147‑1 (MQ=255) 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aCGTCGTGACCCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATC‑CCCCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGAGGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTAAATTTTATGtcctt < 2:1951183/151‑1 (MQ=255) gtcgtGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcc > 1:1945877/1‑151 (MQ=255) gtgccccccctctTCTTTCATCTCTTCAACCCATT‑CCCCGCCTTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTAAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAGGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcc < 2:218587/139‑1 (MQ=255) gtGACCCCACTCTTTTTTCATCTCTTCAACCCATC‑CCCCGCCGTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGAGGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcctt < 2:1258448/146‑1 (MQ=255) ccccccctctTCTTTCACCTCTTCAACCCATC‑CCCCGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAGGGTCAGGAGACTAAATTTGCTCACCCAGCTTTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaaca < 1:1901905/145‑1 (MQ=255) 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gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCaa > 1:1396876/1‑150 (MQ=255) gCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGc > 1:276814/1‑151 (MQ=255) cTGCCCCAGTTGTGGCAGATGGGGAACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACAcc < 2:1674753/148‑1 (MQ=255) cTGACCCAGCTGTTGCAGGTGGCCTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCg < 2:56525/149‑1 (MQ=255) cccAGTTTTTGCAGATGGCGTACCCCCCCTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTaa < 1:1167835/149‑1 (MQ=255) cccAGTTGTTGAAGAGGGCGTAACCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCt < 1:1056877/147‑1 (MQ=255) cAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCg > 2:400924/1‑151 (MQ=255) cccttttGCAGATGGGTCACCCCCCCCGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGt < 1:910574/146‑1 (MQ=255) aGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGt > 1:707871/1‑151 (MQ=255) cTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCg > 1:53475/1‑151 (MQ=255) tGTTGCAGATGGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTc < 2:1694369/149‑1 (MQ=255) tGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCgg > 1:461203/1‑151 (MQ=255) gTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGt > 1:794951/1‑151 (MQ=255) tGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTg > 2:1095864/1‑150 (MQ=255) gCAGAGGGCTTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCgg < 2:467869/147‑1 (MQ=255) cAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATc > 2:459248/1‑151 (MQ=255) gATGGCGTACCCCCCCTCACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCa < 1:511061/150‑1 (MQ=255) ggCGTACCCCCCCTACCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGc < 2:1363943/149‑1 (MQ=255) ggCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCtt > 1:1324499/1‑151 (MQ=255) ggCGAACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCtt < 1:27053/151‑1 (MQ=255) cGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCg < 2:20953/151‑1 (MQ=255) gTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCgg > 1:1533775/1‑151 (MQ=255) | TTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATT‑CACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGG > NC_000913/3350696‑3350991 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |