| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 45.6% | 96.2 / 14.2 | 57 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/2); new base C (0/26); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.09e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGC > NC_000913/2001773‑2002066 | gTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAAcccc < 1:162601/150‑1 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTgg > 1:331890/1‑151 (MQ=255) aaTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATGAGGGGGAAAAATGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATCCCA‑GGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGc < 2:138750/149‑1 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCggg > 1:711501/1‑151 (MQ=255) aaCAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGtt > 1:32295/1‑151 (MQ=255) aaCAGCCCGGCTTTATATGATTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGGTTATTGGGGGGTTACAGGAAAATTCCA‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGtt < 1:1023002/151‑1 (MQ=255) cAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTg > 2:1023323/1‑150 (MQ=255) gTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 1:1043248/1‑151 (MQ=255) ttATATGAGTTATCGGCATGATTACCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGAGGATTAGTGGGTAAAAGGAGGGTTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt < 1:727316/150‑1 (MQ=255) tATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGt > 2:319388/1‑151 (MQ=255) ggCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGcc > 1:673228/1‑151 (MQ=255) ggCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGcc > 2:380514/1‑151 (MQ=255) ttATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGTTTATTGGGGGTTTACAGGTAAATTCCA‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc < 1:380583/150‑1 (MQ=255) gTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTa > 1:395030/1‑150 (MQ=255) tttCTGCGGGTTTTTCAATCGGACTATGAGTGGGTGAAATGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaa < 2:703490/150‑1 (MQ=255) tttCTGCAGGTTTTTAAACCGGACGTTTAGTGGGTAAAATGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATCCCA‑GCCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggc < 2:380780/146‑1 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc < 2:208304/150‑1 (MQ=255) cTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGc > 2:397549/1‑151 (MQ=255) cgggttttttAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGGGGGTTTTTTTGGGGTTTAAAGGAAATTTCAA‑GGAAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt < 2:777391/146‑1 (MQ=255) aGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 2:55377/1‑150 (MQ=255) ggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:625608/1‑151 (MQ=255) tttttAACCGGAGGATTGGTGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGTTAAATTCCA‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTa < 2:601638/147‑1 (MQ=255) ttttAATCGGACGATTAGTGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTTGGGGGTTAAGGGAAAATCCCG‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:46868/150‑1 (MQ=37) tttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc > 1:20056/1‑151 (MQ=255) tAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCt > 1:114414/1‑151 (MQ=255) aagcGGACGTTTAGGGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTTGGGGGTTAAAGG‑AAATTCCAGGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGcc < 2:339214/146‑1 (MQ=25) aaccGGACGTTTAGTGGGTGAAAGGAGGGTTTATTGGGGGTTTACAGGAAAATCCCA‑GGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCt < 1:541991/147‑1 (MQ=38) aaTCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCt > 2:130036/1‑150 (MQ=255) acggaggggttAGTGGGTGAAAAGGGGGTTTTTTTGGGTTTAACAGTTAATCTCCG‑GTAAGAAAAACCCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTAc < 1:390957/142‑1 (MQ=21) aTCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTAc > 1:861/1‑151 (MQ=255) cGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa > 1:26091/1‑150 (MQ=255) ggACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaa > 2:1013597/1‑150 (MQ=255) aCGATTAGGGGGAGAAAGGAGGGGTTTTTTGGGGGTTAAAGGTAAATTCCA‑GGAAAAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa < 2:348287/150‑1 (MQ=38) cGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt > 2:1039277/1‑151 (MQ=255) gATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtg > 2:374215/1‑151 (MQ=255) gATTAGGGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTTGGGGGTAAAAGTAAAATTCCA‑GCAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtg < 2:419131/151‑1 (MQ=25) aGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc > 2:683058/1‑150 (MQ=255) gTGGGTAAAATGGGGGTTTATTTGGGGGTTACGGTTAAATTCAG‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgtg < 1:1915/148‑1 (MQ=37) 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gggtTTTTTTGGGGTTAACAGTTAAATCCCA‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTg < 2:624566/151‑1 (MQ=25) gggtTTTTTTGGGGGTTACAGTAAAATCCCA‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAtt < 2:404176/150‑1 (MQ=37) gggtTTATTGGGGGGTTACAGGTAAATCCCA‑GGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAtt < 1:412880/150‑1 (MQ=255) gggttttgggggggTTGCAGGAAATTTCCA‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGc < 1:550095/142‑1 (MQ=25) ggTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGc > 1:108713/1‑150 (MQ=255) ttGGGGGTTAAAGGAAAATCCAA‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa < 2:69244/150‑1 (MQ=37) ggggTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACtt > 2:112823/1‑151 (MQ=255) gggTAAAAGGTAAATCCCA‑GGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 2:836361/151‑1 (MQ=255) ttACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg > 2:856275/1‑148 (MQ=255) aCAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGc > 1:70446/1‑151 (MQ=255) ggTAAATCCCA‑GGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCt < 2:1043216/150‑1 (MQ=255) tAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt > 2:883912/1‑151 (MQ=255) aGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgcagcgc > 1:583881/1‑150 (MQ=255) gAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCAt > 1:34369/1‑151 (MQ=255) aaaaaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATc > 2:406604/1‑149 (MQ=255) aaaaaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATc > 2:868032/1‑149 (MQ=255) aaacCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAgg < 2:779453/151‑1 (MQ=255) aaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGc > 2:454704/1‑150 (MQ=255) | GTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCA‑GGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGC > NC_000913/2001773‑2002066 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |