| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 42.9% | 90.6 / 13.7 | 56 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/3); new base C (0/24); total (29/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATT > NC_000913/1376355‑1376651 | cGCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAaca < 1:847817/151‑1 (MQ=255) gCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAacac > 2:172720/1‑151 (MQ=255) ttACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACAccc > 1:417068/1‑151 (MQ=255) tACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCt > 2:228398/1‑151 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCg < 2:1117627/151‑1 (MQ=255) cgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGc > 1:765026/1‑151 (MQ=255) gATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGAt > 1:32028/1‑151 (MQ=255) aTGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGGGAGGGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCTTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGcc < 1:128282/147‑1 (MQ=255) tGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtcg > 2:354337/1‑150 (MQ=255) ggAGGGGGACCGAAAAAGGGTGAGTGTTTCCCTGCGCGTGCTGAAACGGTTCGCCGCGCTTCCGGAAACG‑GGGGTTTATCCCGAACCTTTAAA‑CCGCTACCAGGATCATATGAACACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtc < 1:1111346/148‑1 (MQ=255) ggACGGCGCCCGAAAAAGGGTGAGTGATCCCCTGCGCTTACTGAAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCC‑GTGGTTTATCTCGACCCGTTAAC‑CCGCTATAAGGATCATATGATCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtc < 2:412952/148‑1 (MQ=255) gACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaa > 1:153981/1‑150 (MQ=255) cGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCtt > 2:558644/1‑150 (MQ=255) aaaaGGGTGAGTGTTTCCCGGCGCGTACGGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGACCC‑GTGGTTTATCTCGAACCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa < 2:849980/149‑1 (MQ=255) tgagtgaTTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTAc > 2:683052/1‑150 (MQ=255) gagtgaTTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTAc > 1:441922/1‑149 (MQ=255) gtgaTTCCCTCCGCGTACGGAAACAGGTCGCCGCGCGCACCGGACCC‑GTGGTTTATCTCGACCCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGACCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGa < 1:501689/150‑1 (MQ=255) cccGGCGCGTACTGGAACAGGCCGCCGCGCGTCCCGGAACC‑GTGGTTTACCTCGACCCTTAAAC‑CCGTTATAAGGATAATATCATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCgg < 1:805296/151‑1 (MQ=255) gTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt > 1:1032739/1‑151 (MQ=255) tacggaaaCGGGCCGCCGCGCGTACCGGAACG‑GTGGTGTATCTC‑AACCCTTAAACCCGTTATCAGAATCAAATGATAAACCCCCGCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt < 1:949901/144‑1 (MQ=255) tACTGGAACAGTTCGCCGCGCGTACCGAAACC‑GTGGTTTATCTCGACCTTTTAAC‑CCGCTATAAGTATAATATGAACAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAt < 2:943294/146‑1 (MQ=255) aCTGGAACGGGCCGCCGCGCGT‑CCGGAACCGGTGGTGTATCTCAAACCGTAAAA‑CCGTTACCAGGAACATATGATCAACCCCCCCGCCAAGCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt < 2:66062/149‑1 (MQ=255) cggaaataGGTCCCGGCGCGTACGGGAGCG‑GGGGTGTATCACGAACGGTAAAC‑CCGATATCAGGAAAATAGAATAACCACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTc < 1:567825/140‑1 (MQ=255) ggaaagggccgccgcGCGTCCCGGACCG‑GGGGTGTTTCTCGACCCTTAAAC‑CCGTTATCAGGATCATATGACCACCCCCCCCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTc < 1:894767/136‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcac > 1:610048/1‑150 (MQ=255) aacggtccgccgcGCGTACCGAACCG‑GTGGGTTCTCTCGACCCTTTAAC‑CCGCTATCAGAATAATTGGATCACCCCCCCCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcac < 2:244263/142‑1 (MQ=255) aCAGGTCCCCGCGCGTCCGGGACCC‑GGGGTTTATCTCAACCCGTTAAC‑CCGCTATAAGGATAATATGATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcaca < 1:526756/149‑1 (MQ=255) gggccgccgcGGGTCCCGGACCG‑GTGGTCTTCCTGGACCGGTAAAC‑CCGTAAAAAGAATAATATGACAACCCCCCTCGCCGACGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcac < 1:979782/142‑1 (MQ=255) gTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAat > 1:1104170/1‑150 (MQ=255) gcgTACCGTACCC‑GGGGTGTATCCCGAACCGTTAAC‑CCCCTATCAGATTCATATGACCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaa < 2:843122/148‑1 (MQ=255) gcgTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 1:291151/1‑150 (MQ=255) gcgTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAAAATCgaaga > 1:615270/1‑150 (MQ=255) cttcccGGAACG‑GGGGTTTTTCTGCAACCTTTAAC‑CCTCTAACAGTATTATATAACAAACCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaa < 2:600314/143‑1 (MQ=255) cgTCCCGGAACG‑GGGGTTTATCTC‑AACCCTTAAACCCGCTATCAGGATAAAATGATCAACCCCCTCGCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaagaa < 1:235466/150‑1 (MQ=255) tACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 2:268431/1‑147 (MQ=255) ccGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGAt > 1:20572/1‑149 (MQ=255) accc‑GTGGTGTATCTCGACCCTTAAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGACCAACCCCCTCGCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAAc < 1:119816/146‑1 (MQ=255) accggtggttTATCTCAACCCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCt < 2:70702/146‑1 (MQ=255) cc‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgc > 2:657633/1‑151 (MQ=255) ggtgTATCGCGAACCTTTAAC‑CCTCTATCAGGATCATATGAACAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg < 1:699498/146‑1 (MQ=255) gtATCTCCACCCGTAAAC‑CCTTTATCAGGACCAAAAGCCCAACCCTCTCCCCAAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgc < 2:253171/144‑1 (MQ=255) tATCTCGAACCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAgg < 2:166653/148‑1 (MQ=255) cccGAACCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCt < 2:772180/147‑1 (MQ=255) tcGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGc > 2:1092074/1‑150 (MQ=255) aaCCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATg > 1:691738/1‑150 (MQ=255) aaccccatATCAGGATAATAGGACCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgc < 2:609456/144‑1 (MQ=255) a‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgcg > 2:98414/1‑150 (MQ=255) a‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgcg > 2:47025/1‑150 (MQ=255) ccGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGAc > 1:157813/1‑151 (MQ=255) tATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGc > 1:1099967/1‑151 (MQ=255) atatGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtgt > 1:316069/1‑151 (MQ=255) atatGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtgt > 1:248062/1‑151 (MQ=255) atGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGc > 1:505871/1‑151 (MQ=255) accAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtgtg < 2:167037/145‑1 (MQ=255) cAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATAtt > 1:467179/1‑151 (MQ=255) cAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATAtt > 1:125247/1‑151 (MQ=255) aaCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCatat < 2:297422/149‑1 (MQ=255) aaCACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATAtt > 1:960444/1‑150 (MQ=255) | CGCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATT > NC_000913/1376355‑1376651 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |